Однако вскоре всё круто изменилось. 30 января 1889 года в охотничьем замке Мейерлинг покончил с собой единственный сын Франца Иосифа эрцгерцог Рудольф. Одной из причин трагедии стал категорический отказ императора санкционировать развод сына с его женой Стефанией Бельгийской с целью заключения морганатического брака с баронессой Вечери. Наследником престола стал отец Франца Фердинанда Карл Людвиг. Со смертью последнего (19 мая 1896 года) для Франца Фердинанда открылся прямой путь к престолу. Однако вскоре новоявленный наследник стал причиной династического кризиса.
Франц Фердинанд, как большинство австрийских эрцгерцогов, был определён в армию и предназначался для военной карьеры. Он никогда не отличался крепким здоровьем, может быть вследствие предрасположения к чахотке, унаследованного им от матери. Ему не раз приходилось проводить по несколько месяцев в Бриони или в Мирамаре, на тёплых берегах Адриатики. Для поправки здоровья он ездил также в Швейцарию в Давос, а в 1892–1893 годах предпринял десятимесячное кругосветное путешествие.
В начале 1890-х годов в Вене ходили слухи, что Франц Фердинанд ухаживает за эрцгерцогиней Марией-Христиной, старшей дочерью эрцгерцога Фридриха и эрцгерцогини Изабеллы. Он часто посещал их в Пресбурге, иногда по два раза в неделю, и родители стали льстить себя надеждой, что дочь их со временем будет императрицей. Но в действительности Франц Фердинанд влюбился в одну из фрейлин их двора, графиню Софию Хотек. Это была красивая, высокая, гордая женщина, со сверкающими глазами и стремительной походкой. Она происходила из старинного обедневшего чешского аристократического рода.
Влюблённые ежедневно обменивались страстными посланиями, но встречались редко — графиня почти не отходила от постели умирающего отца. Летом 1895 года Франц Фердинанд должен был отправиться на лечение в Египет. Если бы не София, он ни за что бы не поехал туда. Но графиня сказала: «Ты хочешь, чтобы я полностью принадлежала тебе? Тогда найди в себе силы побороть болезнь!»
После смерти отца в 1896 году Франц Фердинанд был официально объявлен наследником престола. Но ходили упорные слухи, что болезнь не позволит ему стать императором. Однако эрцгерцог был намерен обмануть ожидания злопыхателей — ради любимой и ради собственного, ещё неизведанного счастья. Так и случилось: весной 1897 года комиссия из нескольких врачей признала Франца Фердинанда совершенно здоровым. Лишь после этого София, сдержав обещание, стала его любовницей…
Какое-то время их любовь оставалась тайной и не возбуждала подозрений. Когда они временно расставались, то каждую неделю обменивались письмами при посредстве одного из офицеров, пользовавшегося доверием эрцгерцога. Но потом произошла катастрофа. Однажды, переодеваясь после игры в теннис в Пресбурге, Франц Фердинанд забыл свои часы, и лакей принёс их к эрцгерцогине Изабелле. Она открыла брелок, по всей вероятности рассчитывая найти там фотографию своей дочери, но вместо неё там оказалась фрейлина. Можно себе представить чувство разочарования, охватившее мать. Графиня София была немедленно уволена со всеми знаками немилости и должна была в ту же ночь покинуть дом.
Для престарелого императора Франца Иосифа весть о решении его племянника явилась очередным ударом: в 1867 году в Мексике был расстрелян его брат Максимилиан, пытавшийся захватить тамошний престол, а жена брата от горя сошла с ума; его единственный сын Рудольф покончил самоубийством; его жена, императрица Елизавета Баварская, была убита в 1898 году итальянским анархистом. Племянник его жены, душевнобольной Людвиг Баварский, утонул в Штарнбергском озере. Его младший племянник Отто, брат Франца Фердинанда, вёл распутный образ жизни, нажил себе этим болезнь и неоднократно причинял неприятности престарелому императору, оскорбляя в нём чувство достоинства и приличия. А теперь его прямой наследник желал пренебречь европейскими традициями и испанским этикетом его двора и жениться на какой-то обедневшей графине, у которой к тому же предполагалась неблагополучная психическая наследственность. И окружающие слышали, как император бормотал про себя: «Неужели и это не могло меня миновать?»
В течение месяца Франц Иосиф решительным образом сопротивлялся браку, но когда он увидел, что это только усиливает упорство его племянника и что Франц Фердинанд предпочтёт отказаться от прав на престол, чем от руки любимой женщины, старый формалист пошёл наконец на компромисс. Брак должен быть морганатический!
28 июня 1900 года в малом зале совещаний в венском дворце, в присутствии императора, эрцгерцогов и важнейших сановников было торжественно зарегистрировано оглашение брака. Одновременно с этим Франц Фердинанд огласил торжественный «акт об отречении», который был скреплён подписями и печатями в двух экземплярах на немецком и мадьярском языках.