Теперь Бабур совершенно изменился. Вместе с беками он стал грабить окрестности и убивать. Его воины убивали всех, а из голов складывали пирамиды. Правитель Герата Хусейн-мирза предложил Бабуру совместно выступить против Шейбани-хана, однако поход не состоялся из-за внезапной смерти Хусейна. Сыновья Хусейна пригласили Бабура перезимовать в Герате, но он не согласился, несмотря на то что этот город был в то время самым красивым и благоустроенным в Афганистане, и отправился в Кабул.
Зимний переход в Кабул был ужасным: люди падали с ног, а кони только благодаря глубокому снегу не остались в пропастях. Вернувшись, Бабур навел порядок в городе и выступил в поход на Кандахар. Осада города была тяжелой, но когда вскрыли сокровищницу, молодой завоеватель написал: «Люди не видели столько богатств, и не видели человека, который их видел». Своему брату Бабур оставил караван серебра (стандартный караван – 7 верблюдов).
Вернувшись в Кабул, Бабур, по его словам, «…с одного квадрата на другой подобно шахматному королю» сразу же выступил в поход на Хиндустан (Индию). Но отойдя недалеко от города, решил вернуться, поддавшись на уговоры близких и опасаясь, что моголы и нукеры выйдут из повиновения. В Кабуле жена Бабура Масума Султан биким родила сына Хумаюна. Это был 1508 год. На рождение сына беки подарили гору серебряных денег, какой не видел никто раньше, а через день Бабуру сообщили о заговоре против него. Это было немыслимо. У тюрок и моголов сын и отец могли убить друг друга, но редко. Беки и нукеры могли уйти, это часто. Но чтобы воины устроили заговор против мирзы, – такого не бывало. Видимо, кочевники, обычной добычей которых были бараны, женщины и оружие, потеряли разум от кандахарских сокровищ.
Бабур не поверил, но вечером, зайдя на женскую половину и отослав охрану, он вышел в сад с верным человеком и, по его словам, «там к ним подбежал человек…» На этом рукопись своего жизнеописания Бабур прекратил на целых 11 лет. Может, ему стало не до этого, а может, рукописи не было при нем. Похоже, что за эти годы он побывал в Иране и Турции, где изучал секреты военного дела, учился артиллерийскому искусству у персов и османов, заготавливал пушки, менял тактику ведения войны и настолько разуверился в друзьях и родственниках, что сменил (или потерял) все окружение.
С 1519 г. Бабур вел изнурительную военно-политическую игру на территории нынешнего Пакистана. Ему были подвластны Бадахшан, Кундуз, Кабул и Герат, но сам он там не появлялся. У него было всего около 3 тыс. воинов, но это уже афганцы, хазарейцы и белуджи – ни одного тюрка, ни одного могола. У Бабура другая политика, он уже не складывает пирамиды из голов. Он подчиняет одни племена, воюет с другими, договаривается с третьими. И налоговая политика стала разумной. Раньше Бабур требовал такие подати, что люди умирали и все равно не могли их заплатить. Видимо, в это время он написал стихотворный трактат по налогообложению и законоведению «Мубаййин».
В 1519 г. Бабур наконец совершил первый поход на Хиндустан. Как он сам пишет, за 7 лет до решающей битвы он 5 раз ходил в поход: «Что ни день, лихорадит меня, исцелиться едва ль! Что ни ночь, мне не спится, зачем я пришел в эту даль?» В 1525 г. накануне решающей битвы за Делийский султанат Бабур вызвал своего старшего сына Хумаюна и его йигитов из Бадахшана: мальчик и его воины были не обстреляны, но отец хотел, чтобы благородный тимурид участвовал в великой битве.
«В пятницу, 8 раджаба, во время предрассветной молитвы от дозорных пришли сведения, что враги построились и идут». 20 апреля 1526 г. состоялась решающая битва с делийским султаном Ибрахимом Лоди при Панинате. Бабур связал 700 повозок попарно, выкопал рвы и поставил частоколы. Впереди были стрельцы и пушки. Несмотря на численное превосходство врага, Бабур к полудню выиграл бой благодаря своей тактике. Погибло до 50 тыс делийцев, султан Ибрахим был среди них, его голову принесли победителю. Бабур занял Агру и Дели, вскрыл сокровищницы и послал подарки всем, в том числе в Мекку.
Правление великого завоевателя не было безоблачным, приходилось покорять мятежных раджей и султанов. Особенно жестокая борьба шла с индусами. Великая битва с ними произошла в 1527 г. при Канва. Она была самой жестокой из всех в жизни Бабура. Был момент, когда он пустил в бой всех до последнего человека, включая личную охрану. Интересный портрет Рана Санки (предводителя индусов) оставил английский современник: «Это был осколок воина, один глаз ему выбил брат, одну руку отрубили в бою, ногу повредили ядром, а на теле было 80–90 ран». Бабур выиграл битву, но Рана Санка ушел.