К гоминьдановцам присоединяется военный правитель провинции Шаньси Ень Сишань, и они объединенными силами (700 тысяч человек) форсируют реку Хуанхэ и захватывают 4 июня 1828 года город Пекин. Полумиллионная армия милитаристов Северного Китая терпит поражение. Маршал Чжан Цзолинь отступает в Маньчжурию. Около Мукдена его личный поезд взрывают японцы. Военным правителем Маньчжурии становится его сын – «молодой маршал» Чжан Сюэлян, с которым гоминьдановцы налаживают отношения.
В 1928 году становится ясно, что гоминьдановскому Китаю грозит война с Японией. В мае в шандуньском городе Цзинани произошли первые военные столкновения между чанкайшистскими и японскими войсками. Через год большая часть провинции Шаньдун оказалась в руках японцев, которые после переговоров с правительством Китая вывели оттуда большую часть своих войск.
К осени 1928 года под командованием генералиссимуса Чан Кайши находилась почти двухмиллионная армия. Он предпринимает наступление на «советские районы», где укрепились войска Коммунистической партии. Против баз КПК в провинции Цзянси гоминьдановские войска совершили пять рейдов. Первых два закончились неудачей из-за активности партизан, третий и четвертый – из-за действий японцев.
Пятый рейд был успешным: он планировался группой германских военных советников во главе с генералом Гансом фон Сектом, недавно ушедшим в отставку с поста начальника Генерального штаба Германии. Наступление чанкайшистских войск велось по сходящимся направлениям с использованием полевых укреплений и сети блокгаузов. Китайская Красная армия несла тяжелые потери и, оставив «советский район» в провинции Цзянси, пробивалась на север, к монгольской границе.
19 сентября 1931 года мукденский (шэньянский) инцидент положил начало войне Китая с Японией. Две роты японских солдат проводили близ города Мукдена «ночные учения», и китайские полицейские открыли огонь. После этого батарея японских тяжелых орудий разрушила казармы полицейских и город Мукден с арсеналом и окрестностями оказался в руках императорской Квантунской армии. Начались бои, и к февралю 1932 года японцы захватили всю Маньчжурию, выбив оттуда китайские войска.
26 января 1932 года морская пехота японского адмирала Седзава высаживается в Шанхае. В считаные дни там оказывается около 70 тысяч японских войск. 18 февраля 1932 года провозглашается независимость государства Маньчжоу-Го под протекторатом Японии. На престол марионеточной страны японцы возводят бывшего китайского императора Генри Пу И.
Генералиссимус Чан Кайши после заключения зыбкого перемирия с Японией объявил войну китайской Красной армии. Он создал организацию «синерубашечников», которые по всей стране поддерживали культ личности главы Гоминьдана. «Синерубашечники» начали проводить «чистки» в гоминьдановской армии, в результате которых возрос авторитет КПК, а не Чан Кайши.
7 июля 1937 года японские войска проводили «ночные маневры» на мосту Лугоуцяо (или, иначе, на мосту Марко Поло). Дело кончилось артиллерийской перестрелкой. Так Япония фактически уже начала Вторую мировую войну в Азии. В июле японские войска развернули наступление в Северо-Восточном Китае. В августе японцы высадили десант под Шанхаем, но из-за сильного сопротивления гоминьдановских войск смогли взять город при помощи флота только через два месяца.
Наступающие японские войска овладели Пекином и территорией к северу от реки Хуанхэ. Нанкинское правительство обратилось за помощью к СССР, и 21 августа 1937 года стороны заключили между собой договор о ненападении. В Китай пошла советская военная помощь, ему были предоставлены значительные кредиты. К середине февраля 1939 года в Китае работали и принимали участие в боевых действиях 3665 советских военных специалистов.
В декабре 1937 года японцы, наступавшие из Шанхая, захватили гоминьдановскую столицу Нанкин. В ожесточенных боях за нее китайская армия потеряла почти все свои танки и самолеты, большую часть артиллерии и военно-морского флота. Чан Кайши перенес столицу западнее, в город Ханькоу. К середине 1939 года ему удалось восстановить свои военные силы, доведя армию до 3 миллионов человек. В сражении при Тайэрчжуане китайцы нанесли поражение противнику. Затем японцы не смогли захватить важный железнодорожный узел Чжэнчжоу. После захвата ими города Ханькоу генералиссимус Чан Кайши еще раз перенес столицу на запад – на сей раз в Чунцин.
Вторая мировая война, захватившая и Тихоокеанский регион, заметно снизила накал боевых действий в Китае. В начале 1945 года японские войска провели крупную наступательную операцию в центральном Китае и захватили плодородный район между реками Хуанхэ и Янцзы. Вскоре китайские войска остановили их продвижение на Чандэ и Чжэцзян.
В мае – августе 1945 года гоминьдановское командование провело успешное контрнаступление и отрезало 100-тысячную группировку японцев в районе Кантона (современный Гуанчжоу). 8 августа 1945 года СССР объявил войну Японии. Квантунская армия была разгромлена. 14 августа Япония капитулировала.