Григорьев уехал домой, а вскоре Украину и Крым оккупировали немцы. Этого Николай Александрович, прошедший германский и австрийские фронты, вынести не смог, он присягнул Центральной Украинской раде и добровольно вступил в армию гетмана Скоропадского. Проявить себя Григорьеву не пришлось — военный министр Украины генерал Рогоза издал приказ об увольнении из армии всех офицеров военного времени. Им предоставлялось полное право доучиться в юнкерских училищах. Потом, при желании, они могли вновь поступить на службу. Все выслуженные кровью чины, должности и боевые награды одним махом оказались перечёркнутыми вместе с немалым боевым опытом, полученным офицерами на фронтах.
Обиженных офицеров начал привлекать в свои части основной противник Скоропадского — Симон Петлюра.
— Мы очень ценим ваш боевой опыт, панове, — льстиво говорил он. — Герои! Народ пойдёт за вами!
Петлюра оказался прав: от Скоропадского ушли самые талантливые и знаменитые герои Гражданской войны на Украине — Григорьев, Струк, Соколовский, Зелёный, Петренко. Это действительно герои, поскольку в народной войне герои были по обе стороны баррикад. Но потом большевики заставили всех забыть их имена, более известные, чем раздутая слава Будённого, Ворошилова и иже с ними. Но времена меняются, и забытые имена возвращаются на законно принадлежащее им место!
Григорьев раздумывал недолго — как офицер, он считал себя свободным от присяги кому бы то ни было, а как человек с развитой авантюрной жилкой, к тому же имеющий большой боевой опыт, он жаждал реализовать его в деле освобождения родины от интервентов. Григорьева можно называть патриотом в полном смысле этого слова. Очень быстро Николай Александрович создал свой отряд для борьбы с интервентами и частями гетмана — костяк воинского формирования составили опытные офицеры военного времени, вернувшиеся домой солдаты и матросы-дезертиры Черноморского флота. К ним примкнула масса крестьян из Черниговской, Полтавской и Киевской губерний. Обладавший организаторским талантом Григорьев, с помощью примкнувших к нему офицеров, превратил эту аморфную массу в настоящее воинское соединение, обладавшее удивительной боеспособностью и свято верившее командиру.
Григорьев начал с внезапных налётов на карательные отряды немцев, захвата поездов и железнодорожных станций, перерезал коммуникации противника и лишал его снабжения. Он громил вражеские гарнизоны и команды. Быстро раскрылись недюжинные стратегические и тактические таланты бывшего штабс-капитана. Он в мгновение ока превратил свои пёстрые разрозненные отряды в регулярную армию — самую сильную на Юге России. И сразу стал одной из самых значительных военных и политических сил: Григорьев имел в своей армии двадцать тысяч штыков, более пятидесяти орудий, семьсот пулемётов и шесть бронепоездов. Противостоять Николаю Александровичу не могли ни белые офицеры-добровольцы, ни слабая Красная армия! Перед ним открывался путь в Бонапарты. Тем более что Григорьев был очень неглуп, хорошо и складно умел говорить на митингах с народом, постоянно занимался самообразованием, отлично ладил с населением, пользовался большой популярностью и любовью масс. Но главное, Григорьев обладал недюжинными военными талантами. Да вот беда — бывший штабс-капитан отличался просто удивительной аполитичностью! Хотя в сорок лет мог стать диктатором!
Красная армия в это время находилась на территории Орловской и Курской губерний. Её командующий Антонов-Овсеенко выжидал развития событий. Но не бездействовал: Украину наводнили сотни агентов наделённого особыми правительственными полномочиями видного троцкиста-коминтерновца Христиана Георгиевича Раковского. Они активно вели диверсионно-подрывную деятельность против гетмана и Петлюры. На это Раковский получил крупные суммы из Москвы. Как иезуит, он вёл переговоры со всеми сразу, с командирами крупных повстанческих соединений, гетманом Скоропадским и Симоном Петлюрой. Его иезуитская политика и отпущенные на подкуп деньги сделали своё — в украинских городах начались волнения и восстания. В январе 1919 года Николай Григорьев принял в своём салон-вагоне красных эмиссаров, вступил с ними в переговоры и в результате согласился перейти на сторону Красной армии. Следом за ним так же поступили Махно и Шинкарь.
Бывшие кадровые царские офицеры, которые по большому счёту и воевали друг с другом в белых и красных штабах, предоставляя право махать на поле шашками Будённым, разработали операцию по установлению новой власти на плодородных просторах Украины. Красные заняли Харьков, почти не встретив сопротивления, потом двинули на Киев повстанцев Шинкаря, а на Одессу армию Григорьева. Махно наступал в направлении Екатеринослава. Основная тяжесть боёв, по замыслу военспецов, ложилась на новых союзников, а красные осуществляли тыловое прикрытие, получая огромные пространства и южные порты. Соединения Николая Григорьева переименовали в 44-ю дивизию 3-й Украинской армии. 44-я дивизия Григорьева была посильнее всей Красной армии на Юге.