Уже через месяц после назначения первый секретарь ЦК компартии Азербайджана ввел новый, открытый стиль правления, который вполне можно назвать и полицейским. Борьбу с коррупцией, сопровождавшуюся увольнениями и арестами, он вынес на всеобщее обозрение, подключив к этому и прессу. «Мы должны сорвать маску со смутьянов, заговорщиков и карьеристов, – говорил он, – которые наносят серьезный ущерб нашему делу. Мы должны развернуть решительную, непреклонную борьбу с имеющимися у нас случаями взяточничества и искоренить условия, которые к этому ведут». Алиев в разговоре с народом и партийными коллегами придерживался суровой прямоты, правдивости и полной откровенности, акцентируя внимание не на достижения, а на недостатки. Через 7 месяцев непрерывных чисток на всех уровнях он подобрался к центральному органу партии – республиканскому бюро, сместив некоторых партийных секретарей и главу правительства. Затем чисткам подвергся низовой аппарат. За полтора года Алиев полностью обновил партийное и государственное руководство, посадив на освободившиеся места лояльных ему людей, главным образом – сотрудников КГБ. Репрессии обрушились и на «красную буржуазию». Никто не был застрахован ни большими деньгами, ни высоким постом от разоблачения и наказания, вплоть до смерти. При этом чистки постоянно повторялись.
В то же время Алиев очень хотел работать в Москве. Но несмотря на покровительство Андропова, в этом он наталкивался на каменное сопротивление Л. Брежнева. Тот не доверял, не любил его, всячески противился Алиеву, его вводу в Политбюро ЦК КПСС. Не помогали ни его личные таланты, ни производственные успехи республики, ни безудержная лесть Брежневу, а покровительство Андропова скорее даже вредило. Алиева в Кремле боялись и всячески удерживали в Азербайджане, хотя там ему уже было тесно – он был политиком не республиканского, а всесоюзного масштаба. Однако в 1976 г. Брежнев уступил. Алиев стал кандидатом в члены Политбюро, а после смерти генсека в 1982 г. – членом Политбюро и первым заместителем премьер-министра СССР.
За новое дело Алиев взялся с невиданной для Кремля энергией. В его руках сосредоточилась огромная власть, поскольку сам премьер Н. Тихонов был стар и не выдерживал долгих заседаний Политбюро. При жизни нового генсека ЦК КПСС Ю. Андропова Алиев курировал ближневосточные дела, а после его смерти занялся еще и Латинской Америкой.
В кругу товарищей по Политбюро Алиев резко выделялся – высокий, атлетически сложенный, с крепко посаженной головой, великолепной военной выправкой, в английском костюме, который сидел столь элегантно, что первый зам. Тихонова напоминал скорее обитателя Голливуда, чем Кремля. Его отличал повышенный темперамент. По Москве ходили слухи о его любовных похождениях. (В то время жена Алиева, талантливый врач-окулист, была уже тяжело больна и вскоре умерла.) Человек самоуверенный, обладающий деловой хваткой и внешним обаянием, Алиев на приемах иностранных гостей в Кремле умел остроумно отвечать на каверзные вопросы и нисколько этих вопросов не боялся. Только мусульманско-кавказское происхождение помешало ему после ухода Н. Тихонова в 1985 г. занять пост Председателя Совета Министров СССР.
Однако с новым руководителем СССР М. Горбачевым Алиев не сработался. Между ними начались политические разногласия, и в 1987 г. Гейдар Алиев подал в отставку и покинул Политбюро и Совет Министров. Варварские действия советских войск в Баку в январе 1990 г. вызвали осуждение с его стороны. Он потребовал наказания лиц, виновных в этом преступлении, а поскольку Москва никак не отреагировала, Алиев 19 июля 1991 г. вышел из КПСС.