В 1950 г. Киссинджер получил степень бакалавра. Продолжив занятия в аспирантуре, он в 1952 г. стал магистром, а в 1954 г. написал докторскую диссертацию по мирному урегулированию в Европе после победы над Наполеоном, озаглавленную «Восстановленный мир. Кэстлри, Меттерних и проблема умиротворения, 1812–1822 гг.» В 31 год Генри Киссинджер стал доктором политологии.
Его приглашают на преподавательскую работу в Гарвардский университет. Киссинджер работает на факультете управления, его курс по международной политике пользуется большой популярностью среди студентов. В 1959 г. он был назначен доцентом, а в 1962-м – профессором. С 1959 по 1969 г. возглавлял Гарвардскую программу оборонных исследований.
В Гарварде Киссинджер приобрел значительный авторитет как специалист в вопросах внешней политики и стратегической обороны. Он был рекомендован на пост директора исследовательской программы при Совете международных отношений – ведущем центре разработки внешней политики для американской правящей элиты. В результате полуторагодового исследования Киссинджер представил монографию «Ядерное оружие и внешняя политика» (1957). Там он рассмотрел альтернативы стратегии широкомасштабного ядерного возмездия, сформулированной Джоном Даллесом, который был тогда государственным секретарем. Киссинджер разработал идею «гибкого реагирования», включавшую возможное применение тактического ядерного оружия. Это исследование принесло ему премию имени Вудро Вильсона – престижную награду в области политологии. Тогда же Нельсон Рокфеллер приглашает ученого на должность директора так называемого «Проекта специальных исследований» при фонде братьев Рокфеллер. Возглавив этот проект, Киссинджер получил возможность общаться с ведущими политиками, дипломатами, учеными, бизнесменами. Он принял активное участие в работе Комиссии по проблемам национальной безопасности.
В 1961 году Киссинджер издает еще одну книгу – «Необходимость выбора: перспективы американской внешней политики», в которой снова выступает за наращивание арсенала тактического ядерного оружия, за усиление обычных вооруженных сил для ограниченных войн. Он публикует многочисленные статьи по вопросам внешней и военной политики США в самых разнообразных изданиях – как американских, так и западноевропейских.
В 1964 году семья Киссинджер распалась, несмотря на то что было двое детей – сын и дочь. Энн не выдержала многочисленных деловых поездок мужа. Через несколько лет Киссинджер женился на Нэнси Меджинесс. Она тоже была политологом по специальности и работала у Нельсона Рокфеллера. Нэнси стала верной спутницей и помощницей Генри во всех его начинаниях.
При администрациях президентов Дуайта Эйзенхауэра, Джона Кеннеди и Линдона Джонсона Киссинджер работает в качестве консультанта в различных координационных советах, в Совете национальной безопасности, Агентстве по контролю над вооружениями и разоружению, Государственном департаменте. Находясь на этих постах, он имел возможность влиять на формирование внешней политики США. В 1965 г. появляется его очередная книга – «Беспокойное партнерство: пересмотр Атлантического союза». Автор признал возросшую роль стран Западной Европы в системе НАТО и призывал американскую администрацию обратить на это серьезное внимание.
В октябре 1965 г., вскоре после начала бомбардировок Северного Вьетнама, Киссинджер был направлен во Вьетнам в качестве советника американского посла. Понимая, что американцы не смогут одержать победу, он начинает осторожно готовить почву для переговоров. Тогда это казалось совершенно безнадежным делом. Однако Киссинджер не только нашел возможность начать переговоры в разгар вьетнамской войны, но и сумел убедить обе стороны в их необходимости. В результате его усилий в 1968 г. в Париже начались мирные переговоры. Их нельзя назвать успешными, но начало было положено. В том же году Киссинджер стал советником Нельсона Рокфеллера во время его безуспешной попытки стать кандидатом в президенты от республиканской партии.
Новым, 37-м президентом США стал республиканец Ричард Никсон. Он пригласил политика Киссинджера занять высокий пост в своей администрации. В январе 1969 года Киссинджер оформил отпуск в Гарвардском университете и занял должность помощника президента по вопросам национальной безопасности. В круг его обязанностей входили консультации по международной и военной политике. С Никсоном Киссинджера связывали не только деловые отношения, но и личные.
Однако очень скоро он понял, что полнота контроля над внешнеполитическим процессом не может быть достигнута лишь планированием политики и контролем над ее реализацией. Необходимо было самому браться за ведение переговоров. Киссинджер начал активно действовать на дипломатическом поприще. Он взял в свои руки нити переговоров по вьетнамской проблеме, по вопросам американо-советских и американо-китайских отношений, ближневосточной проблеме и по целому ряду других направлений внешней политики США.