После войны Саддам начал реорганизацию армии, переоснащая ее современным оружием. К 1990 году иракская армия стала одной из самых крупных в мире. Доходы от нефти позволяли тратить большие средства на вооруженные силы без ощутимых потерь в социальной сфере. Наращивание военной мощи Ирака шло одновременно с усилением культа личности Саддама Хусейна. Сотни его портретов висели на улицах каждого иракского города. Любая оппозиция немедленно подавлялась. Против требующих автономии курдов неоднократно применялись боевые отравляющие вещества. Но поскольку Ирак считался союзником США, никаких претензий со стороны Запада к нему не предъявлялось.
Все изменилось в 1990 году, когда армия Ирака вторглась в Кувейт с целью его присоединения. В случае успеха Ирак становился крупнейшим экспортером нефти, а кроме того, ликвидировал 18-миллиардный долг Кувейту. Есть сведения, что Саддам предварительно заручился молчаливым одобрением СССР и США, так как прекрасно понимал, что просто так ему не отдадут один из крупнейших нефтеносных районов. Но здесь Хусейна подвела самоуверенность. Он стал жертвой борьбы интересов, а может быть, и политической провокации. Соединенные Штаты, видимо, давно хотели снизить иракское влияние в регионе, а нападение на Кувейт давало им возможность стать не агрессором, как в случае с Панамой, Гренадой, Вьетнамом, а борцом с агрессией. А к тому же на законных основаниях взять под контроль Персидский залив и кувейтские нефтяные запасы, как в результате и случилось.
Опираясь на свои ударные подразделения, переброшенные в район залива, а также войска антииракской коалиции, в которую вошли все крупные военные державы Запада и арабского мира, США предъявили Ираку ультиматум – до 15 января 1991 года уйти из Кувейта. Иначе – вторжение. Саддам понимал, что победить в этом столкновении он не сможет, но ему нужно было сохранить лицо перед арабским миром, и он выбрал войну. Разгром иракской армии был закономерен. Боевые действия велись преимущественно американской авиацией, при некоторой поддержке союзников по НАТО. Она наносила мощные удары по военным и экономическим объектам Ирака практически безнаказанно, так как авиация и силы ПВО страны не могли ей противостоять. 28 февраля 1991 года, после согласия Ирака выполнить все резолюции Совета Безопасности ООН по Кувейту, военные действия закончились. Ущерб, понесенный Багдадом в войне, был не очень велик. Но восстановить разрушенную бомбежками и ракетными ударами инфраструктуру ему не удалось. Эмбарго на поставки нефти практически полностью лишило Ирак притока средств, вызвав глубочайший экономический кризис. От голода иракцев спасали лишь введенные государством пайки.
Как ни странно, но тяжелое экономическое положение Ирака не повлияло на популярность Саддама. В течение следующих 12 лет он уверенно руководил Ираком, постоянно добиваясь снятия санкций. Но не в правилах США было давать подняться поверженному противнику. Обвинив Ирак в незаконном производстве и хранении оружия массового поражения, Соединенные Штаты инициировали там ряд проверок инспекциями ООН, которые должны были подтвердить наличие такого оружия. Однако эксперты не обнаружили наличия химических, биологических и ядерных боеприпасов, а также мощностей по их изготовлению. Но, не смутившись этим, США буквально назначили Саддама виновным. 31 марта 2003 года, игнорируя требования Совета Безопасности ООН, при поддержке Великобритании и некоторых союзников по НАТО, они вторглись в Ирак.
И тут случилось нечто странное. США изъявляли готовность любой ценой сместить Саддама Хусейна и вернуть народу Ирака свободу, мир и процветание. Саддам, в свою очередь, заявлял о непоколебимой готовности иракского народа противостоять захватчикам. Но пока американские самолеты бомбили позиции английских войск, а сухопутные части двигались к Багдаду по совершенно не тронутому войной шоссе, журналисты рассказали, что в тех районах, где, по сообщениям штаба войск вторжения, идут ожесточенные бои, они не заметили никаких следов боевых действий. Нет, конечно, в этой «странной войне» были и выстрелы, и жертвы, и даже сбитые иракскими крестьянами из охотничьего ружья вертолеты. Не было одного – собственно войны. Иракская армия бесследно исчезла с рубежей обороны, и вместе с ней так же бесследно исчезло руководство Ирака во главе с Саддамом Хусейном.
После установления контроля над территорией Ирака американская армия начала охоту за бывшими иракскими лидерами. Часть из них была арестована, часть убита, некоторые покончили с собой. Но Саддам по-прежнему оставался неуловимым. Его видели то тут, то там. Заслуживающие доверия источники сообщали, что он прячется в Сирии, другие настаивали на поисках в Афганистане. Находились даже такие, которые лично видели Саддама в России. Сам он в своих обращениях к иракскому народу утверждал, что скрывается на территории Ирака и руководит партизанской войной против захватчиков.