После революции Василий Иванович вступил в Красную Армию и очень быстро вырос до командира полка, а затем и дивизии. Его имя гремело если и не по всей России, то, по крайней мере, в тех районах, где действовала чапаевская дивизия. Чапаеву действительно подчас удавались «чудеса», трудно объяснимые с точки зрения военной науки. Несколько раз ему удавалось выйти победителем в бою с противником, превосходящим его по численности и к тому же лучше вооружённым и организованным. При этом потери в его части были минимальными — Чапаев, это отмечали все знавшие его люди, умел беречь людей и всегда старался не допускать ненужных жертв как среди своих солдат, так и среди мирных жителей. Однако такая «миролюбивость» вызвала неудовольствие всемогущего Льва Троцкого, в то время — наркома по военным делам и председателя Реввоенсовета республики. А после того как Чапаев не выполнил несколько приказов Троцкого, Лев Давыдович назвал всё это «партизанщиной» и лично отправился разбираться со строптивым комдивом.
В Саратовскую губернию, где тогда находилась чапаевская дивизия, Троцкий поехал, ни много ни мало, на двух бронепоездах. Столь грозное сопровождение было вызвано тем, что Лев Давыдович ехал арестовывать Чапаева. Об этом факте советская история умалчивала — Чапаева ненавидели не только враги, но и свои «братья-революционеры».
По воспоминаниям очевидцев, Троцкий вёл себя вызывающе, во время доклада, а фактически допроса Чапаева ел арбуз и демонстративно выплёвывал косточки под ноги комдиву. Однако постепенно по настроению окружающих Лев Давыдович понял, что бойцы чапаевской дивизии будут до конца стоять за своего любимого командира и в случае чего не посмотрят на высокий ранг самого Троцкого. Через некоторое время Предреввоенсовета отставил арбуз, сменил тон разговора, а затем наградил Чапаева «за защиту великих завоеваний революции» серебряной шашкой и золотыми часами. Но вернувшись в Москву, Троцкий собрал совещание Реввоенсовета, на котором было вынесено постановление… расстрелять Чапаева.
Однако Чапаев уже был довольно значительной фигурой, и к тому же весьма популярной среди своих бойцов. Его расстрел мог бы вызвать серьёзные волнения, а проблем у советской власти и без того хватало. В общем, если «красного командира» нельзя расстрелять, значит, его нужно отправить… на учёбу в академию Генерального штаба. Три месяца Чапаев, толком не умеющий читать и писать, пытался изучать премудрости тактики и стратегии. В конце концов он не выдержал и пошёл на приём к самому Ленину. «Таким, как Чапаев, сейчас место на фронтах, а не в академиях», — была резолюция Ленина.
То, что происходило дальше, напоминает детективный роман с любовной интригой. Чапаев отправился на фронт и принял командование 25-й стрелковой дивизией, дислоцированной в районе Урала. По распоряжению Троцкого комиссаром в 25-ю дивизию был назначен Дмитрий Фурманов, тот самый, который впоследствии напишет известный роман «Чапаев». Поначалу отношения между комдивом и комиссаром складывались вполне миролюбиво, они быстро подружились. Но через три месяца между Чапаевым и Фурмановым возник конфликт, и весьма серьёзный. Фурманов вначале приехал один, однако затем в дивизии появилась его бывшая жена Анна Стешенко, с которой комиссар расстался некоторое время назад на почве ревности. Анна была женщиной очень привлекательной, и неудивительно, что Чапаев решил за ней «приударить». По одной версии, Стешенко вернулась к Фурманову, а Чапаев пытался её увести. По другой — Чапаев вёл себя достойно, а Фурманов из-за ревнивого характера обвинял комдива во всех грехах. В общем, типичный любовный треугольник, разбираться с которым, правда, пришлось высшему руководству большевистского правительства. Из Москвы в 25-ю дивизию прибыла специальная комиссия во главе с Валерианом Куйбышевым. Вердикт комиссии был однозначен: во всём виноват Фурманов. «Лично я считаю правым Чапаева и буду настаивать на смещении и наказании Фурманова, ибо конфликт возник из-за пустяка», — писал Куйбышев. Но Фурманова почему-то так и не отозвали. Интересно, что сам он позже писал в своём дневнике: «Как ни отмахивайся, как ни подыскивай серьёзных оснований, по которым я пытался всё время обвинить Чапая, но вижу, что подзадоривала, поджигала меня всё время ревность…». Но было ли это признание искренним?..