Новое здание Кентерберийского собора было сооружено после пожара по проекту французского архитектора Гийома из Санса. Он внес в общий план привычного готического собора ряд новшеств, которые придали строению оригинальность: здание имеет два трансепта, один из которых короче другого. Гийома из Санса сменил зодчий Уильям Английский, который возвел на месте апсиды старого собора капеллу Святой Троицы — «капеллу Беккета».
Популярность Кентерберийского собора связана с историей Томаса Беккета, лорда-канцлера короля Генриха II Плантагенета. Этот король любил власть и обладал талантом правителя. Казалось, он никогда не отдыхал: постоянно разъезжал по стране, вникал во все дела, старался везде навести порядок. При этом Генрих требовал безоговорочного подчинения своей воле. Порой он отдавал самые неожиданные приказы, по нескольку раз меняя их, для того чтобы проверить, готовы ли подданные, не рассуждая, безропотно выполнять любые капризы короля. Казалось, что никто не в состоянии противостоять воле Генриха. И уж меньше всего ждал он сопротивления от своего давнего друга и верного помощника Томаса Беккета.
Король возжелал, чтобы во главе церкви стоял послушный ему человек. На роль такого человека Генрих выбрал своего канцлера и друга, который не имел раньше к церкви никакого отношения. Однако тот отказывался, предупредив короля, что такое положение дел разъединило бы их. Сэр Томас сказал: «Существуют некоторые вещи, которые вы делаете сейчас, ущемляя права церкви, и это заставляет меня опасаться, что вы предъявите мне требования, на которые я не мог бы согласиться». Но по настоянию короля Беккет в 1162 году все же стал архиепископом Кентерберийским и возглавил английскую церковь.
Король рассчитывал тем самым подчинить духовную власть интересам власти светской, но ошибся: став главой церкви, Беккет переменился до неузнаваемости. Из блистательного придворного, купавшегося в роскоши, он превратился в строгого монаха, погруженного в молитвы и богоугодные дела. И самым неприятным сюрпризом для короля стало то, что новый архиепископ стал неистово отстаивать самостоятельность церкви. «Ты мой господин, — писал Беккет Генриху в одном из своих писем, — ты мой король, ты мой духовный сын». Такая позиция Беккета вызвала такой гнев у короля, что Томасу Беккету пришлось на шесть лет покинуть Англию и уехать во Францию (правда, предварительно король приказал проверить финансовые операции Беккета на посту канцлера).
Изгнание лишь ожесточило архиепископа. В ответ на письмо английских епископов, умолявших Беккета быть посговорчивее, он ответил: «В течение длительного времени я безмолвствовал, ожидая, что, возможно, Господь воодушевит вас снова собрать ваши силы, что, возможно, хотя бы один из вас поднимется и встанет стеной, защищающей дом Израилев, или по крайней мере примет вид вступающего в бой с теми, кто ни на один день не прекращает нападок на армию Господа. Я ждал — ни один не поднялся. Я терпел — ни один не занял твердой позиции. Я безмолвствовал — ни один не высказался. Я скрылся — ни один не вступил в борьбу даже хотя бы из видимости… Так давайте же тогда мы, все вместе, поспешим действовать так, чтобы гнев Божий не сошел на нас, как на нерадивых и праздных пастухов, чтобы мы не были причислены к безголосым псам, слишком немощным, чтобы лаять».
1 декабря 1170 года Беккет вернулся в Лондон. «Неужели же нет никого, кто избавил бы меня от этого попа!» — воскликнул Генрих, кода узнал, что Беккет, вернувшись в Англию, принялся яростно обличать своих врагов. Слова короля были услышаны привыкшими к повиновению придворными. 29 декабря 1170 года четыре английских барона ворвались в собор и убили архиепископа прямо на ступенях алтаря.