В плане купольная церковь представляет собой неполный крест без южного крыла, которое нельзя было изваять из-за недостаточной толщины оставшейся скалы, выходящей в притвор. Вверху – сталактитовый свод с окном; по рисунку он напоминает свод притвора и не уступает ему по изумительной тонкости резьбы. Свод несут две пары перекрещивающихся арок, которые опираются на полуколонны, выступающие из стен центральной части церкви. Три крыла, открывающиеся в центральную часть между колоннами, имеют вид глубоких сводчатых ниш, окаймленных наверху вычурными арками.
Восточное крыло занято алтарной апсидой, убранной полуколонками и арочками, орнаментированными наподобие сталактитов; в северном устроены два бассейна для воды, которая струится из подземного родничка, еще с языческих времен пользующегося особым почитанием у женщин, лишенных радостей материнства.
На месте южного крыла в стене высечены три небольшие ниши. Они разделены полуколонками, опоясанными тонкой резьбой.
Внизу скала имеет светло-серый оттенок, переходящий к своду в теплые тона, что в сочетании с более ярким освещением наверху особо рельефно выделяет дуги арок и веера сталактитов.
Правая дверь ведет в сумрачный притвор-усыпальницу, слабо освещенную через отверстие в вершине усеченного восьмигранного шатра, венчающего своды помещения. Прямо перед входом – лоджия с массивным столбом, от которого перекинуты арки к стенам. Здесь, вероятно, были похоронены строитель князь Прош и члены его семьи, так как из надписи в алтаре главной церкви видно, что именно он соорудил в Гегарде фамильную усыпальницу.
Над арками всю стену занимает строгий барельеф. В тени под сводом изображена рогатая голова животного, которая держит веревки, охватывающие шеи двух львов с повернутыми к входящему головами. Между ними в проеме вырезан орел с полураскрытыми крыльями, держащий в лапах ягненка. Полагают, что вся эта скульптурная группа представляет герб княжеского рода Прошьянов, владевшего Гегардом с конца первой половины XIII века.
Западная стена украшена полуколонками с арочками, восточная – большим орнаментированным крестом между дверью и небольшой часовенкой; на сильно выветрившихся гранях шатра и сегодня можно различить силуэты когда-то нарядного узора.
Синеватый сумрак усыпальницы прорезает светлое пятно двери. Создается впечатление, что за ней зажжена большая люстра, освещающая небольшую богато убранную резьбой церковь. На самом деле свет спокойно льется из окна в вершине купола, озаряя своеобразным сиянием свод и стройный барабан. Барабан разбит полуколонками с арочками на двенадцать частей, которым в своде отвечают сферические «трапеции», заполненные резным орнаментом. Он основан на четырех арках и парусах, покрытых рядами резных трилистников, идущих в шахматном порядке, точно пчелиные соты. Арки опираются на стройные полуколонны, которыми отделаны внутренние углы стен церкви, образующие в плане крест. Алтарная апсида находится на возвышении с украшенной орнаментом из ромбов передней стенкой. На полукружии апсиды высечены полуколонки с арочками и превосходный карниз.
Церковь имеет три придела – два, как обычно, около алтаря и третий – рядом с северным крылом. Южное крыло помещено настолько близко к наружной поверхности утеса, что строитель смог сделать в нем окно, через которое видна северная стена стоящей рядом главной церкви.
Наружная лестница, к западу от притвора, через искусственный коридор в скале ведет в просторное подземное помещение с четырьмя колоннами посредине. Они соединены арками между собой и со стенами. Центральные арки, охваченные трапециеобразными обрамлениями, образуют квадрат, над которым высится сферический купол со световым отверстием, посылающим достаточное количество света лишь в летние дни, когда солнце стоит высоко над головой. Это подземное сооружение, строителями которого являются, согласно надписи на одной из колонн, сын Проша князь Папак и его супруга Рузукан (1288 г.), имеет вид обычного притвора, как и называется в надписи. В нем особенно примечательно то, что колонны, поддерживающие центральную часть, также высечены в монолите утеса.
В скалах, окружающих монастырь, рассеяны многочисленные пещеры-кельи, где пребывали в уединении члены монастырской братии.
Гегардский монастырь имел огромное значение для средневековой Армении. Сюда приходили люди из окрестных селений, здесь проводили часы в молитвах правители страны, их родственники и члены княжеских родов. Сам же монастырский комплекс по праву можно считать архитектурной и строительной школой. Зодчие, решая сложные композиционные и конструктивные задачи, сумели создать удивительно цельный ансамбль, в котором сама природа является органичным компонентом архитектурного образа.