В 1240 году Софийский собор был разграблен и разрушен воинами Батыя. В 1385–1390 годах митрополит Киприан восстановил его, после чего более трех с половиной веков собор находился в запустении, хотя и продолжал действовать. В 1596 году, после Берестейской унии, собор перешел к греко-католической (униатской) церкви. Православной церкви собор был возвращен киевским митрополитом Петром Могилой в 1630-е годы. Тогда же собор реконструировали под руководством итальянского архитектора Манчини.
В результате реставраций и перестроек XVII–XVIII веков собор существенно изменил свой облик. Наружные галереи были надстроены, появились новые приделы, увенчанные дополнительными куполами (всего сейчас их 19). Собор был побелен. Древняя полусферическая форма глав была заменена характерной для украинского барокко высокой грушевидной. Древние стены собора видны теперь со стороны алтаря.
Лавра — монастырь в пещерах
Существует несколько мнений относительно того, когда именно преподобный Антоний поселился в одной из Варяжских пещер, составляющих часть нынешних Дальних пещер, но большинство ученых относят это событие к 1051 году. Эту дату и принято считать датой основания Киево-Печерского монастыря.
Вокруг основателя монастыря, монаха Антония, собралось 12 иноков, и князь Киевский Изяслав, сын Ярослава Мудрого, разрешил им построить на горе монастырь. В 1057 году Антоний поставил старшим среди братии преподобного Варлаама, который стал первым киевопечерским игуменом. Сам же, стремясь к уединению, переселился на другой склон, где выкопал для себя новую подземную келью — Ближние пещеры. Но и здесь собрались монахи — так возникли два комплекса пещер подземного монастыря: Ближние, или Антониевы, и Дальние, или Феодосиевы. Они стали местом уединения подвижников и погребения умершей братии.
Община постепенно разрасталась, и после смерти Антония в 1073 году в нее входило 100 иноков. При игуменстве Феодосия в 1060–1062 годах над Дальними пещерами был построен деревянный монастырь, куда из пещер перешла братия. Феодосий послал одного из монахов в Константинополь, чтобы тот переписал Студийский устав и принес его в Киев.
Первым погребением в Ближних пещерах было погребение преподобного Антония в 1073 году, а в Дальних — преподобного Феодосия в 1074 году.
Обычай хоронить монахов в пещерах возник при игуменстве преподобного Никона, который принес его из Тмутаракани. Но чин погребения в пещерах есть и в Студийском уставе. Он существенно отличается от обычного чина христианского погребения. Так, умершему обшивали тканью открытые части тела, складывали руки на груди, накрывали лицо, клали на доску и без гроба закладывали в специально выкопанную нишу-локулу. Со стороны пещерного коридора локула закрывалась иконой или замуровывалась. Через три года ее открывали. Если тело истлело, это было знаком того, что инок вел праведную жизнь: черепа собирали отдельно, кости отдельно. Если же тело оставалось неистлевшим, то локула опять закрывалась и за инока молились. Спустя два года локулу снова открывали.
Но в Киеве тление тела после погребения было обычным явлением, а вот нетление мощей явилось чудом. Нестор Летописец был участником открытия мощей преподобного Феодосия Печерского, он писал: «…лежат мощи его, но суставы не распались, и волосы на голове слиплись».
В 1240 году орды хана Батыя разрушили Киев, а вместе с ним и Киево-Печерский монастырь. Известно, что лаврские пещеры на долгое время снова стали местом обитания монахов, а также местом погребения защитников Киева. В Ближних пещерах есть большие ниши, заполненные человеческими костями, которые предположительно и являются такими захоронениями.
Почти никаких документов об истории пещер середины XIII — конца XVI веков не сохранилось. В XVI — начале XVII века лаврские пещеры посещали многочисленные путешественники. Они оставили воспоминания о монастыре. Особенно интересны записки Эриха Ляссоты, который состоял на службе у императора Рудольфа II и по его поручению ездил в 1594 году с посольством к запорожским казакам. Он писал, что пещеры имеют много ходов, «которые бывают в рост человека, а кое-где такие низкие, что надо нагибаться, но они такие широкие, что двое могут разминуться… Вход отделан почти так же, как это бывает при входах в шахты». В Ближних пещерах Эрих Ляссота обратил внимание на две подземные церкви, «в которых каждую субботу служится обедня».