В начале царствования Иоанна IV Анике Федоровичу была выдана грамота, которой он был уполномочен наблюдать за тем, чтобы проезжающие из Архангельска в Москву английские и иные иноземные купцы не смели продавать свои товары в розницу, а лишь оптом, чтобы они не покупали пеньки и из нее не вили канатов, и далее, чтобы земские люди «железоделаемых домниц» не имели и иностранцам не продавали железа; на него возложена была также обязанность ежегодно отправлять в Москву составленные им ведомости о том, сколько и какого именно корабельного лесу куплено англичанами и какими вообще они торгуют товарами; наконец, ему было поручено из привозных «немецких» товаров «что надлежало по вольной цене покупать и ко двору в Москву посылать». Аккуратное и добросовестное исполнение им этих поручений засвидетельствовано тремя грамотами от 1552, 1555 и 1560 годов. Кроме торговых дел, поручались Строганову и другие, что видно, например, из грамоты 18 мая 1562 года, в которой ему предписывалось собирать с сольвычегодских посадских и других людей оброчный хлеб и для его бережения построить особые житницы.
Свои обширные доходы Строганов получал не столько от соляных промыслов, сколько от торговли с иностранными купцами, приходившими к нему с «заморскими» товарами, и с туземными инородцами, от которых он в обмен часто на разные безделки приобретал «мягкую и дорогую рухлядь», т. е. меха. Прослышав о том, что эти товары в большом изобилии имеются у жителей за Уральским хребтом, Строганов снарядил экспедицию из десяти человек и отправил ее в Сибирь, поручив ей завязать торговые сношения с тамошним населением и, кроме того, наказав ей подробно и «с крайним прилежанием проведать о всех обстоятельствах», касавшихся сибирских инородцев, а возвратясь — «обстоятельно ему о том сказать». Когда же посланные пришли обратно «во всякой целости, с радостными известиями и не малым прибыточным товаром», Строганов сообразил все открывающиеся выгоды от торговли с зауральскими туземцами и в следующем году отправил к ним некоторых из своих родственников и доверенных лиц с разным мелочным товаром и с приказанием, чтобы они «внутрь той земли жительство их (инородцев) еще далее проведать старались». Перейдя за Уральский хребет, новые посланные встретили на Оби остяков и других туземцев и, «весьма дружелюбно поступая и лаская их», выменяли у них на свои дешевые товары дорогие меха соболей, лисиц и пр. Завязанные таким образом торговые сношения с зауральским населением еще более увеличили и без того значительные богатства Строганова и дали ему возможность расширить свои владения путем покупки земель в Печезерском и Колоторском уездах, в целом ряде волостей и приходов на Устюге и других местах; он построил также несколько церквей, в том числе великолепный храм в Сольвычегодске, и сделал значительные пожертвования по монастырям.
Голландцы Исаак Масса и Николай Витзен в своих повествованиях о России (1609 и 1666 годов) утверждают, что Аника Федорович первый из русских открыл путь для торговых сношений с Сибирью, но это едва ли верно в буквальном смысле; несомненно, что и до него меновая торговля с сибирскими инородцами практиковалась отдельными лицами, но последние вели ее втайне и всячески старались скрыть, боясь соперничества; Строганов же, «не в пример другим», не только не сделал из этого тайны, но в 1557 году поехал в Москву и объявил при царском дворе о выгодах этой торговли, а также о тех сведениях, которые ему удалось добыть о сибирских инородцах и о Сибири вообще. Тот же Витзен говорит, что Аника Федорович ездил в Москву с вестью о «новой, им открытой земле», приписывая ему, таким образом, открытие Сибири, что, конечно, ошибочно, ибо Сибирь, во всяком случае ее отдельные части, были известны еще значительно раньше и Новгороду, и Московскому государству, а некоторые земли даже писались в титуле московских государей. В относительной важности добытых им сведений, по-видимому, не заблуждался и сам Строганов, нисколько не претендуя на такое важное открытие; по крайней мере, анонимный историк рода Строгановых, повествующий о деяниях его представителей в панегирическом тоне, конечно, не преминул бы подчеркнуть эту заслугу Анике Федоровичу, найди он на это хотя бы какие-либо данные в старинных фамильных документах, которыми он преимущественно пользовался. Однако он скромно говорит о поездке Строганова с целью донести лишь об открытии им возможности вести торговые сношения с Сибирью. Во всяком случае, сообщениям Строганова при дворе было придано важное значение, и вскоре после этого в Сибирь стали посылаться купцы и послы.