Занимая высокие руководящие посты, Якир оставался внимательным и заботливым человеком, как мог старался облегчить тяжелое положение семей красных командиров. А выделенный ему как командующему огромный двухэтажный особняк они с женой Сарой Лазаревной превратили в настоящую коммуну друзей. Здесь жили И. И. Гаркавый, И. Н. Дубовой, И. А. Акулов, В. К. Блюхер. Сара Лазаревна прошла с мужем всю Гражданскую войну, работая шифровальщицей, а в мирное время вела активную работу среди жен комполитсостава округа. Она была награждена орденом Ленина. Дружная семья Якира объединяла вокруг себя людей.
Сам комдив, человек остроумный, жизнерадостный, обладал разносторонними интересами, огромной эрудицией и колоссальной трудоспособностью. Его исключительные способности и талант были по достоинству оценены во время обучения в Высшей военной академии в Германии (1928–1929 гг.). Генерал-фельдмаршал Гинденбург подарил советскому военачальнику книгу Шлиффена «Канны» с надписью: «На память господину Якиру – одному из талантливейших военачальников современности». По просьбе германского генералитета Якир прочитал цикл лекций о Гражданской войне, очень заинтересовавших военспецов.
Иона Эммануилович всегда был в курсе новейших достижений военного искусства на Западе. Свободно владея несколькими европейскими языками, он внимательно перечитывал массу специальной литературы и отдавал все силы перестройке армии, осознавая, что «будущая война станет войной моторов». Враг всякой рутины, Якир подхватывал новый ценный опыт и вводил его в практику и поэтому все важнейшие маневры и значительные общевойсковые учения с отработкой наиболее важных оперативно-тактических вопросов проводились в то время именно в Киевском военном округе. КВ О стал уникальным полигоном для всего передового в области военного искусства, а служба в войсках, которыми командовал Якир, была академией военного воспитания и оперативно-тактического мастерства.
Большое внимание Якир уделял взаимодействию войск. Во время проведения широкомасштабного учения всех родов войск у станции Бровары под Киевом (1935 г.) впервые был осуществлен массовый воздушный десант. Блестящую военную операцию по достоинству оценили зарубежные специалисты. Якиру было присвоено звание командарма 1-го ранга (выше по тому времени – только маршал).
По инициативе командующего КВО сооружались Киевский, Коростенецкий, Центральный Украинский, Тираспольский и Каменец-Подольский укрепрайоны. И. X. Баграмян свидетельствовал, что «эти районы в начале Великой Отечественной войны могли бы сыграть большую роль: гитлеровские орды, натолкнувшись на их мощный заслон, не смогли бы так быстро продвинуться в глубь нашей страны, если бы укрепления не разоружили и не демонтировали». Так же поступили и со скрытыми партизанскими базами в приграничных районах. Якир осознавал, откуда исходит угроза для страны, но так до конца и не понял, откуда идет опасность для него.
Иона Эммануилович решительно и мужественно выступал в защиту своих друзей, в числе первых попавших под колесо репрессий. Иногда ему даже удавалось, дойдя до Ворошилова и Сталина, спасти некоторых товарищей, которых он лично знал. Но он слепо верил в существование мифических заговоров против вождя и, например, поддержал самые жестокие карательные меры против Бухарина и Рыкова. И видимо, потому же не смог спасти людей, которым доверял, – комдива Д. А. Шмидта, комбрига Б. И. Кузмичева, комкора И. И. Гаркавого. Якир лично присутствовал на процессе над старым большевиком и другом-однополчанином Я. Л. Лившицем и с ужасом слушал, как тот «добровольно» сознавался в своих преступлениях. Ничего не понимая, командарм старел на глазах, осунулся, стал угрюмым.
29 мая 1937 года, после ареста Тухачевского и других военачальников, пришла очередь и Ионы Эммануиловича. Взять под стражу в Киеве неординарного командарма, пользовавшегося огромным авторитетом на Украине, да еще и во время работы XIII съезда КП(б)У, ни Ежов, ни Сталин не осмелились. Выманил его в Москву Ворошилов. На пути к «новому месту работы» Якир был арестован. На следствии он долго сопротивлялся невиданной провокации. Но все тринадцать военачальников, проходивших по делу «антисоветской троцкистской военной организации», под жестокими пытками признались во всех преступлениях: предательстве, шпионаже, вредительстве, терроризме… Они давали показания не только на своих друзей, но и против себя. Якир пытался найти справедливость у Сталина и Ворошилова. Вождь на письмо командарма наложил резолюцию: «Подлец и проститутка». А Ворошилов на его обращении: «В память многолетней в прошлом честной работы моей в Красной Армии я прошу Вас поручить присмотреть за моей семьей и помочь ей, беспомощной и ни в чем неповинной», – написал в углу листа, что он «сомневается в честности бесчестного человека вообще».