Малыгина предал советник раджи, бежавший вместе с ним. Он давно завидовал особому расположению раджи Агунга к этому иноземцу. В январе 1895 года Малыгина в оковах доставили в Сурабайю, где должен был состояться суд. Это событие стало сенсацией не только для голландской прессы. Газеты многих стран запестрели статьями о «русском злодее, главном зачинщике восстания на острове Ломбок».
Следствие было путаным, велось долго. Голландцы неоднократно спрашивали Малыгина: «Откуда вы получали такие большие суммы денег?» Ответ был всегда один и тот же: «Я их не украл». В бумагах, описывавших судебный процесс, рассказывается и о том, как выглядел Малыгин: «Русский был одет в серый костюм, вел себя корректно, очень хорошо говорил по-английски. Он сильно похудел за время следствия и часто направлял письма к консулу Бакунину, жалуясь на ужасное с ним обращение в тюрьме».
После четырех месяцев следствия крайне истощенного Малыгина поместили в тюремный лазарет. Он едва передвигался, и его болезненное состояние не вызывало сомнений. На следующее утро охрана лазарета обнаружила в палате Малыгина сломанную решетку. Арестант сбежал. В голландских газетах того времени высказывалось предположение, что ему помогла бежать женщина, но имени ее не называлось.
Далеко уйти Малыгину не удалось. Его поймали, заковали в кандалы и до самого приговора держали в них.
Русский консул явно не желал быть причастным к делу своего соотечественника, и потому неоднократные просьбы Малыгина игнорировал. Но желанию Бакунина остаться в стороне не суждено было сбыться. Он не посмел ослушаться министра внутренних дел России Остен-Сакена, который настойчиво «рекомендовал»: «Недурно, если бы русский представитель выказал участие к судьбе русского уроженца, какой бы он ни был… Ваш визит должен произвести некоторое впечатление на голландские власти, и он, быть может, не останется без последствий для судьбы Малыгина».
Консул Бакунин сообщал в письме к Остен-Сакену: «…Быть может, моя поездка оказалась в конце концов вовсе не бесполезной: смертной казни Малыгин избегнул и приговорен к 20 годам Zuchthaus. Это, быть может, потому, что голландские власти, видя, как я последовал зову Малыгина, вообразили, что казнь его в России произведет все же слишком нехорошее впечатление – смертная казнь в принципе была декретирована, как усмотрите из донесения № 45».
Бакунин приписал себе лавры освободителя Малыгина. На самом деле его истинным освободителем от смертной казни явился голландский адвокат ван Гроот. Из материалов дела совершенно очевидно честное и благородное поведение ван Гроота. Мужество русского вызывало у него уважение. В одном из сообщений в Гаагу ван Гроот посетовал, что «для процесса над этим преступником потребовалось три переводчика: с английским, балийским и сакским языками».
В документах суда говорится: «Адвокат настаивал рассматривать доставку оружия Малыгиным на остров как обычное торговое предприятие. По голландским законам подобные действия наказывались штрафом или тюремным заключением». Заключительную речь адвоката даже сами голландцы признают «блистательной», о чем говорится в газете «Зевентинде ярганг». Основной акцент ван Гроот сделал на том, что Малыгин – иностранец, русский подданный, и потому судить его за государственную измену нельзя. К тому же, как иностранец, он мог и не знать взаимоотношений между ломбокским раджой и голландскими властями. «Хитроумные построения адвоката, – по свидетельствам журналистов того времени, – поставили под сомнение активную деятельность Малыгина против голландского колониального господства».
После суда русское правительство неоднократно обращалось к голландским властям о депортации Малыгина в Россию и отбытии им наказания на родине. Два года прошения упорно отклонялись. Все это время «дело Малыгина» оставалось сенсацией для голландской прессы. В одном из голландских журналов есть фотография Василия Малыгина. Даже не зная его историю, было очевидно, что это неординарная личность. Особенно поражал взгляд – острый, проникающий в самую душу, и в то же время необычайно добрый и открытый. Даже голландский журналист, стремившийся наделить Малыгина крайне отрицательными чертами, вынужден был это признать: «Хотя этот трудный, хитрый и беспокойный субъект доставил много неприятностей и врачебному персоналу, и юридическим властям… немного найдется людей, которые рассматривая приложенный к статье портрет, подумают, что человек, так мирно и добродушно вы
глядящий, играл главную роль в кровавой борьбе во время предательства Ломбока…»