Святой Феодор был известен как великий аскет и проповедник, превративший свой монастырь в светоч монашеской жизни. Студиты при нем приобрели громадный вес, и с ними старались считаться патриархи и императоры. Феодор дал обители строгий устав, регламентировавший монашескую жизнь в общежительном монастыре, и разработал подробные предписания, в том числе: о необходимости регулярной исповеди игумену, запрещение монахам собираться вместе для бесед, порядка временного выхода из монастыря, о сбережении монастырского имущества, разработал монастырский штат, утвердил рецепты приготовлении теста для просфор и хлеба, определил ограничения приема в монастырь, порядок выбора игумена и многое другое. При Феодоре в обители было до семисот насельников, поэтому организация такой массы людей требовала особого порядка. Чтобы каждый лучше помнил о своих обязанностях, Феодор составлял для них небольшие стихотворения. Но нарушения устава влекли за собой строгие телесные наказания. Но более всего поддерживали монахов огласительные поучения, которыми Феодор всегда напутствовал братию.
Полный текст Студийского устава дошел до нас лишь в материалах конца X в., до этого возможно существовавший в разрозненных записях. В византийскую эпоху существовало множество монастырских уставов, составлявшихся игуменами и ктиторами монастырей, но наибольший авторитет тогда приобрели Иерусалимский и Студийский уставы. Иерусалимский устав в большей степени регламентировал порядок богослужений, описывал монашеские традиции палестинских монастырей, расположенных чаще в отшельнических пещерах. Студийский устав описывал монашеские обязанности и послушания для городских условий. Студийский устав определил монашескую жизнь в византийских обителях на многие века, был принят впоследствии на Афоне и в других православных обителях, в том числе и на Руси, где использовался до XIV столетия.
Но главной отличительной чертой монашеского служения при Феодоре стала активная интеллектуальная деятельность обители, которая разнесла славу монастыря далеко по православному миру. Святой игумен благословлял способных монахов на изучение мирской литературы, философии и богословия, организовывал обучение живописи и каллиграфии, церковного пения и гимнографии. Он сам многократно переписывал рукописи, подавая этим наглядный пример. Подобные занятия были настолько важны в его глазах, что переписчики часто освобождались от богослужений. Из монастыря происходит и сохранившаяся знаменитая иллюстрированная Хлудовская псалтырь. А сочинённые монахами песнопения до сих пор в ходу во многих православных странах. При монастыре существовала также и школа для детей, и лечебница для бедняков.
Влияние монастыря было огромно. Показательно, что три студийских монаха стали патриархами, а три императора (Михаил V, Михаил VII и Исаак I) облеклись здесь в монашескую рясу. Так, Исаак Комнин, процарствовав два года и три месяца, отрекся от престола в пользу Константина X Дуки (1059 г.) и удалился сюда, где выполнял послушания на самых низких должностях, таких как привратник, являя всем назидательный пример смирения и повиновения. Сыграл монастырь не последнюю роль и в пагубном разделении единой церкви в 1054 г., благодаря яростным обличениям латинян студийским монахом Никитой Стифатом, будоражившим жителей столицы.
Примерно в течение трех столетий, с начала X в. до захвата Костантинополя крестоносцами в 1204 г., в монастыре хранилась одна из главных святынь столицы — святая глава Иоанна Предтечи. Среди святых реликвий обители, хранившихся в храме во имя пророка Крестителя, пребывали: затылочная кость черепа Предтечи, его зуб, глава его отца Захарии и его десница, мощи святых Феодора и его брата Иосифа, епископа Салоник, а также целительные мощи их дяди святого Платона. В разные периоды здесь также упоминаются хранившиеся мощи патриарха Евфимия, святого Саввы и святой Симониды, а также и драгоценное миро святого Димитрия из Салоник.
Владения монастыря были огромны, простираясь на многие десятки гектаров земли. Имелись обширные виноградники и сады, лежащие вдоль главной улицы от Золотых Ворот и морскими стенами города.
Латинская оккупация нанесла непоправимый вред монастырю, лишив его многих святынь. Пропала часть главы Иоанна Предтечи, возможно, вывезенная во французский Амьен. Монашеская братия надолго покидает обитель, не захотев служить по новым латинским правилам. Лишь только после восстановления Византийской империи Константин Палеолог, брат базилевса Андроника II, восстанавливает монастырь в 1293 г. в прежнем виде, окружая его мощными крепостными стенами.