Мухаммед Али освобождает священные города Аравии, нападает на султана и разбивает его войско, грозит самому Константинополю, но под давлением Европы останавливается… Окончательно упрочил он свою власть после победы над вахабитами, которая стоила ему большого труда, но и прославила его как защитника мусульманской веры. Отправляясь в дальний поход против вахабитов, Мухаммед Али чувствовал, что враги воспользуются его отсутствием и попытаются захватить власть в Каире. Не идти в поход было невозможно, однако и оставлять столицу в руках мамелюков тоже было нельзя. И Мухаммед Али прибегнул к военной хитрости, на которую мамелюки легко поддались, потому что незадолго до этого правитель стал выказывать им свое необыкновенное радушие и желание окончательно помириться с ними. В подтверждение своих слов он пригласил 430 человек, то есть всех сколько-нибудь уважаемых беев, к себе на завтрак. Когда все предводители мамелюков въехали на внутренний двор Цитадели, он приказал своим албанским воинам закрыть ворота и перестрелять их всех. И в первый день марта 1811 года все они были расстреляны, кроме одного: Амин-бею удалось избежать ужасного избиения почти чудом. Через пролом в стене с высоты 40 метров он бросился в крепостной ров и таким образом спасся, но впоследствии все равно был пойман и казнен. Так Мухаммед Али полностью покончил с властью мамелюков и освободил место своей династии.
После этих побед Мухаммед Али обратился к мирной деятельности и продолжил дело цивилизации страны по-своему. В годы его правления строились каналы, он завел военные школы и арсеналы, создал многие отрасли промышленности, запретил вывозить из Египта произведения древнего искусства. Мухаммед Али предпринял меры к обновлению Каира: в городе начали расчищать руины, прокладывать улицы, сажать сады, за городскую черту удалили кладбища. На месте лагуны Эзбекия возникла одноименная площадь, от которой к Цитадели провели прямую магистраль, а в самой крепости построили дворец по европейскому образцу. Грандиозный комплекс дворца включает зал для приемов, зал правосудия, гарем и множество служебных и жилых помещений. Большие внутренние дворы, напоминающие европейские курдонёры, высокие стены, сочетание арочных перекрытий с плоскими потолками – все свидетельствовало о подражании дворцам французской и итальянской знати. Но желание применить европейский способ оформления интерьера к дворцу восточного правителя порой приводило к курьезам. Например, большие четырехугольные проемы были нецелесообразны в условиях жаркого климата, или другой пример – изображение одной и той же битвы, подобно орнаменту, повторялось на 20 панно.
В 1824 году в Цитадели взрывом был разрушен возведенный Салах-ад-Дином дворец, чтобы расчистить место для мечети Мухаммеда Али. Но и сейчас ниже основания мечети можно еще заметить остатки этого замечательного дворца, сводчатый зал которого и стены с контрфорсами напоминают сирийские замки крестоносцев. Строительство мечети было завершено уже после смерти основателя – в царствование Сеида. Возведением ее руководил грек Юсуф Башна из Константинополя с помощниками – тоже греками. Здание строилось в формах османской архитектуры, и нетрудно заметить, что прототипом его являлись мечети Стамбула.
Мечеть Мухаммеда Али окружают легкие фонтаны и тонкие грациозные минареты, поднимающиеся в высоту на 82 метра. Особенно красива она в часы заката, когда белые минареты сверкают, как стрелы, ясно выделяясь на темном фоне горы Мукаттам. Внутри – резные двери, арабские надписи, стихи из Корана, разноцветные поливные кафели с прекрасным рисунком… Кругом – безмолвие и тишина, поражающие европейцев при входе в мусульманский храм.
С юго-западной стороны терраса мечети огорожена парапетом. Стены самой мечети, как и ограда двора, на высоту 11 метров 30 сантиметров облицованы белым гладким алебастром, отчего она и стала называться Алебастровой. Выше идет рельефный орнамент – позолоченный и покрашенный. В мечети находится мраморное надгробие Мухаммеда Али.
С правой стороны от входа во двор Алебастровой мечети возвышается башня, которая оканчивается своего рода китайским павильоном. На башне установлены часы, подаренные Мухаммеду Али французским королем Луи Филиппом.
Недалеко от мечети располагается «колодец Иосифа» – квадратная шахта со спиральным спуском вокруг. По преданию колодец был выкопан Иосифом – сыном Иакова, ставшим министром у фараона, так что сооружение это очень древнее. Султан Салах-ад-Дин восстановил колодец и дал ему свое имя: глубина колодца равняется 88 метрам, так что дно его находится на одном уровне с дном Нила. Колодец разделен на два этажа широкой площадкой, по которой ходил бык, приводивший в движение водоподъемное колесо. Другое колесо находилось на поверхности и поднимало воду в обширный каменный бассейн уже с верхней площадки.
В конце XIX века, когда Египет был оккупирован англичанами, в Цитадели разместился британский комендант Каира. Русский путешественник А. Картавцев в начале ХХ века так описывал Цитадель: