По окончании учебы Рафаэль был произведен в капитаны. К моменту ухода американцев из Доминиканской республики в 1924 г. Трухильо, уже полковник, занимал должность начальника штаба вооруженных сил республики. Когда национальная гвардия была реорганизована в армию, он стал ее командующим и получил в руки орудие для захвата власти. В 1930 г. на выборах президента Трухильо удалось сфальсифицировать итоги голосования, в результате чего он оказался избран на президентский пост, который занимал до 1938 г. Не зная, как выйти из затяжного экономического кризиса, Трухильо нашел «козла отпущения». Главными виновниками кризиса были объявлены гаитянские рабочие, якобы самовольно наводнившие страну. На самом же деле сельхозрабочие тысячами ежегодно приезжали из соседнего Гаити на сезонную работу – рубить сахарный тростник. В октябре 1937 г. над ними учинили настоящую расправу, в ходе которой погибло свыше 20 тысяч человек. Эта акция вызвала бурю возмущения в Гаити, и под давлением общественного мнения Трухильо согласился «расследовать» причины случившегося. Однако независимая комиссия на место событий допущена не была. Гаити потребовало тогда выплаты компенсации за своих погибших граждан из расчета 35 долларов за каждого. Общая сумма составила 750 тысяч долларов. Трухильо же, выразив соболезнование, после долгого торга согласился выплатить 500 тысяч долларов.
После этих кровавых событий Трухильо считал возможным для себя вмешиваться во внутренние дела Гаити. В 1941 г. на деньги доминиканского диктатора и при его помощи президентом Гаити стал его давний знакомый Эли Леско, бывший министр внутренних дел и тогдашний посол Гаити в США. Однако к 1944 г. их отношения резко испортились. Два президента-соседа превратились в смертельных врагов. Дело даже дошло до того, что Трухильо попытался организовать убийство Леско, а когда это не получилось, опубликовал свою переписку с ним, из которой следовало, что гаитянский президент действительно годами находился на содержании президента Доминиканской республики. В это время Трухильо, избранный в 1942 г. при «единодушной» поддержке избирателей, вторично занимал пост президента. Жестокость диктатора распространялась не только на иностранных рабочих, но и на свой народ. В 1946 г. прошла забастовка сельскохозяйственных рабочих на плантации «Ла-Романья». Все ее участники были арестованы. Однако до суда никто из них не дожил. Через несколько дней после ареста власти объявили, что организаторы забастовки покончили собой с целью избежать суда.
Ничем не прикрытая жестокость Рафаэля Трухильо вызывала недовольство в стране, и в 1952 г. он передал президентский пост родному брату Эктору. Хозяином же страны на самом деле оставался Рафаэль Леонидас, сохранивший за собой пост главы вооруженных сил. Террор по-прежнему продолжал свирепствовать. Любое инакомыслие оканчивалось кровавой расправой, политические противники диктатора исчезали бесследно. В марте 1956 г. в Нью-Йорке исчез преподаватель Колумбийского университета Галиндес, который в своей диссертации на 750 страницах дал описание преступлений Трухильо. А через 9 месяцев в самой Доминиканской республике исчез американский летчик Джеральд Мерфи. Только после смерти диктатора под давлением семьи Мерфи была выяснена взаимосвязь этих событий и участие Джеральда Мерфи в вывозе Галиндеса на самолете с территории США в Доминиканскую республику. 25 ноября 1961 г. по ранее отданному приказу Трухильо были зверски убиты три политические активистки – сестры Мирабал. Этот день – 25 ноября – Ассамблея ООН впоследствии (1981 г.) объявила международным днем борьбы за ликвидацию насилия в отношении женщин.
Но ни крайняя жестокость по отношению к населению, ни политические убийства не смогли снизить накала политической напряженности в стране, тем более что активизации антидиктаторского движения в Доминиканской республике в конце 50-х гг. в немалой степени поспособствовало падение диктаторских режимов Перу, Колумбии, Венесуэлы, Кубы. В 1956 г. вспыхнуло вооруженное восстание, в 1958 г. с участием военных был устроен заговор против Трухильо. Все эти выступления подавлялись со страшной жестокостью. В 1959 г. в стране произошло столкновение между правительственными войсками и высадившимися вооруженными группами патриотов-эмигрантов. В подготовке этих групп Трухильо обвинил кубинцев. Он никого не боялся, он был до того упоен властью, что присвоил себе звание генералиссимуса и переименовал столицу Санто-Доминго в Сьюдад-Трухильо.
Однако его правлению уже подходил конец. Диктатор слишком надоел своей кровожадностью американцам. В августе 1960 г. в страну прибыли из США советники. По их рекомендации Эктор Трухильо «по состоянию здоровья» оставил пост президента. Его место занял вице-президент Балагер. Сам же Рафаэль Трухильо был назначен представителем Доминиканской республики в ООН. В то же время в оппозиционных кругах был организован заговор с целью физического устранения диктатора. Операцию взяло под контроль ЦРУ США. 30 мая 1961 г. она успешно завершилась.