Но после смерти Мелик-шаха, последовавшей в 1092 г., сама Сельджукская империя погрузилась в долгую череду междоусобных войн, которые продолжались более ста лет. То и дело начинали сражаться за право воссесть на трон разные представители рода Сельджукидов, восставали наместники провинций, сами желавшие быть султанами, а границы государства подвергались нашествиями врагов.
Византийская империя предпринимала попытки возвратить отобранные у нее сельджуками земли в Малой Азии, в начале XII в. пришедшие из Европы крестоносцы отвоевали у Сельджукского государства восточное побережье Средиземного моря, на востоке территории сельджуков атаковали новые возникшие в Центральной Азии державы кочевников – сначала каракитаев, а затем монголов.
В глубине державы в труднодоступных горных крепостях укрывались отряды вооруженной религиозно-политической оппозиции шиитов-низаритов – ассасины, считавшие власть султанов – ортодоксальных мусульман, незаконной и совершавшие набеги на сельджукские гарнизоны, убивавшие государственных должностных лиц.