Такое отношение пугает Легри, потому что он знает, что грешен и что после смерти он отправится в Ад. Этот страх выливается в ненависть к Тому, столь сильную, что он избивает его до смерти. Том — еще один образец христианского смирения: он скорее позволит убить себя, нежели причинит зло ближнему. Его смерть способствует обращению Касси, пожилой рабыни, отвернувшейся от Бога, потому что она считала, что Он отвернулся от нее. Смерть Тома приводит к обращению Самбо и Квимбо, рабов Легри, управлявших его плантацией и избивавших других рабов. Когда Том умирает, они понимают, какое зло они причинили ему и другим, и раскаиваются. В итоге смерть Тома приводит и к другому изменению: Джордж Шелби, сын старого хозяина Тома, освобождает всех своих рабов.
«Хижина дяди Тома» с самого момента выхода в свет породила множество дискуссий. Тема рабства находилась в самом центре идеологических споров в Америке. Она произвела истинный раскол: как может государство, основанное на принципах равенства, поддерживать систему, в которой пять миллионов населения было унижено и вынуждено находиться в рабском подчинении? Именно поэтому роман вызвал обширную полемику. Многие на Севере хотели знать, правдива ли эта история: живущие вдали от рабства и узнавшие о нем из первых рук не могли поверить в подобную жестокость. Вот почему Стоу включила в издание главу, названную «Завершающие комментарии», в которой она ручается за правдивость всех описанных ею случаев, включая бегство Элизы через замерзшую реку Огайо и печальные сцены разлучения семей на аукционах. Несмотря на дискуссию вокруг романа, и тот факт, что, по словам Джозефа Конлина в книге «Наша страна, наше время», он «был запрещен на Юге», роман быстро стал бестселлером: до начала Гражданской войны было отпечатано и распродано три миллиона экземпляров. В ответ на цензурный запрет разгорелся спор между активистами на Севере и на Юге, выступающими за и против рабства. Те, кто не был согласен с выводами, сделанными Стоу, критиковали роман. Появились, как выразился Джон Теббел, «анти-дядитомовы книги», такие, как «Хижина тети Филлис» или «Подлинная жизнь Юга».
«Хижина дяди Тома» представляла собой опасность не только для рабовладельческой системы. Идея равенства оскорбляла многих. Энн Хейт замечает, что в 1852 году книга «была запрещена во время «цензурного террора» Николая I». Цензура занимает значительное место в истории России, она распространялась не только на книги, но и на периодические издания, пьесы, музыку и другие формы высказывания. Это началось задолго до воцарения Николая I, но в его царствование давление особенно усилилось.
«Хижина дяди Тома» нарушала положения цензурного устава и поэтому оказалась под запретом. Аристократическая система, которую книга Стоу критиковала как антигуманную, процветала и в России. Царь и знать благоденствовали, в то время как низшие классы работали на износ за гроши. Свободная циркуляция подобных идей виделась царю опасной, поэтому роман запретили. Подобная цензура коснулась многих авторов.
Роман запретили и за подрыв религиозных идей — также согласно Уставу от 1828 года. Несмотря на то, что роман прохристианский, многое в нем направлено против церкви и священнослужителей. Стоу и ее герой Сен-Клер осуждают лицемерие христианской церкви, которая толкует Писание в угоду рабовладельцам. Когда Мари рассказывает о проповеди, в которой говорилось, что рабство было установлено Богом, Сен-Клер издевается над этой идеей: «Эта религиозная беседа о таких предметах — почему бы им не развить ее и не показать прелесть этого возраста, когда парень опрокидывает лишний стаканчик, засиживается допоздна за картами, и тому подобных вещей, так распространенных среди нашей молодежи; нам было бы приятно услышать, сколь это правильное и богоугодное дело». В финальном абзаце Стоу говорит: «И Север, и Юг были виноваты перед Богом; и
Мысль, что церковь позволяет существовать этой незаконной системе, стала причиной папского запрета на роман. Хейт пишет, что в Италии и других католических странах в 1855 году «продажа книги была запрещена, несмотря на то, что в «Индекс» ее не включили». «В Индекс запрещенных книг» включались книги, которые было запрещено читать католикам, из-за содержавшихся в них богохульств.
Помимо многочисленных запретов в других странах роман часто запрещался в США теми, кто считал его расистским. Хейт пишет, что в 1955 году в Бриджпорте (штат Коннектикут) «сценическая версия… была опротестована черными как карикатура на реальность». Фактически роман Стоу представляет собой стереотипный взгляд на черных и белых. Например, когда тетушка Хлоя радостно описывает обед, который приготовила, она сравнивает себя со своей хозяйкой и здесь присутствует ряд скрытых расистских высказываний: