В конце 1920 г., когда «Вторая московская государственная школа» отпраздновала свое 25-летие и ей было присвоено название Государственной показательной музыкальной школы, младшее ее отделение стало детской школой, старшее – «Третьим показательным государственным музыкальным техникумом». Самостоятельность этих учебных заведений не привела к их разобщенности, а наоборот, решала проблему преемственности: лучшие ученики школы продолжали свое обучение в техникуме. Во главе школы и техникума оставалась Елена Фабиановна, а ее сестры продолжали свою педагогическую работу. И школа, и техникум выросли из всего того, чем щедро были одарены члены семьи Гнесиных: таланта, безграничной преданности музыке, профессиональной увлеченности, душевной щедрости, редкого умения и желания научить, передать все свои знания ученикам.
В феврале 1925 г. музыкальный техникум отметил 30-летний юбилей. К этой знаменательной дате коллегия Наркомпроса присвоила техникуму имя семьи Гнесиных. Елене Фабиановне и Евгении Фабиановне было присвоено звание заслуженных артисток республики. Во второй половине 1920-х гг., когда МУЗО Наркомпроса создавал систему среднего музыкального образования, Елена и Евгения Гнесины, постоянно активно участвовавшие в разработке этой системы, начали реализовывать решения комиссии в своем техникуме. Однако огромная работа по организации учебного процесса в эти годы подверглась резкой критике со стороны РАПМа. Начались гонения на учебные заведения Гнесиных и настоящая травля в печатных органах РАПМа – журналах «За пролетарскую музыку» и «Пролетарский музыкант». Елена Фабиановна Гнесина была отстранена от должности заведующей техникумом и стала заведующей учебной частью. Упрекали Гнесиных в академизме обучения, критиковали педагогический репертуар и содержание занятий по отдельным дисциплинам. В это сложное время Гнесины проявили необычайную твердость духа и выдержки, они остались верны своим принципам высокого профессионализма. История сохранила целый ряд документов, часть которых шла под грифом «на уничтожение», свидетельствующих о настоящей борьбе Елены Фабиановны за сохранение не только техникума, но и музыкального образования в России. Только в 1932 г. в связи с ликвидацией РАПМа Елена Фабиановна была восстановлена на должности директора техникума, но новые сражения ей придется выдержать и в последующие годы, в частности, после знаменитого постановления 10 февраля 1948 г. «Об опере "Великая Дружба", когда все музыкальные учебные заведения реализовывали постановления правительства или когда только ее настойчивые обращения в правительственные инстанции (письма от 1959 – 1960 г. Н.С. Хрущеву) позволили противостоять неким «великим» новациям – уничтожению дневной формы обучения музыкантов. В 1933 г. в техникуме было организовано отделение по подготовке специалистов для радиовещания и впервые введена педагогическая практика, выявляющая склонности учащихся к педагогической работе. Среди талантливых выпускников этих лет – Т. Хренников, А. Хачатурян, А. Чугаев, М. Мильман, Ю. Муромцев и др. Все они будущие крупнейшие деятели музыкальной культуры: педагоги, композиторы, пианисты, ученые, руководители музыкальных учреждений. К 40-летнему юбилею техникума, в 1935 г., Елене и Евгении Гнесиным было присвоено звание заслуженных деятелей искусств РСФСР.
В начале 1940-х встал вопрос о постройке нового здания для училища (так стал называться техникум). Тогда же возникла идея открыть на его базе музыкальный вуз. Этот проект был одобрен в правительстве благодаря инициативности Елены Фабиановны Гнесиной. Но война помешала осуществиться этим планам. С ее началом Елена Фабиановна была эвакуирована в Казань, где продолжала преподавать. Военное время было лихим и тяжелым. Но и тогда по инициативе заместителя Елены Фабиановны занятия проводились на общественных началах. И ученики, и педагоги помогали фронту: чинили белье, шили рукавицы для солдат, работали в госпиталях. В 1942 г. Елена Гнесина получила разрешение на возвращение в Москву. Ехала она одна и, несмотря на страшный мороз, от Казанского вокзала прошла пешком до Собачьей площадки. С присущим ей энтузиазмом сразу взялась она за работу. Будучи депутатом Моссовета, она добилась, чтобы в зданиях были поставлены печурки, появились дрова, педагоги были прикреплены к столовым и обеспечивались необходимыми вещами. Весной 1942 г. состоялись выпускные экзамены. Среди 20 выпускников был будущий известный композитор Б. Чайковский (окончивший училище как пианист по классу Елены Фабиановны). Свыше 1000 концертов дало училище за годы войны. 15 февраля 1945 г. училище отпраздновало свой пятидесятилетний юбилей. В многочисленных поздравлениях многие отмечали, что история развития советской музыкальной культуры немыслима без училища им. Гнесиных, и, как сказал Т. Хренников, за пятьдесят лет в техникуме имени Гнесиных созданы такие великолепные традиции, что необходимо, чтобы они передавались из поколения в поколение…