В 60-х годах XIX столетия Дирекция императорских театров отдает Большой театр в аренду итальянскому антрепренеру Мерелли на 4–5 спектаклей в неделю. Здесь идут спектакли итальянской оперной труппы, вытеснившие из репертуара произведения русских композиторов. Русские композиторы начали справедливую борьбу с «итальяноманией», призывая вернуться к национальной самобытности на сцене театра. Дирекция не могла не услышать публичных выступлений П. И. Чайковского и других, — на сцене Большого стали появляться русские оперы. Это были «Русалка» Даргомыжского, «Юдифь» Серова, оперы Чайковского. Важнейшим этапом в развитии музыкальной и исполнительской культуры Большого театра явились постановки произведений композиторов «Могучей кучки»: «Бориса Годунова» Мусоргского, «Снегурочки», «Ночи перед Рождеством» Римского-Корсакова, «Князя Игоря» Бородина. А также опер и балетов П. Чайковского: «Лебединое озеро», «Черевички», «Спящая красавица», «Евгений Онегин», «Мазепа», «Пиковая дама». В этих постановках, знаменовавших расцвет русского оперного и балетного искусства, артистический коллектив Большого театра достиг художественной зрелости, блестящих творческих успехов. Эти спектакли сразу стали классическими и шли на сцене прославленного театра с разными исполнителями на протяжении всей его истории. Но, конечно же, когда своя оперная и балетная школа так сильно себя проявила и утвердила, можно и нужно было ставить мировую классику. На сцене Большого театра появляются Моцарт, Россини, Вебер.
История Большого театра насчитывает множество выдающихся оперных певцов, из поколения в поколение передающих традиции Русской вокальной школы. В XIX веке в Большом театре выступали: А. О. Бантышев, В. Н. Лавров, П. П. Булахов, Е. А. Лавровская, П. А. Хохлов и другие. В начале XX века расцвет вокальной русской школы связан с именами Л. В. Собинова, А. В. Неждановой, Ф. И. Шаляпина. Их имена — новая эпоха и в мировом оперном театре. В 1904–1906 годы в Большом театре работал С. В. Рахманинов. Под его управлением обрели новую сценическую жизнь многие русские оперы. Дирижировал он и своими операми.
Слава русского балета как лучшего балета в мире выковывалась в XIX веке Ж. Перро, Е. Сен-Леоном, М. Петипа и многими, многими танцовщиками. В 1900-х годах в балетную труппу Большого приходит балетмейстер А. А. Горский, который насытил балетные спектакли драматизмом. В балетном театре начала века шла эстетическая борьба между академизмом и поисками нового. Горский был командирован в Москву для того, чтобы перенести на сцену Большого театра успешные постановки петербургской сцены — балет Петипа «Спящая красавица». Опыт оказался успешным, и в следующем сезоне тот же путь проделал балет «Раймонда». В 1902 году Александра Горского назначили балетмейстером Большого театра. Этот пост он занимал до конца жизни (до 1924 года). «Дон Кихот» был одной из лучших работ Горского и пережил другие его спектакли. С его именем связано укрепление сценарной драматургии балетного спектакля. Он стремился к цельности действия, где соблюдалась бы верность эпохе, стилю и национальному колориту. Его спектакли обладали самостоятельным живописным решением. Он умел поставить роскошные танцы, придавал огромное значение мимодраме, перемежал танцевальные системы. В это время в труппе театра танцевала Екатерина Гельцер, которую называли «недосягаемой». Прима-балерина демонстрировала свою необыкновенную виртуозность. Рядом с ней танцевали В. Тихомиров и А. Балжина, М. Мордкин и А. Балашова.
Репертуар Большого театра постоянно пополнялся всем лучшим, что было создано в XIX веке русскими и иноземными (европейскими) композиторами.
После Октябрьской революции Большой театр переживал достаточно трудный период не только из-за политического раскола внутри труппы, коснувшегося с разной степенью буквально всех театров, но и в результате активного внешнего давления, когда он наряду с Малым и МХТом был объявлен «акстарьем» и его предлагали «сбросить с корабля современности». Однако скоро стало ясно, что без классики никакого «нового искусства» еще долго не построить. И постепенно театральная политика сменяется: «Назад к классике» — звучит новый лозунг. Конечно, определенное идеологическое воздействие Большой театр, получивший в 1924 году статус академического, испытывал всегда, но он оставался образцовым, классического репертуара, театром. На его сцене появились произведения и новой, советской идеологии: оперы «Тихий Дон» (1936), «Поднятая целина» (1937) Дзержинского, «Броненосец „Потемкин“» (1938) Чишко, «Мать» (1957) Хренникова и многие другие.