Польское правительство создало на Украине так называемое реестровое (записанное в особый список – реестр) казачество, которое стало важной силой в войнах против Турции и Московского государства. Они располагались в городках на Днепре и должны были защищать Речь Посполитую от татарских и запорожских набегов. Реестровые казаки освобождались от всех государственных повинностей, владели землей и имели право вести торговлю и охотничий и рыбный промысел. В то же время на Украине насчитывались тысячи нереестровых казаков, которые населяли южно-украинские степи, не несли феодальных повинностей, не владели землей и жили войной, разбоем, охотой и рыбной ловлей. Эти люди привлекались в польское войско во время походов, но их статус не был урегулирован.
В 1596 году была заключена Брестская церковная уния, согласно которой православная церковь на территории Речи Посполитой была подчинена римскому папе. Однако многие православные епископы и массы верующих в целом не признали унии и считали себя независимыми от католической церкви. Украинские казаки были православными и боролись как с поляками-католиками, так и с украинскими сторонниками унии.
В 1590 году нереестровые казаки во главе со своим гетманом Кшиштофом Косинским, происходившим из польской шляхты, подняли восстание. После гибели Косинского его сменил переяславский полковник Иван Лобода, а затем – Павел Наливайко. Польским войскам во главе с князем Константином Острожским, православным магнатом, сын которого Януш, однако, уже был католиком, удалось подавить восстание в 1596 году, причем в решающей битве в 1594 году легло до 3 тысяч казаков. Два года спустя, окруженные гетманом Жолкевским в урочище Солонице близ Лубен, казаки капитулировали, согласившись выдать атаманов и все военные запасы, в том числе 31 пушку. Попавшие в плен вожди мятежа Наливайко, Лобода, Кизим и Мазепа были казнены.
В 1619 году под давлением казаков реестр был увеличен с 1 до 3 тысяч человек, но вне его осталось более 10 тысяч казаков, а вместе с ними – горючий материал для новых мятежей. В 1625 году, после нового восстания под руководством Жмайло, число реестровых казаков выросло до 6 тысяч, но вне реестра теперь было уже около 40 тысяч казаков. Многие не попавшие в реестровые казаки уходили в Сечь, где в 1629 году насчитывалось уже 40 тысяч запорожских казаков.
В 1630 году восстали десятки тысяч «новых казаков» во главе с беглым крестьянином Тарасом Федоровичем (Тарасом Трясыло). Восставшие пошли походом с Сечи на Украину, где к ним присоединились и реестровые казаки. Под Корсунем повстанцы окружили польское войско гетмана Конецпольского. Последнему удалось договориться с реестровыми казаками. В разгар сражения они перешли обратно на сторону поляков, схватили и казнили Тараса.
В 1637 году новое восстание возглавил запорожский казак Павлюк. Оно охватило Киевщину, Полтавщину и Черниговщину. Повстанцы уничтожили старшину реестровых казаков, польскую и украинскую шляхту. 14-тысячному польскому войску во главе с гетманом Потоцким в 1638 году с большим трудом удалось уничтожить 10-тысячную армию Павлюка. После поражения реестровые казаки выдали Павлюка и его приближенных поляков. Казненного Павлюка сменил гетман Остраница, а позднее – полковник Гуня, но восстание вскоре было подавлено. Теперь реестровых казаков стало меньше 6 тысяч, и была отменена выборность почти всей казачьей старшины.
В конце 1647 года чигиринский сотник Зиновий Богдан Хмельницкий, происходивший из мелкопоместной украинской шляхты, испытавший немало притеснений от поляков, бежал в низовья Днепра, где, собрав отряд беглых казаков, напал на польскую крепость Кодак, запиравшую выход из Сечи, и захватил ее. После этого успеха Запорожская Сечь избрала Хмельницкого своим гетманом.
Хмельницкому удалось заключить союз с крымским ханом. Польское командование недооценило серьезность ситуации. Коронный гетман Николай Потоцкий считал, что у Хмельницкого лишь 2 тысячи казаков и не более 500 татар перекопского мурзы Тугай-бея. В действительности же у Хмельницкого было до 8 тысяч запорожцев и примерно столько же татар.
На Запорожье в апреле 1648 года двинулся польский отряд в 5–6 тысяч человек во главе с сыном гетмана Потоцкого Стефаном. Параллельно ему по Днепру на лодках плыл отряд реестровых казаков полковника Барабаша в 4–6 тысяч человек, усиленный несколькими сотнями немецких ландскнехтов. Запорожцы ждали противника у Желтых Вод – притока реки Ингулец. 3 мая реестровые казаки убили Барабаша, истребили немецких пехотинцев и присоединились к Хмельницкому.