Ночью по улицам Москвы в сопровождении стрелецких капитанов ездил подьячий Матвей Шошин, нарядившийся в такой же белый атласный кафтан, какой носил Лев Кириллович Нарышкин. Шошин хватал стоявших на карауле стрельцов и велел зверски избивать их, поручив вопить одному из спутников: «Лев Кириллович! За что бить до смерти! Душа христианская». Сам ряженый приговаривал: «Бейте-де гораздо, не то-де им будет — заплачу-де им смерть братей своих». Потерпевших доставляли в Стрелецкий приказ, и они там на допросах, введенные в заблуждение маскарадом, показывали, что стали жертвами Льва Кирилловича. Таким способом Софья и ее сторонники пытались вызвать озлобление стрельцов против Нарышкиных. Сторонники Софьи прибегали и к запугиванию стрелецких командиров расправами, если у власти останутся Нарышкины. Шакловитый говорил пятидесятникам. «А мутит-де всем царица Наталья Кирилловна, а перевесть-де нас хотят тем: меня-де хотят высадить из приказу вон, и вас-де, которые ко мне в дом вхожи, разослать хотят всех по городам».
Шакловитый предложил верным стрельцам написать челобитную с просьбой, чтобы Софья венчалась на царство. Большинству стрелецких командиров предложение руководителя Стрелецкого приказа повторить события весны и лета 1682 года показалось рискованным. Они отклонили предложение под благовидным предлогом, что не умеют писать челобитные.
Привлечь стрелецких начальников к заговору не удалось: поговорив, они на том и разошлись, получив от Шакловитого щедрую мзду. Осуществление переворота пришлось на некоторое время отложить, хотя часть стрельцов была готова к решительным действиям.
8 июля 1689 года произошел первый публичный скандал. Во время крестного хода царевна Софья пошла со святой иконой вместе с двумя государями, что было неслыханным делом. Петр потребовал, чтобы царевна не выступала наравне с царями. Софья наотрез отказалась, Петр гневно покинул церемонию и уехал в Коломенское
Назревала решающая схватка в борьбе за власть, и произошла она по внешнеполитическому поводу. Петр отказался подписать манифест о наградах за злополучный второй крымский поход. С большим трудом, после многочисленных просьб, все же удалось уговорить его утвердить манифест. Но когда Голицын и его приближенные явились в Преображенское благодарить за награды, то Петр отказался принять их. Атмосфера накалилась до предела, Софья была вне себя от ярости и от вожделения овладеть всей самодержавной властью. Но для этого надо было устранить Петра. Как это сделать? Семь лет ее правления дали неутешительный итог. Авторитета и славы она не приобрела. Развязка наступила неожиданно.
В ночь с 7 на 8 августа 1689 года в Кремле поднялась тревога, стрельцы взялись за ружья, кто-то пустил слух, что потешные из Преображенского идут в Москву. На Лубянке собрали второй отряд в 300 человек Для чего их поставили под ружье, никто толком не знал. Но двое из тех, что предпочитали Петра, ночью помчались в Преображенское и, разбудив, предупредили царя.
Петр бросился в одной рубашке в ближайшую рощу. Ему принесли одежду и седло, и он всю ночь скакал в сопровождении нескольких человек в Троице-Сергиев монастырь, за толстыми стенами которого семь лет назад укрывалась Софья.
Изнуренный долгой скачкой, Петр прибыл в монастырь утром 8 августа, бросился к архимандриту и рассказал о случившемся, прося защиты. В тот же день в Троицу прибыли в полном боевом порядке преображенцы и семеновцы, а также верный Петру стрелецкий полк Сухарева. Приехала в монастырь и царица Наталья Кирилловна.
Троице-Сергиев монастырь был не только неприступной крепостью с высокими прочными стенами, восемью башнями, над которыми сверкали купола тринадцати церквей. Несколько раз крепость героически выдерживала осаду поляков. Но Троица для русских — еще и святое место, символ и оплот веры и национальной независимости. Уже одно то, что законный царь вынужден был искать убежище в Троице, усиливало негодование против узурпации власти Софьей. Истинным руководителем всей этой борьбы был не растерявшийся Петр, но князь Борис Алексеевич Голицын, двоюродный брат Софьиного фаворита.
В Кремле узнали о бегстве Петра только к концу дня 8 августа Ранним утром Софья в сопровождении отряда стрельцов пошла «на службу» в Казанский собор и только по возвращении, после роспуска стрельцов по слободам, ей сообщили о случившемся в Преображенском.
Возникло два вооруженных лагеря: один находился в Кремле, где в распоряжении Софьи находились стрелецкие полки; другой — в Троице-Сергиевом монастыре с ничтожной вооруженной опорой. Дальнейшие события развивались так, что Софья постепенно утрачивала свой перевес, а Петр его приобретал.