Но анатом с мировым именем никак не мог получить признания вышестоящего начальства. Заведовать кафедрой нормальной анатомии в Харькове был назначен проработавший пятнадцать лет тюремным врачом в Таганроге Зоммер. Воробьев впоследствии рассказывал, что не мог без смеха смотреть на то, как его начальник делает разрез. Владимир Петрович утверждал, что Зоммер требовал от студентов лишь знания описательной номенклатуры, запретив задавать вопросы, «каким путем и в силу каких причин». Сам же Воробьев к тому времени вполне утвердился во мнении, что именно выяснение причинных связей, функционального назначения органов в связи с их формой, изучение организма в целом является главной задачей анатома. Крупный ученый не мог быть удовлетворен ролью средневекового книжника, знающего миллион названий и не желающего понимать, почему все именно так, а не иначе.
В 1910 году Воробьев был приглашен для чтения лекций по анатомии в женском медицинском институте Харьковского медицинского общества. В следующем году он подал документы на конкурс на замещение должности профессора кафедры анатомии в Юрьевском университете. Баллотировка закончилась убедительной победой харьковского медика, которого сторонники его кандидатуры считали безусловно наиболее даровитым из всех кандидатов. Но Министерство просвещения не утвердило результатов конкурса и назначило профессором местного, юрьевского доктора, против которого проголосовали его же коллеги по университету. В 1913 году при еще более загадочных обстоятельствах, возмутивших многих докторов по всей России, Воробьев не получил аналогичной должности в Варшаве. Возможно, решающую роль сыграло письмо бывшего завкафедрой анатомии Харьковского университета Кульчицкого, в котором он, вроде бы хваля своего бывшего подчиненного, отмечал вскользь его
Свое право на некоторую исключительность Владимир Петрович доказывал не только в прениях, но и неустанной кропотливой работой в препараторской, анатомическом музее, в библиотеке… Однако напряженная работа на «нескольких фронтах» была явно неадекватна финансовой отдаче. Возможно, это было одной из причин ухудшения отношений с женой. Впрочем, главным стало другое трагическое событие. Летом 1914 года семья Воробьевых отдыхала на даче в Кочетке (сейчас Зачепиловский район Харьковской области). Весть о начале войны заставила Владимира Петровича срочно отбыть в Харьков. После его отъезда неожиданно заболел Юрий. Александре Владимировне не удалось вовремя найти квалифицированного врача, и сын умер. Владимира Петровича рядом не оказалось, он вообще ничего не знал ни о болезни, ни о кончине ребенка. Жена, охваченная горем и обидой на мужа, собрала вещи, взяла с собой дочь и уехала к родственникам в Москву. Воробьев узнал обо всем с большим опозданием, и вернуть жену ему уже не удалось.
Во время войны Воробьев возглавлял санитарный отряд студентов. В 1916 году, наконец-то, ему было присвоено профессорское звание в женском медицинском институте «без прав по государственной службе и без пенсии», а в марте 1917 года революция вручила Воробьеву ту должность, которую он заслужил давным-давно, — заведующего кафедрой нормальной анатомии на медицинском факультете университета. Лекции профессора всегда вызывали огромный интерес, он читал их, не заглядывая в бумаги, постоянно вводил в курс новейшие данные науки, использовал большое количество лично изготовленных наглядных пособий, на экзаменах был требователен, но справедлив. Несколько раз студенты преподносили ему букеты со вложенными записками «За печень», «За сердце» и т. д.