Известность как военачальник и большой боевой опыт Скобелев приобрел во время завоевательных экспедиций русской армии в Среднюю Азию. В немалой степени они были вызваны постоянными столкновениями на государственной границе в Оренбургском крае и процессом добровольного вхождения в российское подданство кочевых казахов, на которых распространялась власть Кокандского и Хивинского ханств, Бухарского эмирата.
Скобелев участвовал в Хивинском походе 1873 года. Туркестанский генерал-губернатор К.П. Кауфман, помня о неудачах прежних походов русских войск на Хиву, тщательно организовал военную экспедицию. Туркестанские войска были усилены опытными кавказскими войсками, участвовавшими в войне против имама Шамиля, и дополнительным числом казачьих войск.
В Хивинском походе подполковник Скобелев не раз проявлял личное мужество. За воинскую доблесть при проведении рекогносцировки (разведки) у селения Имды-Кудук он был награжден орденом Святого Георгия 4-й степени. 29 мая 1873 года столица ханства – древний город Хива – сдалась русским войскам почти без боя после непродолжительного артиллерийского обстрела, которым руководил Скобелев. Хивинское ханство признало свою вассальную зависимость от Российской империи, выплачивало контрибуцию в 2,2 миллиона рублей, ликвидировало у себя рабство. Свободу получили немало русских пленников-рабов, захваченных хивинцами в оренбургском приграничье.
Скобелев продолжил службу в Туркестанском крае. В то время в Коканде, где происходили кровавые распри между ханом Худояром и его ближайшими родственниками, которые ополчились на него, разгорелась настоящая междоусобная война, в которую были вынуждены ввязаться российские власти. За блистательное командование кавалерией в сражении при крепости Махраме против кокандцев Скобелев был произведен в генерал-майоры.
В январе – феврале 1876 года русские отряды под командованием Скобелева в боях под Андижаном и Асаке нанесли поражение мятежным кокандцам, которыми руководил Автобачи. В Асаке был разгромлен 15-тысячный отряд повстанцев.
Одержанные победы привели к тому, что в том же 1876 году Кокандское ханство прекратило свое существование, а на его месте образовалась Ферганская область, вошедшая в состав Туркестанского генерал-губернаторства. Генерал Скобелев был назначен военным губернатором и командующим войсками Ферганской области. Во многом благодаря ему на территории бывшего Кокандского ханства было прекращено кровопролитие.
М.Д. Скобелев был очень популярен среди русских солдат. Вершиной его воинской славы стала русско-турецкая война 1877–1878 годов за освобождение православной Болгарии от векового османского владычества.
В июле 1877 года генерал командовал Кавказской казачьей бригадой во время неудачного второго штурма и блокады сильной турецкой крепости Плевна, которую защищало первоначально 30-тысячное войско Осман-паши. Кровавая плевенская эпопея затянулась на долгих пять месяцев и вынудила русскую Дунайскую армию приостановить наступление на юг Болгарии. В ходе второго штурма вражеской крепости генерал Скобелев атаковал вражеские укрепления с юга силами Кавказской казачьей бригады, пехотного батальона и трех батарей. Своими действиями Скобелев спас от разгрома отряд генерала Шаховского, который попал под сильный удар контратакующих турок.
В августе Скобелева назначили командиром отдельного отряда русских войск, отличившегося при взятии города Ловеч, в котором турки учинили резню местных жителей. В городе укрепился султанский генерал Рифат-паша, имевший 8 тысяч солдат. Русские войска взяли Ловеч штурмом, овладев укреплениями на горе Червен Бряг, остатки турецкого гарнизона – 400 человек – с трудом спаслись от преследования Кавказской казачьей бригады. Русская армия тогда потеряла около 1500 русских воинов.
Во время третьего штурма Плевны, где находилась лучшая султанская армия, генерал-майор Скобелев командовал левофланговым отрядом. Его пехотинцам удалось выбить турок с вершин Зеленых гор и закрепиться там. Когда под сильным неприятельским перекрестным огнем цепи атакующих залегли, Скобелев верхом на белом коне, с обнаженной шашкой вновь поднял их в атаку. Редуты Каванлык и Иса-Ага были взяты штыковой атакой, и оборона Плевенской крепости оказалась прорванной.
Осман-паша провел четыре атаки, чтобы вернуть себе эти редуты, но безуспешно. Поскольку на всех других участках штурмующие русские и румынские войска успеха не имели, Скобелев, к тому же лишенный артиллерийской поддержки, приказал своим батальонам отойти на гребень Зеленых гор. Неудачный третий штурм Плевны стоил 13 тысяч погибших русских и 3 тысяч румын. В этих боях Скобелев показал себя прекрасным тактиком – впервые его пехотинцы, действовавшие в рассыпном строю, атаковали вражеские укрепления перебежками, что заметно снизило потери. Это было новым словом в военном искусстве того времени. «Стрелять должны вы, а не противник», – учил генерал своих солдат.