Натиск же северян, начавших наступление в 10 часов утра, к 2 часам дня заметно ослабел. Многие находились на ногах уже 12 часов и сильно устали во время обходного марша. В три часа дня в Манассасе выгрузилась резервная бригада южан под командованием Кэрби-Смита и немедленно контратаковала левый фланг северян, обратившийся в беспорядочное бегство к Сентервиллу. В центре северян атаковал еще один резерв конфедератов – бригада Джубала Эрли. Армия Макдоуэлла потоком хлынула к Вашингтону.
Беглецы бежали вплоть до пригородов американской столицы. Но южане сами были слишком утомлены боем, чтобы преследовать противника. Северяне потеряли 418 человек убитыми, 1011 ранеными и 1216 пропавшими без вести (почти все они оказались в плену). Потери южан составили 387 убитых, 1582 раненых и 12 пленных. В качестве трофеев войскам Борегарда и Джонстона досталось 5 тысяч винтовок, 28 орудий и полмиллиона патронов.
Макдоуэлла заменил генерал Джордж Макклеллан, ранее командовавший армией Западной Виргинии. Ему удалось собрать беглецов и укрепить армию Севера (1 ноября он был назначен главнокомандующим). Однако Макклеллан страдал нерешительностью и медлительностью. Борегар и Джонстон 30 сентября попытались убедить президента Конфедерации Джефферсона Дэвиса в необходимости усилить 40-тысячную армию у Манассаса 20 тысячами новобранцев и идти в поход на Вашингтон. Но Дэвис не рискнул сконцентрировать все силы на одном направлении, пусть и важнейшем. Вероятно, он был прав. После первого сражения на Булл-Ране Вашингтон конфедераты, безусловно, смогли бы захватить Вашингтон, но наверняка не удержали бы его, а ослабление других фронтов могло привести к печальным последствиям.
27 января 1862 года Линкольн отдал приказ о генеральном наступлении. Следуя этому приказу, армия генерала У. Гранта очистила от неприятеля штат Кентукки и стала продвигаться вглубь Теннесси. 7 апреля Грант разбил армию южан во главе с генералом А. Джонстоном у Шайло на Теннесси, причем Джонстон был смертельно ранен. Правда, убитыми и ранеными северяне в этом двухдневном сражении потеряли на 3 тысячи солдат больше, чем южане. 25 апреля пал крупнейший город Конфедерации Новый Орлеан.
Менее успешно для Союза проходила кампания в Вирджинии. Там Потомакская армия генерала Макклеллана, насчитывавшая 170 тысяч человек, собиралась захватить форт Монро на Виргинском полуострове с помощью морского десанта, но южане заранее узнали об этой операции и заранее блокировали подходы к нему. После этого в марте Макклеллан был снят с поста главнокомандующего, но остался командующим Потомакской армией. 17 марта он начал грузить свои войска на суда, чтобы высадиться на Виргинском полуострове. Отсюда он собирался атаковать столицу Конфедерации Ричмонд. Однако уже 4 апреля по приказу Линкольна из Потомакской армии был изъят 30-тысячный корпус генерала Макдоуэлла и переброшен в район Манассаса. Это было вызвано поражениями, которые нанес в долине Шендоа армии северян генерала Натаниэла Бэнкса один из лучших полководцев Конфедерации генерал Томас Джексон.
Макклеллан в течение месяца не мог взять укрепленный город Йорктаун, где 15-тысячная армия южан успешно имитировала присутствие 100-тысячного войска. Тем временем Джэксон 8 мая разбил корпус Фремонта, а 23 и 25 мая еще раз одолел Бэнкса у Фронт-Ройала и Винчестера, причем у Фронт-Ройала южане потеряли 50 человек, а северяне – 904. 31 мая генерал Джонстон неудачно атаковал Макклеллана при переправе через Чикахомини, когда сам Джонстон был ранен и потерял более 6 тысяч человек (потери северян превышали 5 тысяч). После этого командование главной армией Конфедерации, действовавшей в Виргинии, принял генерал Роберт Ли.
В Семидневной битве, продолжавшейся с 26 июня по 2 июля, потери южан на 5 тысяч превысили потери северян, но Макклеллан принял решение отступить от Ричмонда и расположился лагерем в устье реки Джемс. В августе Потомакская армия была эвакуирована из Виргинии.
28-30 августа защищавшая Вашингтон Виргинская армия Джона Попа была разбита во втором сражении у Булл-Рана войсками Джексона и Ли. Северяне потеряли более 16 тысяч солдат, в том числе 6 тысяч пленными, а южане – чуть более 9 тысяч. После этого Виргинская армия была слита с Потомакской под командованием Макклеллана.
В сентябре армия Ли вторглась в штат Мэриленд и 17 сентября разбила Потомакскую армию у Шарпсберга. Исход боя решил отряд Джексона Каменная стена, который за два дня до сражения захватил главную базу северян в Харперс-Ферри, захватив 11 тысяч пленных, 13 тысяч винтовок, 73 орудия и массу продовольствия и снаряжения, а затем ударил в тыл войскам Макклеллана. Впрочем, северяне тоже объявили сражение при Шарпсберге своей победой, тем более что 19 сентября Ли отошел за Потомак.