Главная крепость острова располагалась между Старой – венецианской, расположенной на восточной оконечности города – и Новой – на западе, чрезвычайно укрепленной и переоборудованной французами. Новая крепость состояла из трех отдельных мощных укреплений, соединенных заминированными подземными переходами. Главная крепость была отделена от берега двумя валами, сухим рвом и имела 650 крепостных орудий и 3 тысячи солдат гарнизона. С моря главную крепость прикрывал хорошо укрепленный остров Видо, горные высоты на котором господствовали над городом и крепостью Корфу. На острове Видо было расположено пять береговых батарей и 500 человек гарнизона. В гавани между Корфу и Видо стояли 2 неприятельских корабля, 2 галеры и 4 полугалеры. Прикрывал подход к Корфу и остров Лазаретто.
Еще 24 октября посланный Ушаковым с небольшой эскадрой И. Селивачев прибыл к Корфу и, разделив свой отряд на две части, закрыл выходы из ведущих к порту северного и южного проливов между Корфу и Видо. Посланный в крепость капитан-лейтенант Шостак был встречен французским командованием любезно, но доставленное им требование капитулировать вызвало недоумение. Французы не предполагали, что сильную крепость можно взять с моря, тем более небольшим отрядом.
Русские приняли решение подвергнуть Корфу блокаде. Осада продолжалась с 8 ноября 1798 г. в течение трех с половиной месяцев. 12 ноября «Св. Павел» прибыл к острову, и сразу же началось усиление блокады. Заняв островок Лазаретто, русские моряки продолжили постройку батареи, начатую французами. Развернув главные силы эскадры полукругом у островов Видо и Корфу, адмирал выделил для блокады двух проходов сильные отряды, организовал патрулирование стоянки эскадры шлюпками и наблюдение с горы Корфу за судами, проходящими из Адриатического моря в Архипелаг и Средиземное море.
Холодная, ветреная и дождливая зима заставила страдать не только осажденных, но и осаждавших. Не хватало продовольствия, Ушаков вел долгие и мучительные переговоры с турецкими правителями с требованием дать подкреплений, но в том, что остров нужно брать, он был непреклонен.
Постепенно прибывали новые силы – пришла эскадра Сенявина из Санта-Мавры, преодолевая штиль и ветры. Вернулась эскадpa Сорокина из Александрии. Но кораблей было мало, по-прежнему плохо обстояло дело с продовольствием и оружием для войск на острове. До получения обещанного турками предстояло экономить провизию, остававшуюся на кораблях.
Только в конце декабря из Севастополя прибыла эскадра (два линейных корабля) контр-адмирала Пустошкина.
К 1 января 1799 г. у Корфу под командованием Ушакова сосредоточились мощные силы, состоявшие из 12 линейных кораблей, 11 фрегатов, двух корветов и нескольких вспомогательных судов. В середине февраля пришло пополнение от турецких правителей. От албанских пашей и наместника султана Али-паши Янинского Ушаков добился присылки войск численностью 4250 человек. Вице-адмирал начал подготовку решительного штурма. Его торопило русское командование – войска были нужны в Южной Италии. Матросы учились воевать на суше, изготавливались лестницы, разрабатывались условные сигналы для управления кораблями и десантом.
План операции заключался в том, чтобы силами корабельной артиллерии подавить береговые батареи противника, высадить десант и взять штурмом передовые укрепления. Главный удар планировалось нанести на остров Видо. Ведущая роль во всей операции отводилась русской эскадре и ее десанту.
На рассвете 18 февраля, в 7 утра, с флагманского корабля прогремел условный выстрел – сигнал для береговых батарей, устроенных на северной и южной частях острова, открыть огонь по главной крепости. В то же время соединенная эскадра направилась к Видо.
Первыми в бой с французскими батареями вступили фрегаты «Казанская Богородица» и «Херим-Капитан». Они подошли к французской батарее № 1 на северо-западной оконечности острова и обрушили на нее шквал огня. В то же время по батарее № 2 открыли артиллерийский огонь фрегат «Николай» и корабль «Мария Магдалина». Флагманский корабль «Св. Павел» встал у западного мыса острова и обоими бортами бил сразу по двум батареям.
К 11 часам утра почти все пушки с пяти французских батарей были сбиты. Под прикрытием корабельной артиллерии гребные суда с десантом направились от кораблей к Видо и начали высадку с двух сторон. Всего на берег было высажено более 2 тысяч человек, которые устремились к середине острова. (При этом в составе десанта было 1400 русских гренадеров и моряков.) Солдаты пробились к центральному редуту и после трехчасового боя овладели им. Участвовавшие в бою турки и албанцы убивали всех, кто попадался им на пути, включая раненых и сдававшихся в плен, поэтому русские командиры приказали свои подчиненным создать заслон вокруг пленных и открывать огонь по «нервным» союзникам, если они попытаются обрушиться на сдавшихся французов.