Рассматривая возможные сценарии дальнейшего развития событий, Хрущев считал, что США, возможно, стали бы действовать более умеренно, если бы Советский Союз объявил, что «у нас есть соглашение по Кубе». Тогда они «могут объявить блокаду, могут и ничего не предпринимать». Вместе с тем советский лидер отнюдь не исключал военного варианта и полагал, что американцы «начнут действовать против Кубы».
Применение атомного оружия рассматривалось как вполне реальная перспектива.
Около полуночи, когда закрывалось заседание, маршал Малиновский предложил не спешить с указанием использовать ядерные силы, а подождать один час до выступления президента Кеннеди, чтобы в зависимости от того, заявит он о вторжении или нет, дать инструкции советским войскам на Кубе. «А то им (США) будет дан повод применять атомное оружие», – сказал Малиновский.
Если бы Президиум ЦК принял иное решение, это означало бы, что до начала военных действий, которые могли привести к третьей мировой войне, оставался всего один час. За пять минут до полуночи в Гавану по каналам связи КГБ была послана телеграмма с приказом привести войска в полную боевую готовность за исключением ракетно-ядерных вооружений, применение которых пока запрещалось.
Еще до прихода Кеннеди к власти, 29 июня 1960 года тогдашний шеф КГБ А. Н. Шелепин в письменном докладе Хрущеву сообщил, что, по сведениям сотрудника ЦРУ, завербованного советской разведкой, «руководящие круги Пентагона убеждены, что СССР в настоящее время не имеет необходимого количества ракет для уничтожения стратегических баз НАТО». Однако «спустя некоторое время Советский Союз будет располагать такими ракетами в достаточном количестве». Не дожидаясь этого, «руководящие круги Пентагона хотели бы развязать превентивную войну». На первую декаду сентября 1961 года «намечалось внезапное нападение на Советский Союз», причем и тогда «Пентагон исходил из абсолютно атомного превосходства над СССР». План внезапного нападения был сорван заявлением советского правительства от 31.08.61 года о проведении серии ядерных испытаний и самими испытаниями.
2 дня спустя, 11 марта 1962 года, из того же источника поступили дополнительные сведения: «Решение о внезапном нападении на Советский Союз было принято в период с 6 по 12 июня 1961 года.»
Поступившая через агентурные источники эта информация получила неожиданное подтверждение со стороны брата президента, пригласившего к себе в гости на выходной день 4 июня 1962 года в загородную резиденцию Хикори-хилл сотрудника советского посольства Георгия Большакова. Через Большакова, который был полковником ГРУ и работал под крышей посольства в качестве редактора журнала «Советский Союз», велись важные переговоры по самым острым вопросам советско-американских отношений.
В ходе беседы с Большаковым Роберт Кеннеди стремился убедить представителя советской военной разведки, а он знал о принадлежности Большакова к ГРУ, в том, что президент более реально оценивает соотношение сил и стремится удержать «не в меру ретивых» представителей Пентагона.
У Хрущева были веские причины не доверять американской администрации. 17 марта 1962 года КГБ сообщил советскому руководству, что в США закончена подготовка к новому вторжению на Кубу. Стало известно о существовании плана Мангуста, разработанного ЦРУ и одобренного президентом Кеннеди. Этот план ставил целью ликвидацию режима Кастро.
Два месяца спустя в мае было принято решение о размещении советских ракет на Кубе, утвержденное Президиумом ЦК и Советом обороны после того, как было достигнуто соглашение по этому поводу с Фиделем Кастро и другими кубинскими лидерами.
22 октября, выступая по телевидению, Кеннеди объявил морскую блокаду Кубы, бросив серьезный вызов СССР. Так было положено начало самой острой советско-американской конфронтации за весь период «холодной войны».
Хрущев полагал, что можно подождать и что Кеннеди отступит из боязни, что начнется большая война.
Неожиданно из Вашингтона поступила информация, заставившая советское руководство изменить свою тактику. Около часа ночи 25 октября корреспондент ТАСС Анатолий Горский, являвшийся одновременно сотрудником КГБ, зашел в бар Национального пресс-клуба. Бармен Джо ни Про ков рассказал ему о подслушанном разговоре между двумя известными американскими журналистами Робертом Донованом и Уорреном Роджерсом из газеты «Нью-Йорк геральд трибюн».
Оказалось, что Роджерс должен был лететь к месту событий, чтобы освещать вторжение на Кубу. Эта информация немедленно была передана советскому послу и отправлена в Москву. Это сообщение сочтено было настолько важным, что его продублировали по линии Министерства иностранных дел и по каналам КГБ.