Капитану Беляеву было присвоено военное звание капитан-лейтенант, часть экипажа (мужчины) были мобилизованы, теплоход окрашен в защитный цвет и на флагштоке взвился военно-морской флаг. Кроме того, на палубе теплохода было установлено пять 45-мм полуавтоматических пушек и два крупнокалиберных пулемета ДШК. После гибели «Армении» с основным составом флотских квалифицированных медработников (7 ноября 1941 года), «Сванетия» была укомплектована почти сплошь студентами старших курсов медицинских институтов, которые в условиях войны быстро обрели хорошую медицинскую сноровку и практику и неплохо справлялись со своими обязанностями. Для «Сванетии» наступил новый период, полный тревоги и опасностей. Теплоход стал военным транспортом Черноморского флота.
29 марта 1942 года «Сванетия» в охранении лидера «Ташкент», а также эсминцев «Незаможник» и «Шаумян» доставили из Новороссийска в Севастополь 570 человек (две маршевые роты), 36 тонн боезапаса, 740 автоматов ППШ, 86 тонн боезапаса для авиации флота, 160 тонн взрывчатки для Приморской армии, 7 тонн детонаторов, 346 тонн продовольствия и 50 тонн фуража.
Только после того, как Черноморский флот понес большие потери от налетов авиации Геринга, командующий ЧФ контр-адмирал Ф.С. Октябрьский издал запоздалый приказ: «Корабли конвоя при движении с караваном уходят от транспортов на дистанцию до 10 кабельтовых. Предупреждаем всех командиров кораблей, что подобные действия граничат с преступлением…»
В апреле 1942 года «Сванетия», взяв на борт 191 т боезапаса, 682 т продовольствия для осажденного Севастополя и более 150 человек бойцов и командиров, благополучно прибыла в осажденный Севастополь. Город обстреливался и систематически подвергался налетам бомбардировочной авиации. Поэтому разгрузка и погрузка шли усиленными темпами в течение всего дня. Капитану Беляеву доложили, что на борт уже принято 240 человек тяжелораненых, 354 кавалериста 154-го кавполка, отправляемых в тыл для переформирования и отдыха, 50 человек эвакуированных, 10 рабочих морзавода, 65 человек военнослужащих различных рангов, в том числе были и морские летчики, следовавшие за получением новых самолетов. Всего с экипажем – более 900 человек.
Затем последовал срочный приказ из штаба Севастопольского оборонительного района к 21.00 закончить все погрузочные работы и быть готовым к выходу в Новороссийск.
Свидетельствует штурман «Сванетии» Г.Я. Кухаренко: «Когда мы прибыли на корабль, народу было так много повсюду, что вахтенной службе пришлось расчищать проход, чтобы дать возможность нам добраться до штурманской рубки: все помещения, коридоры, трапы, частично даже верхние палубы были заняты тяжелоранеными бойцами и эвакуированными. Сколько их было на борту – тысяча, а может, полторы тысячи или того больше – никто не знал…»
Капитан Беляев сразу побледнел и осунулся, когда узнал перед самым отплытием, что перегруженную сверх всякой меры «Сванетию» будет сопровождать лишь один эсминец «Бдительный».
Первым, согласно строгому флотскому правилу, из широкой Южной бухты Севастополя вышел эсминец «Бдительный», а за ним отправилась в свой последний рейс «Сванетия».
В 7 час 24 мин вахтенные доложили, что на северо-западе наблюдают самолет-разведчик противника. В 14.00 на высоте 3000 метров показался первый бомбардировщик, а вскоре – восемь «Хейнкелей-111» и четыре «Юнкерса-88». Они зашли со стороны солнца и энергично атаковали теплоход. Капитан все время менял курс, описывал циркуляцию или стопорил машины и бомбы, обдавая теплоход дождем брызг, рвались за кормой или у бортов. В первый заход насчитали 48 разрывов и только одна «зажигалка», угодив прямо в трубу, разворотила ее и, рикошетом чиркнув по шлюпочной палубе, улетела за борт.
Зенитчики «Бдительного» и «Сванетии» стреляли неплохо, заставляя бомбардировщики и торпедоносцы сворачивать с боевого курса. Один «Юнкерс» загорелся и упал в море, а другой, видимо подбитый, стал терять высоту и скрылся.
Сделав еще несколько заходов, бомбардировщики ушли и, как полагал капитан Беляев, ненадолго, дабы вернуться с новым грузом бомб, до наступления темноты. Из-за слабого охранения теплоход получил множество повреждений разного характера.
В 15 часов 55 мин с западного сектора на горизонте показались самолеты. С каждой минутой характерный гул моторов усиливался и скоро поступил доклад: сзади по правому борту девятка торпедоносцев «Хейнкелей-111»!
Самолеты шли на предельно малой высоте. Разделившись на три группы, они развернулись и легли на боевой курс. Первые восемь торпед были сброшены с высоты 30–40 метров на расстоянии 6–7 кабельтовых и стоявшие на мостике люди видели, как одна из торпед вошла в воду под тупым углом и от удара о воду взорвалась.