Первым гарнизоном крепости стал полк Тимофея Трейдена, а сам он – первым комендантом форта. Ему в крепости была вручена инструкция по использованию артиллерии форта, ритуалу встречи судов и другим вопросам. Она наглядно отражала те задачи, которые форт должен был решать в начале XVIII века.
Содержать сию ситадель с Божиею помощью, аще случится хотя до последнего человека и когда неприятель захочет пробиться мимо оной, тогда стрелять, когда подойдет ближе, и не спешить стрельбою, но так стрелять, чтобы по выстрелении последней пушки первая… была готова и чтоб ядер даром не стрелять.
Сначала новый форт вооружили только четырнадцатью 6дюймовыми орудиями, но уже тогда вражеский флот не мог беспрепятственно подойти к Санкт-Петербургу и вынужден был вступать в бой за 25 верст от него. Современники и единомышленники Петра I прекрасно понимали значение первого русского форта на Балтике и называли его «чудом-делом». Вскоре коменданту Кроншлота пришлось применить инструкцию на практике. Уже 12 июня на горизонте показались паруса шведской эскадры – 1 линейный корабль, 5 фрегатов и 8 небольших судов. Не сумев прорваться к Санкт-Петербургу мимо Кроншлота, шведы попытались высадить на остров Котлин десант, но были отброшены. Затем они двое суток обстреливали крепость, но издали попасть в маленький форт им не удавалось, а подойти ближе они не решались из-за плотного огня русских.
После неудачи летнего нападения шведы предприняли зимний набег на Котлин. В конце января 1705 года 1000 шведов ночью перешли Финский залив, напали на остров, истребили его гарнизон, сожгли город, дворец и зимовавшие корабли. Так сказано об этом набеге в изложении одного шведского историка, но русские корабли не зимовали у Котлина до 1710 года, а город и дворец были построены еще позже. Однако шведы, видимо, все же побывали на острове, так как об этом есть намек в письмах Петра I, но их нападение уже не могло задержать дальнейшего развития крепости.
Было ясно, что неприятель не отступится, было ясно и то, что оборону Котлина и Кроншлота следовало усилить. Учитывая опыт боевых действий, вице-адмирал К.И. Крюйс (перешедший в русскую службу из Голландии) в своих донесениях и письмах Петру I постоянно указывал на необходимость усилить на острове артиллерию, построить укрепления, рассчитанные на размещение в крепости постоянного гарнизона в 1500 человек, и соорудить вблизи Кроншлота еще одну морскую крепость.
Шведский король Карл XII вначале не придавал значения приобретениям России: шведы имели тогда мощный флот, но по ряду причин не могли использовать его против нарождающегося русского флота. Шведский король был занят низвержением польского короля Августа, а кроме того, в 1704 году силы шведов отвлекала Лифляндия. Только взятие русскими войсками в 1704 году Нарвы и Дерпта заставило Швецию принять решительные меры против водворения России на Балтике, поэтому с весны 1705 года они начали усиленно готовиться к новому походу.
Карл XII поставил перед адмиралом Анкерштейном задачу во что бы то ни стало захватить Санкт-Петербург, сровнять его с землей, а Кроншлот разбомбить ядрами. Русский царь и командующий молодым Балтийским флотом вице-адмирал К.И. Крюйс понимали, что борьба с сильным и коварным противником предстоит упорная. 22 мая 1705 года русский флот, состоявший из восьми 24пушечных фрегатов, шести шняв, трех галер, двух брандеров и нескольких бригантин в первый раз вышел из Санкт-Петербурга и бросил якорь у Кроншлота. Первым распоряжением К.И. Крюйса, под начало которого поступила оборона Котлина, было устройство на южном берегу острова батареи, которая получила название Святого Иоанна. Это он поручил своему сыну Ивану, а полковнику Толбухину – возвести батарею на западной косе. Флот российский расположился севернее Кроншлота, в двух линиях, первую из которых составляли фрегаты. Проход между крепостью и берегом был заперт плавучими рогатками и подводными остриями.
Шведский флот в 22 парусах показался 4 июня: суда неприятеля подошли к самым рогаткам, но, не выдержав яростного обстрела со стороны русских, вернулись к остальной эскадре, стоявшей в безопасном месте. На следующий день шведы подошли к русскому флоту на пушечный выстрел и, бросив якорь, открыли по нему и по батареям огонь. Но русские солдаты укрылись в окопах и не несли урона. После длившейся три часа канонады защитники Котлина вдруг увидели, что шведы спускают шлюпки. Под прикрытием артиллерии и в облаках порохового дыма они решили высадиться на косе, но пушки Толбухинской батареи открыли такую яростную стрельбу, что атака шведов захлебнулась.