Доносы скапливались. В сентябре вновь арест, обвинение в связи с заграничными левоэсеровскими группировками и ссылка – теперь уже в Уфу. Здесь Спиридонова работала старшим инспектором кредитно-планового отдела Башкирской конторы Госбанка, крутилась по хозяйству, чтобы обеспечить сносную жизнь мужу, его сыну и престарелому отцу. А еще ухитрялась рассылать скромные посылки бедствующим друзьям, в прошлом своим единомышленникам.
В это время Спиридонова по-прежнему оставалась в числе самых популярных женщин тех лет. На митинге 1924 года в Берлине известная немецкая анархистка Э. Гольдман назвала ее «одной из самых мужественных и благородных женщин, которых знало революционное движение». А в Париже даже появился комитет, поставивший себе целью добиться переезда Спиридоновой во Францию, но им не удалось вырвать «эсеровскую богородицу» из лап ЧК. Несмотря на многочисленные ходатайства, в выезде за границу ей было отказано. Л. Д. Троцкий заявил К. Цеткин, хлопотавшей о здоровье революционерки, что Спиридонова «представляет опасность для советской власти», а многие и вообще сомневались в устойчивости ее психики. Так, известный английский дипломат Р. Локкарт, бывший очевидцем выступления Спиридоновой еще на V Всероссийском съезде Советов (1918 г.), писал: «Сосредоточенный фанатичный взгляд ее глаз свидетельствовал о том, что перенесенные ею страдания отразились на ее психике. В качестве политической деятельницы она была не сдержанна, не деловита, но пользовалась огромной популярностью». Подтверждал это и Н. И. Бухарин, описывая случай того же времени. По его словам, они проезжали мимо рабочих, расчищающих снег по трамвайным линиям. На взмах «гр. Спиридонова достала браунинг и стала махать им, угрожая. Мне с большим трудом приходилось ее сдерживать, говорить ей: “Что вы делаете, разве можно?”» Он же характеризовал и ее поведение на митингах: «Все ее речи походили на истерические выкрики, она топала ногой, истерически кричала… Атмосфера была чрезвычайно тяжелая, напоминающая сцены из Достоевского».
Психологический надлом у Спиридоновой явно присутствовал, и тем страшней она была для большевиков. Для Марии Александровны начинался последний виток «кругов ада». В страшном 1937 году Спиридонова полной мерой оценила, что значит государственный террор против своего народа, о котором она предупреждала еще в 1918 году. Теперь ей инкриминировали подготовку покушения на К. Е. Ворошилова и всех членов правительства Башкирии, руководство несуществующей «Всесоюзной контрреволюционной организацией», вредительство, разработку террористических актов против руководителей государства, включая И. В. Сталина. По «делу» проходил 31 человек. Многие не выдерживали пыток и давали ложные показания. «Сломался» и муж Спиридоновой.
«Проявите гуманность и убейте сразу», – требовала измученная болезнями женщина. Но следователи продолжали изощренно издеваться, требуя признаний. Допросы продолжались по два-три дня без перерыва, сесть не позволяли. Ноги Спиридоновой превратились в черно-лиловые бревна. Обнаружив, что побои ее страшат меньше, чем личные досмотры, обыскивали по десять раз в день. Нашли самое уязвимое место – еще с первого ареста она с трудом переносила прикосновение чужих рук к телу. Но надзирательница тщательно ощупывала ее полностью.
13 ноября 1937 года, после 9-месячного заключения Спиридонова отправила открытое письмо в секретный отдел НКВД (в машинописной копии более 100 листов). Писала не для того, чтобы «увернуться от обуха». Она попыталась с какой-то исповедальной искренностью объяснить, что «дело эсеров» не что иное, как сфабрикованный «фарс на тему “Укрощения строптивой”», что страдают абсолютно невинные люди, давно отошедшие от политической борьбы. Спиридонова дала понять, что никакие измывательства не заставят ее дать ложные показания. Своего следователя она называла «хорьком, смесью унтера Пришибеева с Хлестаковым, фашистом и белогвардейцем».
Мария Александровна ненавидела ложь и если бы чувствовала за собой вину, то откровенно бы призналась в этом, так как почти полностью признала политику советской власти, новый государственный строй и сталинскую Конституцию 1936 года. «А между прочим я больший друг советской власти, чем десятки миллионов обывателей. И друг страстный и деятельный. Хотя и имеющий смелость иметь собственное мнение. Я считаю, что вы делаете лучше, чем сделала бы я». Спиридонова осталась все таким же идейным романтиком, каким была в 1906 году.