В 1605 году на Соловки доставили Симеона Бекбулатовича — бывшего владыку Касимовского царства Саин-Булата, которое выделялось московскими князьями татарским
В 1612 году на
В 1652 году по повелению новгородского митрополита Никона (будущего патриарха) был вызван с Соловков старец Арсений — человек ученый и образованный — для исправления богослужебных книг. А потом он снова был отправлен в Соловецкий монастырь, но уже узником — по подозрению в неправославном образе мыслей. А набрался он этих мыслей будто бы в западных училищах и даже на время перешел в католичество, чтобы его допустили в эти училища.
Во второй половине XVII века на Соловки вообще ссылали многих людей, не признававших церковной реформы патриарха Никона и протестовавших против нее. Среди них был и князь Львов — начальник Московского печатного двора, однако в монастыре он больше занимался кутежами, чем боролся за старину. Увезли его с Соловков в 1666 году во время возмущения монахов, которые запротестовали сначала против церковной, а потом и государственной власти.
Усмирять монашествующую братию прислали воеводу Ивана Мещеринова, который обошелся с монахами, как варвар: все деревья вокруг монастыря были увешаны трупами. Войдя в монастырь победителем, он выгнал полуодетых черноризцев в январские морозы на море, и они там замерзли. В живых остались только немногие счастливцы, которые преподнесли суровому воеводе богатые дары, да он и сам стал брать себе монастырские сокровища.
В период возмущения монахов (1666–1667) ссыльных в Соловецкий монастырь не присылали, а потом вести о разграблении монастырского имущества дошли до Москвы, и из столицы для расследования дела прислали князя Волынского. Донос подтвердился, и воевода И. Мещеринов стал первым после восстания сосланным на Соловки. Однако на защиту его встал новгородский митрополит Варсонофий, в ведении которого состоял тогда Соловецкий монастырь. Он часто слал грамоты соловецкому архимандриту, прося оказать снисхождение воеводе, и его стараниями в 1680 году И. Мещеринов был освобожден.
В 1691 году в Соловецкий монастырь по указу Петра I был прислан для