Майор (позднее подполковник) Джон Ланздейл переоделся в штатское и придумал себе подходящую «легенду». Он начал «исследовательскую работу» в Калифорнийском университете, познакомился с несколькими занятыми в атомном проекте учёными и заставил их разговориться, проник в лабораторию, посетил циклотрон и узнал, что связанные с атомным проектом работы ведутся и в Чикаго. После этого он надел свою форму и собрал сотрудников.
— Теперь представьте, — обратился к ним майор, — что я бы оказался шпионом.
— Проделайте то же самое во всех остальных наших лабораториях и на объектах, — поручил Ланздейлу генерал-майор Лесли Гроувз, которого в сентябре назначили ответственным за проект. — Сделайте молчание главным правилом для всех участвующих в Манхэттенском проекте.
В Чикаго, Ок-Ридже и кое-каких других местах десятки тысяч энергичных общительных американцев занимались работой, которую было необходимо сохранять в глубочайшей тайне. Под девизом «Защитим проект» Ланздейл при содействии майора Уильяма Консодайна начал грандиознейшую в истории кампанию по обеспечению секретности. Он организовал особое секретное подразделение из молодых парней и женщин под названием «Лазутчики». Офицерами в нём были большей частью юристы, обучившиеся секретности в военном министерстве, а агенты пришли из армейской контрразведки и военной полиции. Как результат их работы — в ходе осуществления американского атомного проекта не было зафиксировано ни одного вражеского диверсионного акта.
Они запретили употреблять слова «атом», «уран», а также название секретного оружия. Все занятые в проекте люди, постановили «лазутчики», должны использовать условные слова, которые необходимо постоянно менять. Атомы стали называться «Топс», бомба — «Бот». «Лазутчики» проверили должностных лиц и владельцев акций всех связанных с проектом корпораций, включая сотни подрядчиков. В целях большей конспирации и как мера от возможных бомбардировок связанные с проектом исследования и производство осуществлялись в разных местах: в Ок-Ридже, Теннесси; в Лос-Аламосе, Нью-Мексико; в Хэнфорде, штат Вашингтон и других.
Каждый секретный документ копировался, если его брали больше, чем на неделю, все копии регистрировались. Каждый вечер во всех помещениях производилась проверка на предмет неубранных бумаг и незапертых столов. Сотрудникам постоянно говорилось о необходимости хранить молчание. Президенту Рузвельту регулярно посылались письменные отчёты, которые военный министр Генри Стимсон приносил в Белый дом, ждал, когда он их прочитает, затем уносил обратно.
Каждый из шестисот тысяч человек, которые были заняты в Манхэттенском проекте, давал подписку о соблюдении секретности. Из них за почти четыре года было выявлено около двух тысяч болтунов. Участвовавшие в проекте военнослужащие, которых по каким-либо причинам освобождали, направлялись в такие места, где они не могли попасть в плен, а гражданских увольняли очень тактично, чтобы они не испытывали раздражения и не разговорились.
Наиболее тревожную проблему представляли учёные. Узнай немцы, где работали все американские известные физики-ядерщики, они, конечно бы, сделали правильный вывод, поэтому учёным были даны условные имена. Доктор Артур Комптон стал А. Комасом, доктор Энрико Ферми — Генри Фармером, и каждый из них имел телохранителя. Большинство учёных вело себя осмотрительно, но один из них выложил кое-что из секретных сведений на лекции, другой оставил свой кейс с важными данными в поезде — шесть агентов всю ночь искали его и в конце концов нашли — нетронутым.
Перед самым началом войны нацисты послали в Америку двух своих самых выдающихся учёных, чтобы выяснить, как в США обстоят дела в области атомных исследований. После начала работы над проектом службами США были перехвачены послания, спрятанные в письмах, в виде точек, изготовленных способом перефотографирования, от шпионов, пытавшихся войти в контакт с учёными.
Базой для некоторых шпионских рейдов за секретами производства атомной бомбы, как оказалось, послужила Канада. Там британский физик Алан Нунн Мэй передал агентам советской разведки урановые образцы и частичные отчёты о работе на канадском предприятии в Чок-Ривер и в Чикагской лаборатории, где он побывал три раза. Мэй хотел приехать ещё, но у «лазутчиков» появились подозрения, и генерал Гроувз сказал «нет». Арестованный британскими властями Мэй во всём признался и получил 10 лет тюрьмы.
С появлением слухов о «секретном оружии» Гитлера над всеми навис зловещий страх, что им может оказаться и атомная бомба. Работы по проекту были ускорены. В западное полушарие прибыли учёные нескольких других стран. С помощью британской разведки из Дании уехал всемирно известный физик-ядерщик Нильс Бор, который потом проработал два года в проекте под именем «Николас Бейкер».