Вслед за ними пришла очередь остальных жертв. Данилу Битяговского вытащили из дьячьей избы. Осипа Волохова схватили у жены Битяговского и привели к царице. Мать Осипа Василиса показывала, что «царица-де миру молыла: то-де убойца царевичу, сын ее Осип Волохов. И сына ее Осипа тут до и смерти убили».
На дворе у Битяговских все было разграблено. Жену Битяговского Авдотью с двумя дочерьми, «ободрав, нагу и простоволосую, привели к царице». Их тоже хотели убить, и только вмешательство двух настоятелей монастырей спасло их.
К вечеру все успокоилось, но трупы убитых оставались непогребенными. В церкви лежало тело царевича, и около него «безотступно» находился Андрей Александрович Нагой.
Вскоре наступило отрезвление. Было ясно, что вот-вот из Москвы нагрянет следственная комиссия. Нужно было срочно найти доказательства вины убитых. За дело взялся Михаил Нагой. По его приказу на тела Битяговских, Качалова, Волохова и других убитых (а всего погибло 14 человек) положили оружие – ножи, железную палицу, взятую в доме Битяговского… Чтобы оружие имело картинный, обагренный кровью вид, зарезали курицу и ее кровью натерли ножи. Все это было рассказано на следствии самими участниками ужасного фарса.
Вечером 19 мая в Углич приехала следственная комиссия. Ее формально возглавлял митрополит Сарский и Подонский Геласий. Секретарь комиссии дьяк Елизарий Данилович Вылузгин – выходец из старой приказной семьи. Окольничий Андрей Петрович Луп-Клешнин своей карьерой был обязан Годунову, к тому же, по сведению некоторых летописцев, его свойственник.
Особенное внимание историков всегда привлекала личность фактического главы комиссии князя Василия Ивановича Шуйского, будущего царя, отпрыска одной из самых знатных фамилий Русского государства.
В царствование Федора Ивановича Шуйские подвергались репрессиям. Погиб в тюрьме князь Иван Петрович Шуйский – герой обороны Пскова от войск польского короля, в ссылке оказался родной брат Василия Ивановича – Андрей. Впоследствии и сам Шуйский подчеркивал свои плохие отношения с Годуновым. Почему же всесильный правитель допустил, чтобы во главе комиссии, расследующей такое щекотливое дело, оказался князь Василий?
Очевидно, потому, что В.И. Шуйский не являлся врагом Бориса? Во-первых, он был даже свойственником Годунова. Во-вторых, врагу Годунова И.П. Шуйскому он приходился всего лишь пятиюродным братом, так как принадлежал к другой линии рода. Вероятно, В.И. Шуйский, политик опытный и трезвый, не ссорился с Годуновым при его жизни, а напротив – цепко держался за свояка. Легенда о вечном противоборстве Василия Шуйского и Бориса Годунова была создана самим Шуйским, когда после вступления на царский престол ему нужно было и отмежеваться от своего непопулярного предшественника, и примазаться к военной славе и мученической кончине Ивана Петровича Шуйского.
Итак, вечером 19 мая комиссия прибыла в Углич. Судя по протоколам допросов, все следствие было публичным. Воспользовавшись теплой майской погодой, допрашивали прямо во дворе кремля. Кругом толпились любопытные, что не всегда оказывалось для них безопасным: одного из таких зевак тут же опознали как человека, «который Михаила Битяговского и почал бити», и арестовали прямо на месте.
Конечно, при таком ведении следствия и фальсификация показаний, и давление на свидетелей были затруднены. Однако долгое время историки не принимали всерьез следственного дела. И виною тому был прежде всего сам Василий Иванович Шуйский. В качестве главы следственной комиссии он подтвердил: царевич закололся в эпилептическом припадке. При вступлении на престол Лжедмитрия он, признав нового царя, заявил, что не видел в Угличе тела убитого царевича. Овладев царским троном, тот же Шуйский объявил торжественно: царевич Дмитрий «заклан бысть» от «лукавого раба Бориса Годунова», и установил почитание нового святого мученика. В связи с этим дореволюционный историк Н. Костомаров писал: «Следственное дело для нас имеет значение не более, как одного из трех показаний Шуйского, и притом такого показания, которого сила была уничтожена дважды им же самим».
Подозрения в фальсификации увеличивались при анализе самого дела: листы перепутаны, нет записей допросов многих важных свидетелей. Возможно, еще члены комиссии Шуйского вырезали из него одни показания и вклеили другие? Однако тщательное исследование, проведенное около полувека тому назад опытным архивистом К. Клейном, отвергло такого рода подозрения: просто за многие века часть листов оказалась утраченной, а часть – перепутанной.