В последующие годы на остров всё чаще и чаще стали заходить корабли. Визиты моряков обычно заканчивались для его жителей эпидемиями болезней, насилием и прочими несчастьями. Настоящая трагедия в истории острова случилась 12 декабря 1862 года, когда на восьми кораблях на остров нагрянули перуанские работорговцы. Они захватили в плен более тысячи человек, а многих просто убили. В рабство попали последние учёные острова и вождь Маурата с семьёй.
Набег работорговцев не только лишил остров самых здоровых мужчин и женщин, его последствия были гораздо более трагическими. После протестов общественности захваченных островитян решили вернуть на остров, но к тому времени в живых осталось всего сто человек, причём многие из них оказались больны оспой. В результате после возникшей эпидемии из пяти тысяч островитян уцелели лишь 600 человек! Умершие унесли с собой в могилу и разгадку многих тайн острова.
Самой главной тайной острова Пасхи является происхождение его обитателей, поскольку остров представляет собой огромный потухший вулкан, поднимающийся со дна Тихого океана. Он не может быть осколком погрузившегося материка, так как на дне не обнаружено никаких признаков континентальных отложений, поэтому его жителей нельзя считать потомками уцелевших представителей какой-либо исчезнувшей при катаклизме цивилизации.
Адмирал Роггевен писал в своё время, что среди темнокожих островитян встречались люди, внешне напоминающие европейцев. Это свидетельство прямо указывает на то, что колонизация острова шла из разных мест.
Одно время считали, что его заселили только полинезийцы, так как в культурах острова Пасхи и островов Полинезии много общего. Однако известный норвежский археолог и антрополог Тур Хейердал обратил внимание на сходство каменных истуканов с некоторыми древними скульптурами Южной Америки. Кроме того, учёный нашёл и прямые доказательства контакта острова с этим материком — наличие сладкого андского картофеля и тростника толота, который растёт на озере Титикака в Андах. Чтобы доказать возможность колонизации острова Пасхи обитателями Южной Америки, Тур Хейердал совершил уже ставшее легендарным плавание на плоту «Кон-Тики» от Перу до архипелага Туамоту.
Тем не менее до сих пор, несмотря на его беспримерное плавание и другие веские доказательства, гипотезу знаменитого норвежца некоторые учёные ещё не приняли. Правда, многие исследователи считают, что колонизация острова проходила в два этапа. Сначала туда перебрались доинковские обитатели Перу, которые и соорудили каменных великанов. Второй этап колонизации начался с прибытием полинезийцев, которые победили прежних обитателей острова, соорудивших каменных «моаи».
Однако если исходить из сохранившихся здесь легенд, то картина получается иная. Одно из преданий гласит, что на острове когда-то жили длинноухие люди, мочки ушей которых из-за тяжёлых украшений вытягивались до плеч. В подчинении у длинноухих — местной правящей элиты, были короткоухие, которые изготовляли каменных истуканов. Население острова росло, деревья беспощадно вырубали (их использовали для транспортировки и установки гигантских статуй), земля уже не могла прокормить всех, процветало людоедство. Всё кончилось тем, что короткоухие восстали и перебили почти всех длинноухих. Есть мнение, что кульминационное сражение этой гражданской войны произошло в 1680 году. Некоторые исследователи полагают, что длинноухие были выходцами из Южной Америки, а короткоухие — из Полинезии, иначе говоря, колонисты, прибывшие на остров из совершенно разных мест, довольно долго жили бок о бок. Вероятно, первыми сюда добрались полинезийцы. Почему же они тогда попали в подчинение длинноухим перуанцам, которые прибыли позже? Здесь мог сыграть свою роль фактор, который когда-то помог испанцам завоевать всю Южную Америку: полинезийцы приняли длинноухих за богов! По свидетельству Хейердала, в начальный период заселения острова его обитатели изготавливали статуи с круглыми головами, маленькими ушами и миндалевидными глазами. Подобные статуи были характерны и для других полинезийских островов. Лишь потом началось ваяние истуканов с удлинёнными лицами, которых больше нет нигде в мире. Возможно, что-то коренным образом изменило жизнь на острове, например прибытие на остров пришельцев, но не из космоса, как полагают некоторые творцы «сенсаций», а из Южной Америки. Не напоминают ли каменные истуканы статуэтку из древнего Перу — те же удлинённые черепа, прямые длинные носы?! Древние перуанцы практиковали искусственную деформацию черепа. Голову новорождённого постепенно стягивали обручами, придавая ей неестественно вытянутую форму. Если соотнести такую удлинённую форму черепа и прямые длинные носы перуанцев, то мы получим тех странных «инопланетян», с которых ваяли загадочных каменных великанов острова Пасхи.