Передачу музея городу предприниматель хотел произвести как можно более незаметно, не желая быть центром общего внимания и объектом благодарности. Но ему это не удалось, и он был очень недоволен. В том же 1893 г. Третьяков отказался от дворянства, которое ему хотел даровать царь, восхищенный его благородным поступком. «Я купцом родился, купцом и умру», – ответил коллекционер явившемуся обрадовать его чиновнику. Единственное звание, которое он принял с гордостью, – Почетный гражданин города Москвы.
Собственная мануфактура и коллекционирование составляли основную заботу Третьякова. Бессменным попечителем своей галереи он оставался до последних своих дней. По-прежнему приобретал картины, и не только на деньги города, но и на свои собственные, передавая музею покупки уже в качестве дара. Благодаря его стараниям в период 1893 – 1897 гг. в коллекцию поступило более 200 работ. Но кроме того, основатель «Третьяковки» был членом советов и ученых комитетов ряда учебных заведений, принимал деятельное участие в жизни Московского художественного общества и Училища живописи, ваяния и зодчества. Не без его участия был создан университетский музей античного искусства в Москве, ставший впоследствии Музеем изящных искусств.
Предприниматель состоял почетным членом Общества любителей художеств и Музыкального общества со дня их основания, вносил солидные суммы, поддерживая все просветительские начинания. Принимал участие во множестве благотворительных актов, всех пожертвованиях в помощь семьям погибших солдат во время Крымской и Русско-турецкой войн. Стипендии П.М. Третьякова были установлены в коммерческих училищах – Московском и Александровском. Он никогда не отказывал в денежной помощи художникам и прочим просителям, тщательно заботился о денежных делах живописцев, которые без страха вверяли ему свои сбережения.
Львиная доля его пожертвований приходилась на Арнольдовское училище глухонемых в Москве. Здесь до 16-летнего возраста воспитывались и получали профессию 150 мальчиков и девочек. Для воспитанников училища Третьяков купил большой каменный дом с садом, построил больницу, подобрал лучших преподавателей, среди которых была и его жена – Вера Николаевна, бесплатно обучавшая девочек рукоделию и домоводству. Павел Михайлович не афишировал своей благотворительности, а в журналах поступления денежных сумм отмечалось, что нехватка средств покрывается «лицом неизвестным», хотя окружающие догадывались, о ком идет речь. Вера Николаевна не отставала от мужа в деле благотворительности. Еще в октябре 1867 г. она приняла от Городской думы попечительство над Пятницкой городской начальной женской школой. Через некоторое время из пятнадцати подобных школ Пятницкая стала лучшей. Третьяковы, посещая эти учебные заведения, в воспитательных целях брали с собой дочерей, а всех учащихся знали по именам.
Несмотря на значительные расходы на пополнение галереи национального искусства, к концу жизни наследство Третьякова оценивалось в 4,5 млн рублей. По завещанию Павла Михайловича большая часть его капитала была передана на благотворительные нужды. Более 400 тыс. рублей он завещал на строительство мужского и женского приютов, предусмотрел огромные выплаты училищу глухонемых, которое после его кончины стало называться «Арнольдо-Третьяковским». Рачительный хозяин не забыл и о своих работниках: он оделил жильем всех служащих семейного Торгового дома, всех рабочих и мастеров на фабриках в Костроме. Кроме того, на его средства был выстроен дом с бесплатными квартирами для вдов и сирот русских художников.
В конце ноября 1898 г. Третьяков серьезно заболел и слег с обострением язвы желудка. По непонятной причине он отказался от лечения и, скрывая свои страдания от близких, каждое утро вызывал к себе служащих художественной галереи и торговой конторы с докладом. О деле, которому он посвятил всю свою жизнь, Павел Михайлович думал и в свое последнее утро. 4 декабря 1898 г., молча выслушав подчиненных, он угасающим голосом произнес: «Берегите галерею…» Эти его слова были последними.
Похоронили П.М. Третьякова на кладбище Данилового монастыря, а через 50 лет его прах был перенесен на Новодевичье кладбище. В некрологе на смерть великого подвижника русского искусства, крупного фабриканта и выдающегося мецената В.В. Стасов писал: «Третьяков умер знаменитым не только на всю Россию, но и на всю Европу. Приедет ли в Москву человек из Архангельска или из Астрахани, из Крыма, с Кавказа или с Амура – он тут же назначает себе день и час, когда ему надо, непременно надо, идти на Замоскворечье, в Лаврушинский переулок, и посмотреть с восторгом, умилением и благодарностью весь тот ряд сокровищ, которые были накоплены этим удивительным человеком в течение всей его жизни».