Свое правление гетман Дорошенко начал с того, что решительно подавил оппозиционные выступления старшин, придерживавшихся промосковской ориентации. Этим он вроде как проявил свою симпатию к польскому королю, однако уже в феврале 1666 г. на созванной им раде Дорошенко объявил о своих планах освободить правый берег Днепра от владычества Польши, создать союз с Крымом и Турцией и идти на Левобережье, чтобы объединить всю Украину. В декабре, опираясь на 30-тысячное войско, присланное в помощь крымским ханом Аадиль-Гиреем, Дорошенко уничтожил карательный отряд польского полковника Маховского на Подолье и выступил против войска будущего короля Яна Собеского. Подписанный в январе 1667 г. Андрусовский мир, на котором Украину без участия ее представителей поделили между собой Польша и Московия, послужил поводом к антироссийскому восстанию, во время которого левобережный гетман Иван Брюховецкий был убит, а Дорошенко объявлен гетманом Украины по обе стороны Днепра. Казалось, сбылась мечта этого человека объединить всю страну под одной булавой. Авторитет и популярность его в то время были высоки. Вокруг него объединялись казаки, крестьяне, мещане, духовенство. Не без помощи Турции и Крыма было освобождено почти все Левобережье. Еще раньше гетман провел реформу войска, создав регулярную армию из наемников-сердюков, которые подчинялись ему лично. Петр Дорофеевич двинулся было против московского воеводы князя Ромодановского, но в связи с наступлением поляков был вынужден вернуться на правый берег, поставив своим наказным гетманом черниговского полковника Демьяна Многогрешного. По другой версии, Дорошенко уехал в Чигирин, получив известие об измене молодой любимой супруги. В ту пору он был женат на дочери родственника Богдана Хмельницкого Павла Яненко-Хмельницкого. Так или иначе, но за время его отсутствия достигнутое было единство Малороссии быстро сошло на нет. Были спешно консолидированы силы сторонников Переяславского акта, восстановлены дружественные отношения с Московским царством и проведены выборы гетмана на Левобережье. Им стал тот же Д. Многогрешный, который теперь уже открыто держался русской ориентации и власти Дорошенко не признавал.
Украина была снова поделена. Потеряв надежду своими силами справиться с внутренней анархией, Дорошенко все чаще обращается за помощью к туркам и татарам. Еще в 1669 г. он признал турецкий протекторат. На очередную раду в июле того же года турецкий посол привез для Петра Дорофеевича «санджаки» (знаки протекции султана) – булаву, бунчук, корогву и кафтан, а также султанский «нишам». В нем султан объявлял, что принимает казаков в подданство. Слух об этом, волной прокатившись по Украине, крайне отрицательно повлиял на популярность Дорошенко, которая к тому времени и так заметно упала. Другие его союзники – татары – благодаря своим грабежам и насилию во время непрошеных посещений Правобережья лишь углубляли начинавшую расти среди населения всеобщую ненависть к Дорошенко; население, стихийно тяготевшее к России, начало массово уходить за Днепр, где жизнь была значительно легче, к тому же безопаснее – дальше от поляков, турок и татар.
Тем временем на Правобережье начали появляться новые «гетманы» – претенденты на булаву. Сечь выставила кандидатуру запорожского писаря Петра Суховиенко (Суховея), неожиданно нашедшую поддержку и у крымского хана. Суховей действовал на юге Правобережья, сумев привлечь на свою сторону чернь некоторых полков, и борьба с ним затянулась на год. Его сменил уманский полковник Михаил Ханенко, признанный и польским правительством. Он продержался на эфемерном правлении аж до 1674 г., ведя затяжную борьбу с Дорошенко. За это время войска обоих правобережных гетманов трижды сходились на поле брани, где брат шел на брата, и количество погибших исчислялось тысячами.