Охваченный небывалым подъемом и окрыленный первыми успехами, X. Рисаль едет в провинциальные центры, чтобы привлечь в свою организацию новых членов. Но вскоре его вызвали к генерал-губернатору Деспухолу, который обрушился на поэта с громовыми обвинениями, размахивая брошюрой "Бедные братья", якобы найденной в чемодане его сестры. Под усиленным конвоем X. Рисаля отправили в старинный форт Манилы и заключили в одиночную камеру, за которой установили неусыпный надзор. Поэта стерегли как опасного государственного преступника, не допуская никаких сношений его с внешним миром. Однако заключение X. Рисаля в одиночной камере длилось недолго. Вскоре его без следствия и суда отправили на пароходе "Себу" в Дапитан — отдаленный городок, располагавшийся на северо-восточном побережье острова Минданао (в "языческом" районе Филиппин). X. Рисалю отвели помещение в доме командира небольшого военного отряда, стоявшего на острове, но во время своего изгнания поэт пользовался относительной свободой. За четыре года ссылки он не написал ни одного крупного произведения и все свое время посвятил этнографическим исследованиям: изучал обычаи и самобытную культуру местного народа, обучал население грамоте и лечил его… Свои личные потребности X. Рисаль ограничил до минимума, а весь свой медицинский гонорар отдавал на нужды Дапитана: на средства поэта в городке были проведены водопровод и уличное освещение.
Несмотря на строгий контроль за перепиской и посетителями, до X. Рисаля доходили слухи о готовящемся в народе взрыве, неизбежность которого он уже давно предчувствовал. В "Филиппинской Лиге" после его ссылки отчетливо наметились два лагеря: буржуазных членов организации охватили страх и растерянность, реформаторы колебались и старались ограничить все действия сбором средств на нужды своего союза и на издание газеты. Противоречия возрастали день ото дня, и в 1893 году "Филиппинская Лига" была распущена, а вместо нее создана организация широких народных масс "Катипунан". X. Рисаль, изолированный в Дипутане, тем не менее, продолжал владеть умами соотечественников. Но в начале ноября 1896 года тяжелые решетки форта Сантьяго закрылись за ним во второй раз.
Под строжайшей охраной X. Рисаля препроводили в ту самую камеру, где он находился в 1892 году. Связь поэта с внешним миром была полностью прервана, на первых порах даже родственникам не разрешали видеться с ним. Однако колониальные власти понимали, что перед лицом всего мира X. Рисаля нельзя казнить без суда и улик — все равно каких, пусть даже и вымышленных. Правительственные агенты пытались выудить у знакомых поэта признания, что тот является членом "Катипунана" и участвовал в подготовке восстания. Долгие дни подвергался изощренным пыткам Пасьяно — брат X. Рисаля. Пальцы его левой руки зажимали в тиски, а в правую руку вкладывали перо, чтобы он подписал лжесвидетельство. Несколько раз Пасьяно терял сознание от нечеловеческой боли, но палачи не смогли вырвать у него ни одного признания и выпустили его только после того, как довели почти до полного сумасшествия. Другие филиппинские патриоты тоже мужественно перенесли все допросы и пытки, так что даже испытанным следователям ничего не удалось добиться от них. Не получив ни одной улики, которая бы доказывала участие X. Рисаля в подготовке восстания, колониальные власти обвинили поэта в создании "Филиппинской Лиги", которая якобы явилась прототипом "Катипунана". Искусно подобрав цитаты из его произведений, враги быстро подготовили обвинительный акт и передали поэта военно-полевому суду. С самого начала следователи и судьи были уверены в виновности X. Рисаля, поэтому исход дела был предрешен заранее.
В тревожном ожидании поэт провел 17 томительных дней, потом его вызвали на первый допрос, где сообщили о предъявляемых ему обвинениях: создании незаконной организации "Филиппинская Лига" и ряде уголовно наказуемых деяний, которые привели к мятежу. Главный следователь Ф. Оливе был доволен: у него есть почти 30 доказательств "вины" X. Рисаля — письма, документы, стихи "подрывного" содержания и показания лжесвидетелей. Его не смущает, что некоторые стихи принадлежат не X. Рисалю, главное — в них присутствует "мятежный дух", а в литературные тонкости он вдаваться не намерен. Так что поэту не спастись: следствие ведут военные, судить поэта будет военный суд, обвинитель тоже будет военным, а для них неважно, виновен поэт или нет.