2 июня 2000 года четырехместный вертолет, на котором летел Святослав Николаевич Федоров, возвращаясь в Москву после юбилейных торжеств по случаю 10-летия Тамбовского филиала МНТК, потерпел аварию. Академик Федоров трагически погиб. Комиссия установила, что авария произошла по техническим причинам, из-за неисправности самолета.
Святослава Николаевича Федорова похоронили на сельском кладбище деревни Рождественно-Суворово Мытищинского района, в 60 км от Москвы. Выбор места был не случаен. Академик Федоров самозабвенно любил Подмосковье и рядом с деревней заложил огромный оздоровительный комплекс МНТК. В 1989 году по его инициативе и на средства МНТК в деревне Рождественно-Суворово была восстановлена церковь Рождества Пресвятой Богородицы. В этой деревне находилось имение отца Александра Васильевича Суворова, и здесь же находится могила отца великого полководца.