«Первая леди» признавалась подругам, что не хочет, чтобы Франклин баллотировался на третий срок, разве что этого потребует политическая ситуация. По её мнению, ему больше нечего было дать стране.
Ещё одной причиной, почему Элеонора возражала против переизбрания её мужа, было осознание ухудшающегося состояния Франклина. Ещё в 1938 году у него случился обморок в Гайд-парке, однако тогда он быстро оправился и присоединился к гостям на званом обеде.
Тем не менее в 1940 году Элеонора поддержала решение мужа баллотироваться на третий срок, так как разделяла его тревогу, что к власти придут консерваторы-южане во главе с вице-президентом Джеком Гарнером или ненавидящие англичан ирландские католики, возглавляемые Джо Кеннеди, и воспользуются широко распространённым в Америке нежеланием воевать, чтобы заключить сделку с Гитлером.
Президент прекрасно понимал, что его пошатнувшееся здоровье может сделать третий срок в Белом доме крайне рискованным предприятием.
Наступили самые сложные годы пребывания Франклина Делано Рузвельта на посту президента США. В стране вновь ухудшилось экономическое положение, обострились социальные проблемы. 7 декабря 1941 года японские самолёты совершили налёт на Пёрл-Харбор, что вынудило США вступить во Вторую мировую войну.
Физическое состояние Франклина Рузвельта начало стремительно ухудшаться. Кардиограммы показывали недостаточное снабжение сердца кислородом, вызванное высоким давлением и прогрессирующим атеросклерозом. Обследуя президента Рузвельта в марте 1944 года, известный кардиолог Говард Брюенн был поражён его состоянием. Сердечная мышца сильно увеличилась — первый признак закупорки вен. Губы и ногти приобрели синюшный оттенок. Брюенн сказал главному врачу Белого дома Россу Макинтайру, что смерть может наступить в любой момент.
Хотя режим десятичасового ночного сна и сокращение рабочего дня президента до четырёх часов дали некоторое улучшение, катастрофическое состояние его здоровья было очевидно для каждого, кто наблюдал президента вблизи.
Элеонора продолжала играть роль его совести. Дочь Рузвельтов Анна писала, что в военные годы, когда она проводила в Белом доме много времени, ухаживая за отцом, её родители практически жили каждый сам по себе.
«Мне кажется, вы должны проводить в Белом доме больше времени, — сказала как-то миссис Перкинс. — Это пошло бы президенту на пользу».
«Нет, Фрэнсис, я ему больше не нужна, — возразила Элеонора. — У него есть советник Гарри Хопкинс, который говорит ему то, что он хочет услышать».
По этим словам можно судить, до какой степени к концу их жизни ослабли супружеские узы между Рузвельтами.
Более удачными были её поездки на действующие фронты. Она часто посещала больницы. Потом возвращалась в Нью-Йорк с блокнотами, испещрёнными фамилиями, адресами и телефонами раненых, и часами названивала их близким.
За двенадцать лет в Белом доме Элеонора провела триста сорок восемь пресс-конференций. Получала и старалась отвечать на триста тысяч писем в год. Писала книги, вела рубрику в ежемесячном журнале и колонку в ежедневной газете, а также не жалела усилий, чтобы добиться аудиенции у президента для людей и организаций, которые поддерживала.
Со временем манера «первой леди» постоянно быть на виду стала раздражать окружающих. Правда, Элеонора говорила, что не располагает политической властью. «Я никогда не пыталась оказывать давление на президента, — заявляла она, — и, разумеется, не чувствовала ни малейшего нажима с его стороны».
Свою четвёртую по счёту речь в связи с избранием в 1944 году на президентский пост Рузвельт посвятил проблеме мира. В ней прозвучало его своеобразное политическое завещание: «Мы не сможем добиться прочного мира, если мы подойдём к нему с позиции подозрений и недоверия или же страха». Именно американскому президенту принадлежит идея назвать союз стран Объединёнными Нациями.
Франклину Делано Рузвельту не суждено было дожить до победы над нацизмом. Он умер 12 апреля 1945 года от кровоизлияния в мозг.
Его похороны в Вашингтоне стали выражением любви и скорби к одному из величайших президентов в истории Соединённых Штатов.
Когда его преемник Гарри Трумэн спросил Элеонору, может ли он чем-то помочь, она ответила в своём стиле: «Нет, могу ли я вам помочь? Ибо проблемы теперь у вас».
Но уже в декабре 1945 года ставший президентом США Гарри Трумэн назначает её членом американской делегации в ООН.
Последней её международной миссией стало участие в составе делегации США на специальной сессии Генеральной Ассамблеи ООН в 1961 году.
Элеонора не оставляла литературной работы. В журнале «Макколе» постоянно печатались её статьи под рубрикой «Если вас интересует моё мнение». Выпустила мемуары. Она написала также книги «Жизнь учит», «Индия и просыпающийся Восток», «ООН: сегодня и завтра». Не прекращала она и участия в борьбе за решение социальных вопросов в США, была одним из советников президента Трумэна по внутри- и внешнеполитическим вопросам, пыталась реализовать программу «Доброе дело», которая касалась защиты гражданских прав.