Теперь барон был убежден в искусстве своего наставника и согласился заключить договор с демоном. В присутствии Прелати он подписал кровью составленный им самим документ, в котором уступал свою бессмертную душу Баррону. Через некоторое время Прелати объявил, что демон принял условия, но для его подтверждения необходимо зарезать на алтаре курицу или голубя. Жертва была принесена. Вскоре Прелати сообщил о новом требовании нечистого. Тот якобы настаивал на принесении еще одной жертвы. Теперь на алтаре должен был погибнуть некрещеный младенец. Это условие тоже было выполнено. Судя по всему, Жиль де Рэ не ценил человеческую жизнь: одним ребенком меньше, одним больше. Красивые мальчики продолжали исчезать на землях могущественного барона.
Вскоре по округе поползли зловещие слухи. Тем не менее маршал скорее всего так и продолжал бы свои «научные изыскания» совершенно безнаказанно, если бы делу не помог случай. В августе 1440 года барон на один год заложил свой замок Сент Этьенн де Мальмор казначею герцога Бретонского Жоффруа ле Феррону. Казначей же передал замок в управление своему брату, священнику Жану Феррону.
Через две недели слуги Жиля де Рэ, находясь в окрестностях замка, попросились на ночлег. Феррон отказал им. Взбешенный маршал во главе отряда в 50 человек ворвался в замок, избил управляющего, заковал его в кандалы и бросил в каземат в Тиффоже. Узнав об этом, герцог Иоанн V Бретонский, вассалом которого был Жиль де Рэ, потребовал, чтобы маршал освободил Феррона. Требование не было выполнено. Тогда Иоанн взял с собой 200 вооруженных солдат и отправился в Тиффож. Де Рэ вынужден был отпустить пленника. Ему предстояло ехать в Нант, где находилась резиденция герцога, чтобы дать объяснения. К этому моменту он начал беспокоиться за свою безопасность и решил посоветоваться с Прелати. Алхимик заверил хозяина: Баррон убежден, что маршалу ничего не угрожает. Действительно, герцог принял объяснения своего вассала и отпустил его с миром. Однако это происшествие не было забыто.
Нантский епископ Жан де Мальтруа, возмущенный расправой над священником, в своей проповеди заявил о том, что маршал Жиль де Рэ совершает преступления против малолетних детей. Он призвал прихожан сообщить ему все, что они знают об этом. На тот момент епископу был известен только один факт — в декабре 1439 года в принадлежащем барону замке Машкуль исчез десятилетний сынишка супругов Эйсе. Их заявление уже несколько месяцев лежало у епископа. Теперь же, после случая с Фарроном, он решил дать ему ход.
Сразу же после проповеди к епископу обратились восемь горожан, готовых свидетельствовать об исчезновении детей в замках маршала. На следующий день стало известно еще об одном случае. Эти сведения епископ Нантский передал в трибунал инквизиции Бретани. Его глава Жан Блуэн слышал немало об алхимических опытах де Рэ. Он быстро составил обвинительный акт из 47 пунктов. Маршала обвиняли в колдовстве, человеческих жертвоприношениях, сексуальных извращениях, убийствах детей, расчленении их трупов и других преступлениях. Копия акта была направлена герцогу Бретонскому и Генеральному инквизитору Франции Гийому Меричи.
13 сентября 1440 года Жиля де Рэ поставили в известность о выдвигаемых против него обвинениях. Ему следовало явиться в епископальный суд для дачи объяснений. Параллельно собственное судебное разбирательство решил начать и герцог Бретонский. Положение Жиля де Рэ усугубилось тем, что двое его доверенных слуг, Бриквиль и Силье, тут же сбежали. Это усилило подозрения.
На заседании герцогского суда, которое состоялось 17 сентября, стало известно о бегстве подручных барона. Прокурор Бретани Гильом Копельон отдал приказ схватить их, а также начать допросы всех слуг в Тиффоже. Им был составлен длинный список лиц, которые, по его мнению, могли сообщить ценные сведения. Круг свидетелей позволяет предположить, что в замке у прокурора были осведомители. Уж очень точно были названы все, кто был причастен к деятельности маршала.
Сразу же были схвачены находившиеся в замке колдуны Гриар и Корилло. Наряду с Прелати они проводили магические обряды. Была арестована и «бабка Мартен», которая поставляла маршалу детей. Вскоре были пойманы Бриквиль и Силье. Де Рэ в это время в Тиффоже не было. Он уехал в Нант, чтобы предстать перед епископальным судом, заседание которого должно было состояться 19 сентября. Однако в назначенный день оно не состоялось. Очевидно, суду необходимо было собрать дополнительные сведения.
28 сентября 1440 года Жиль де Рэ предстал перед обвинителями. В зале присутствовали представители и духовного и светского судов. Маршал отверг все выдвинутые против него обвинения. Он потребовал адвоката и нотариуса для ведения протокола, параллельно судебному. Однако его требования были отклонены.