Служебник Иова Борецкого. Фрагмент титульного листа.
Из Москвы через Киев на Ближний Восток возвращался Иерусалимский патриарх Феофан и этим случаем для восстановления Киевской православной митрополии грех было не воспользоваться.
В августе 1620 г. в Киево-Печерской лавре состоялось тайное совещание представителей православных общин и монастырей Польско-Литовского государства, где было решено просить патриарха высвятить И. Борецкого на православного митрополита Киевского. Прибывший в Киев Феофан сначала боялся пойти на такой решительный шаг из страха перед возможной местью со стороны поляков. Но П. Сагайдачный гарантировал патриарху безопасность силами казаков и тот решился на этот акт.
В сентябре 1620 г. патриарх Феофан, с разрешения вселенского патриарха, при участии еще двух высоких иерархов восточной церкви — митрополита Софийского Неофита и епископа Страгонского Авраамия, под охраной казаков в храме Братского монастыря рукоположил на митрополита Киевского и Галицкого Иова Борецкого. Поскольку старейший из сохранившихся в городе после монгольского нашествия киевский Софийский собор находился в руках униатов, местом пребывания митрополита стал расположенный неподалеку Михайловский Златоверхий монастырь.
Возрождение православной Киевской митрополии повысило значение Киева как центра всего украинско-белорусского православия. Именно в то время начала формироваться традиция величать Киев «Вторым Иерусалимом». Одним из первых так стал называть город в своих посланиях И. Борецкий.
Католики и униаты при всем их негодовании не смогли воспрепятствовать восстановлению православной Киевской митрополии. Папа обратился к королю с призывом наказать нового митрополита и епископов, но польские власти не решились предпринять каких-либо действий, зная, что тем самым спровоцируют выступление украинского казачества. А в поддержке Войска Запорожского король остро нуждался в предстоящей широкомасштабной войне с турками. Положение Сигизмунда III усугублялось еще и тем, что в большом сражении на Цецорских полях осенью 1620 г. польские войска потерпели поражение и теперь на карту было поставлено само существование Речи Посполитой.
В июне 1621 г. казаки на своем совете, который проходил с участием православного духовенства во главе с Иовом Борецким, приняли решение выступить на помощь польскому войску против огромной турецкой армии при условии официального признания Польско-Литовским государством восстановленной православной церкви. Сорокатысячное украинское войско во главе с гетманом П. Сагайдачным, соединившись с уступавшей ему численно польской армией, в тяжелых боях под Хотином в сентябре того же года остановило турецкое наступление. Однако эта победа стоила гетману Сагайдачному жизни. Возглавляемая И. Борецким Киевская митрополия осталась без влиятельного заступника и покровителя.
Турецкая угроза заставила польскую сторону пойти на компромисс. Сейм и польское правительство примирились с существованием восстановленной православной митрополии, хотя не признали ее официально. Не решил эту проблему и сейм, созванный в 1623 г. Его депутаты высказались за проведение совместного собора православными и униатами для преодоления существующих между ними расхождений. Однако противоречия между сторонами были столь принципиальны (догматика, независимость или подчинение папе римскому), что снять их было невозможно.
При таких условиях православные украинско-белорусских земель, а в особенности Киева, еще более сплотились вокруг возглавляемой И. Борецким митрополии, в которой видную роль играл и архимандрит Киево-Печерской лавры Е. Плетенецкий. Вместе они приложили немало усилий для консолидации в Киеве ведущих представителей православной культуры Украины, развития образования и противостояния католическо-униатскому наступлению. Важной в этой связи была публикация в 1621 г. иеромонахом Киево-Печерской лавры Захарием Копистенским (с 1624 г., после смерти Е. Плетенецкого, архимандрита) «Полинодий» (что означает «Возвращение на старый путь» всех, кто принял униатство). В другой своей «Книге о единой вере» он защищает православие от протестантизма, достаточно распространенного к тому времени в Польше, Литве и западных землях Украины и Беларуси. Все эти труды были созданы под влиянием духовного общения с И. Борецким. В течение 1620-х годов в Киеве создавалась и так называемая Густинская летопись — история Руси-Украины с древнейших времен. Ее наиболее вероятным автором считается тот же 3. Копистенский, однако трактовка отечественной истории характерна для всего круга православных просветителей Киева, лидером которых был митрополит Иов Борецкий.