Покорение Новгорода происходило поэтапно. В 1471 году войско Ивана нанесло защитникам города-государства сокрушительное поражение. Тогда, однако, Иван не стал присоединять город к своим владениям и удовлетворился готовностью новгородцев признать его высшую власть. Спустя шесть лет, воспользовавшись тем, что, величая его своим господином, новгородские посланцы по оплошности употребили слово «господарь», которое могло указывать на наличие у него прав собственника, Иван потребовал от Новгорода полного подчинения. Тот отказался, и войска московского князя осадили город. Предчувствуя неизбежное поражение, новгородцы попытались договориться о сдаче на тех условиях, на каких прежде им удавалось ладить с собственными князьями. Он предложили признать московского правителя своим господином (государем) при условии, что для них дело обойдется и без высылок, и без конфискаций. Им, очевидно, хорошо была известна судьба покоренных Москвой городов, большинство которых было подвергнуто этим карам. Иван с гневом отмел эти предложения: «Князь великий то вам сказал, что хотим господарьства на своей отчине Великом Новгороде такова, как наше государьство в Низовской земле на Москве; и вы нынечя сами указываете мне, а чините урок нашему государьству быти: ино то которое мое государьство?»
Обороты речи Ивана свидетельствуют, что в его понимании высшая власть была равнозначна праву собственности на завоеванное княжество, то есть являла собой dominium – право свободно распоряжаться людскими и материальными ресурсами подвластной земли.
У Новгорода не оставалось иного выбора, как уступить. Что такое безоговорочная капитуляция перед правителем Москвы, выяснилось достаточно скоро. В числе первых мер, принятых Иваном в покоренном Новгороде, были запрет вече и отправка в Москву самого вечевого колокола. Так же двумя столетиями раньше в срединной России поступали монголы, и знаменовали эти действия конец самоуправления, создававшиеся веками демократические институты исчезли в одно мгновение.
В Новгороде главной задачей Ивана III было упразднить все вотчинные владения, составлявшие основу богатства и власти городской знати и опору демократического устройства городской жизни. Пока в руках бояр сохранялась основная часть производственных ресурсов города-государства, привести их к повиновению было невозможно. Сознавая, как глубоко укоренились в республике демократические обычаи, Иван произвел массовые конфискации земельных владений и во избежание поворота событий вспять выслал их обездоленных собственников в Московию.
Первыми жертвами стали вожди пролитовской группы, которых он в 1475 году приказал казнить. Вероятно, они были наиболее демократичными элементами, поскольку порядки в соседней Литве, объединившейся к этому времени с Польшей, были гораздо либеральнее, чем в Москве. Очередные конфискации, сопровождаемые высылками, проводились в небольших масштабах в 1475–1476 годах; среди потерявших свои земли оказались, прежде всего, монастыри. Затем процесс экспроприации развернулся всерьез. Зимой 1483–84 года, а затем снова в 1487–1489 годах несколько тысяч новгородских землевладельцев вместе с семьями были определены на вывод, то есть подвергнуты депортации. В числе бояр и купцов, пострадавших от этого мероприятия, были как сторонники, так и противники Москвы, и это наводит на мысль, что с московской точки зрения значение имели не политические склонности ее новых подданных, а их экономическая независимость. К тому времени, когда вывод был завершен, имущество всех без исключения светских собственников в Новгороде было конфисковано, а вместе с тем изъяты и почти все земли у епископа и почти три четверти остававшихся еще нетронутыми церковных владений; права собственности на эти земли перешли к великому князю. В 1494 году Иван закрыл в Новгороде Ганзейский двор, покончив тем самым с последним источником независимого дохода города.
Захваченные земли были разбиты на два разряда. Великий князь забирал себе треть на предмет прямой эксплуатации. Две трети отходили служилым людям – свергнутым удельным князьям и боярам, равно как и простым крестьянам, даже рабам, – которых отправляли в покоренный Новгород. Их новообретенные владения становились, однако, не вотчинами, а условными держаниями, называвшимися поместьями, и права собственности на них закреплялись за великим князем, причем не номинально, как в феодальной Англии, а по существу и во всех юридических и практических смыслах однозначно. В России, и это следует подчеркнуть, условное земельное держание не предшествовало образованию абсолютной монархии, а проистекло из нее.