В церковных вопросах Ф. Прокопович был полностью на стороне царя в его противостоянии косной старомосковской боярско-церковной оппозиции. В свою очередь, царь-реформатор остро нуждался в этом образованном и широко мыслящем человеке, знакомом с порядками в государствах Европы.
По мере усиления влияния Феофана росло и количество его врагов, неизменно упрекавших Прокоповича в еретическом отступничестве от православия в сторону протестантизма. Их лагерь состоял не только из московских бояр и священнослужителей, но и из киевлян, занявших при Петре высокие посты в государстве и церкви (таких, к примеру, как Гедеон Вишневский, Маркелл Радышевский или ставший ректором Московской Славяно-греко-латинской академии Феофилакт Лопатинский).
В Киеве у Феофана появлялись многочисленные энергичные сторонники и последователи. Среди них особо следует назвать его ученика в Киево-Могилянской академии Якова Маркевича, сына лубенского полковника Андрея Маркевича. Яков был женат на дочери влиятельного черниговского полковника Павла Полуботка, провозглашенного после Ивана Скоропадского гетманом Украины (но позже замученного в Петербурге). Из писем Ф. Прокоповича к Якову Маркевичу многое можно узнать о его настроениях и обстоятельствах жизни после переезда в северную столицу.
Находясь в гуще политических событий, Ф. Прокопович не мог оставаться в стороне от громкого, потрясшего основы дворцовой жизни, дела царевича Алексея. В отличие от связанного с консервативными боярско-церковными кругами С. Яворского, пытавшегося умилостивить гнев монарха и выхлопотать прощение опальному престолонаследнику, Ф. Прокопович решительно поддержал Петра, концептуально обосновав не только право единоличной власти царя, но и необходимость подчинения церковных структур самодержавной воле.
Фактически Ф. Прокопович, опираясь на современные ему теории государственного права и учитывая давние традиции Московского царства, создал и обосновал концепцию российского просвещенного абсолютизма, заложенного Петром I, укрепившегося при Елизавете и расцветшего в годы правления Екатерины II. Эта концепция стала идейным фундаментом государственной системы Российской империи, и не вина Ф. Прокоповича в том, что далеко не все монархи, побывавшие на петровском престоле, действительно были просвещенными и достойными венца и скипетра.
Просвещенный абсолютизм в первые века Нового времени был явлением общеевропейским и без него встряхнуть, просветить и реорганизовать Московское царство, привить ему азы западной образованности и вывести его на уровень передовых европейских стран в военно-политическом и культурном отношении было невозможно. Сочетание самодержавной воли с просвещенностью и политическим рационализмом персонифицировалось в близости Петра и Феофана.
Литературная и ораторская деятельность Ф. Прокоповича с его переездом в Петербург всецело была направлена на разработку политических, церковных и культурно-просветительских программ петровских времен. Первостепенное значение в этом плане имело его «Слово о власти и чести царской» (1718), посвященное обоснованию идеи неограниченной власти монарха как персонификации абсолютистского государства и правомочности суда над царевичем Алексеем. В предисловии к «Морскому уставу» (1719) и в «Слове похвальном о флоте российском» (1720) Феофан доказывал необходимость создания и укрепления русского флота, прославляя его победы.
В 1718 году Ф. Прокоповича назначили епископом Псковским и Нарвским. Эта должность была почетной и необременительной, к тому же предполагала его постоянное нахождение в Петербурге рядом с Петром. В 1719–1720 годах Феофан работает над «Духовным регламентом», в котором обосновывает новую для России систему управления церковью во главе с подчиненным государю Св. Синодом вместо патриарха. В одном из писем Я. Маркевичу он сообщал:
«Наконец я написал для главной церковной Коллегии, или Консистории, Постановление, или Регламент, где содержатся следующие восемь глав: а) причины, по которым постоянное синодальное управление предпочитается управлению церкви одним лицом, то есть патриархом; б) правила общие для христиан всяческого чина; в) правила для епископов; г) правила для академии, семинарии, также для учителей и проповедников; д) правила для пресвитеров, диаконов и пр.; е) правила для монахов; ж) правила для мирян, насколько они подлежат церковному управлению; з) наконец, правила для самих президентов и асессоров коллегии. Всех правил почти триста».
Это был философско-публицистический труд, обосновывающий необходимость и задачи церковной реформы и подводящий под нее теоретическую базу в виде переработанных в монархическом духе положений утверждавшихся в Европе того времени понятий естественного права.