Церковь Сальватора была возведена в крепости в тот период, когда закладывались основы венгерской церковной организации. При церкви вскоре был учрежден капитул, ставший для окрестных селений центром церковной жизни. Первое письменное упоминание об этой церкви встречается в указах короля Коломана и относится примерно к 1100 году, когда «суды Божьи» было разрешено проводить и в Братиславе.
Братиславский замок играл важную роль не только при создании церковной организации Венгрии, но и в административно-политической организации государства как замок комитата. Его местоположение вблизи австрийской границы выдвигало на первый план и его значение в военном отношении. За господство над Братиславой в первые века существования венгерского государства велись жестокие бои как при нападениях внешних врагов, так и при распрях из-за престола. Чтобы завладеть Братиславой, в первой половине XI века предприняли несколько походов чешский король Бржетислав и германский император Генрих III. Нападения начались в 1030 году — еще при жизни венгерского короля Стефана — и не раз повторялись после его смерти. В 1073–1074 годах венгерский король Шаламун укрепил Братиславский замок, который стал для него убежищем во время борьбы с герцогами Гезой и Ладиславом.
В начале XII века в спор за венгерскую корону вновь вмешался германский император — Генрих V. В 1108 году он осадил Братиславу, но замок оказал ему сильное сопротивление и устоял, хотя сражения за него в продолжение всего века велись не раз. Но чаше всего Братиславе удавалось выстоять, так как в замке всегда стоял надежный и сильный гарнизон, отчаянно защищавшийся. На протяжении всего XII века оборонительным сооружением служило укрепление из земли и дерева, возведенное еще в IX веке. Конечно, оно постоянно перестраивалось и обновлялось и в качестве фортификации служило вплоть до XV века.
В 1241 году Словакия пострадала от опустошительного набега татар, но Братиславский замок им захватить не удалось. Однако вслед за татарами в Западную Словакию последовали нашествия австрийского герцога Фридриха II, продолжавшиеся и после смерти последнего представителя Бабенбергов, когда в 1246 году между чешским и венгерским королями начались споры из-за австрийского наследства. Под давлением этих событий венгерский король Бела IV начал укреплять обороноспособность своей страны.
Военные события показали, что во время осад и сражений устоять удавалось лишь мощным каменным замкам, поэтому при возведении новых оборонительных сооружений полагались уже на новый тип крепостной архитектуры — жилую башню. На руинах старых дворцов на Братиславском холме построили башню, фундамент которой заложили глубоко в земле. Квадратная в плане (со сторонами 22 метра), эта постройка своими размерами выделялась среди подобных ей в Западной Европе: по периметру она имела 12 опорных столбов.
Вход в башню Братиславского замка вел через специальную пристройку, в которой была лестница, соединявшая ее этажи. В низком первом этаже установили небольшую цистерну, вода в которую поступала с крыши башни, поэтому защитники могли выдержать длительную осаду. Верхние этажи башни, по всей вероятности, были жилыми. Через несколько лет на замковом холме построили вторую башню, которая защищала первую с той стороны, откуда удобнее всего было вести атаку. Вторая башня была 4-этажной, имела подземелье, а наверху — галерею с зубчатой стеной.
Во время правления Анжуйской династии (1308–1382) значение Братиславского замка несколько упало, хотя в его истории и продолжались бурные периоды. Не один раз его осаждали и захватывали, а после падения Анжуйской династии король отдал весь Братиславский комитат в залог. Жупаном стал Смил из Кунштата, который разместил в замке моравский гарнизон.
На рубеже XIV–XV веков Братиславский замок уже не отвечал требованиям своего времени ни как крепость, ни как жилище. Поэтому его заново стали укреплять, а позднее возвели и новый дворец. На северо-западной и северной сторонах была возведена большая стена, новые укрепления усилили двумя выступающими полукруглыми бастионами. Один из них остался без имени, а другой (северо-восточный) благодаря своему выгодному положению с видом на обширный край назвали Лугинсландом.
На внутренней стороне новых укреплений находилась галерея с бойницами, частично сохранившаяся и до наших дней. От бастиона Лугинсланд укрепление ровной линией проходило над рыбацким поселением, расположившимся возле церкви Святого Микулаша, и тянулось до места, где находился вход в крепость со стороны города. В 1430-е годы там построили новые входные ворота с башней — ворота Жигмонда, другая проездная башня появилась в юго-западном углу крепости. Эти надвратные башни соединялись между собой стеной с бойницами, от которой до настоящего времени сохранилось всего несколько метров. Со временем юго-западные ворота были уничтожены, а на их месте в середине XVII века построили большой бастион с тоннелем.