Молодого Рокфеллера готовили к работе в Латинской Америке, где у семьи имелись обширные интересы: их нефтяные инвестиции составляли около 500 млн долларов. В скором времени Нельсон побывал в большинстве латиноамериканских стран и быстро сориентировался в обстановке. Здесь усиливались антиамериканские настроения и набирало силу коммунистическое движение. Это создавало для США угрозу потери ключевых позиций в Западном полушарии. Поэтому Нельсон создал при себе специальную группу, которая к началу 1940 г. составила и подала правительству меморандум.
Вскоре Нельсона назначили главой Комитета по координации межамериканских дел. Рокфеллер впервые получил доступ к управлению государственными делами. Штат Комитета насчитывал около 1,5 тыс. человек, руководящее ядро которого составили члены группы, разработавшей меморандум, и деятели рокфеллеровских предприятий. Из особого фонда президента было выделено 3,5 млн долларов. Позже ассигнования еще увеличили. Вскоре в зависимость от Комитета попало множество латиноамериканских газет, которые ежегодно получали бумагу, тысячи статей, иллюстраций о жизни США и других стран. Оплачивалась и подготовка публикаций на местные темы специально нанятыми журналистами за пределами США. Разумеется, материалы излагали события в соответствующем ключе. В стране начал издаваться иллюстрированный журнал на испанском, португальском и французском языках (для Гаити), велись специальные радиопередачи. Был брошен лозунг: «Ни одной самой глухой деревни без американских фильмов», и сотни кинолент направляли во все страны континента. Для их демонстрации закупили 200 передвижных установок. Ежегодно организовывались гастроли ансамблей, различные выставки, поездки кинозвезд и знаменитых спортсменов.
Другое, главное направление деятельности Комитета стремились не выпячивать. При содействии ФБР и государственного департамента был составлен «черный список», куда вошли 1800 японских и немецких фирм, которые постепенно вытеснялись американскими под предлогом того, что они содействуют нацистам. Попадались в этом списке и прямые конкуренты Рокфеллеров.
Нельсон приобрел репутацию горячего патриота и борца с нацизмом. И вдруг разразился скандал. Выяснилось, что фамильное предприятие Рокфеллеров, знаменитое «Стандарт Ойл К°», помогает немецкому концерну «И. Г. Фарбенининдустри» в проектировке заводов. Этим занялась сенатская комиссия, которая подтвердила обвинение. Ситуация подогревалась тем, что в это время США вступили в войну с Германией. Но Нельсон вышел сухим из воды и продолжил работу в государственном аппарате. Пострадала разве что его репутация суперпатриота, однако это не повлияло на развитие карьеры. В политических сферах такие вещи не считались большим грехом. Глава латиноамериканского комитета переехал в Вашингтон и прибавил к своему послужному списку должности заместителя военно-морского министра и руководителя новой морской программы.
Вместе с тем дела Комитета оставляли желать лучшего. Его действия не преодолели развитие антиамериканских настроений и коммунистического движения в странах Латинской Америки. А «миссии доброй воли» – так называл Нельсон свои поездки за рубеж – зачастую приводили к противоположным результатам. «Еще одна такая миссия доброй воли, и Бразилия объявит нам войну», – шутили в коридорах Белого дома.
В конце 1944 г. Нельсон Рокфеллер был назначен заместителем государственного секретаря по Латинской Америке Стеттиниуса, а после победы над Германией, как последовательный и один из наиболее радикальных сторонников антикоммунизма, – специальным помощником президента по вопросам «холодной войны». В этом качестве он стал одним из основоположников и разработчиков нового курса. В 1945 г. по его инициативе была созвана панамериканская конференция в Чапультепеке (Мексика), проложившая путь к «холодной войне» и принявшая решение о создании военно-политического блока. В результате ООН оказалась на грань раскола.
Следующим этапом деятельности Рокфеллера стало активное участие в пересмотре американской политики, выработанной в период послевоенного сотрудничества между участниками антифашистской коалиции. Этому способствовала смерть Рузвельта и приход к власти Гарри Трумена. Нельсон был включен в состав американской делегации на конференцию в Сан-Франциско. Он поехал туда для управления голосами латиноамериканских стран, а также в качестве неофициального эксперта по латиноамериканским вопросам. Успешно манипулируя голосами, Рокфеллер, вопреки мнению многих участников делегации, настоял на включении в Устав ООН статьи о региональных блоках. Таким образом он закрепил результаты конференции в Чапультепеке, а также подготовил условия для создания Североатлантического блока.