Систему управления для блока «Е» разрабатывал Николай Алексеевич Пилюгин. Самой трудной тут была задача «перехвата» управления после отделения от центрального блока. Требовалось не только «выправить» третью ступень, но и надежно управлять ею в течение почти шести минут разгона к Луне и точно выключить по набору скорости. Причем перед этим на активном участке разгона «Р-7А», пока функционируют системы управления всех трех ступеней, нужно сформировать последующую траекторию полета и заложить ее в бортовую систему управления. Этот фронт работ взяли на себя ученые из Математического института имени Стеклова и баллистики НИИ-4, обосновавшиеся в Болшево.
Требовала доделки и система радиоуправления ракет, за которую отвечал Михаил Сергеевич Рязанский. Изначально в НИИ-4 планировали создать отдельные пункты радиоуправления (РУПы) со специальной аппаратурой «Слон». Однако опыт использования НИП-1, который оказался не нужен, фактически дублируя работу ИП-1 Тюра-Тама, показал, что для сокращения сроков и увеличения эффективности проще применять уже существующие РУП-А и РУП-Б полигона, развернутые для радиокоррекции ракет «Р-7».
РУПы располагались симметрично относительно трассы полета ракеты по обе стороны от точки старта на расстоянии 276 км: РУП-А в поселке Тартугай (Чиилийского район Кзыл-Ординской области, Казахстан), РУП-Б в поселке Тогыз (Шелкарский район Актюбинской области, Казахстан). Бортовая аппаратура радиоуправления состояла из восьми бортовых приборов и размещалась в автомобильных «кунгах». На РУП-А вместе с резервными находилось тринадцать автомашин и два павильона пеленгаторных антенн. На «зеркальном» пункте – четыре автомашины.
При запуске первых спутников РУПы не применялись – ведь для облегчения космического варианта «Р-7» с нее сняли все оборудование, связанное с радиоуправлением. Однако при «стрельбах» по Луне без него было не обойтись. Система радиоуправления должна была выходить на связь с ракетой перед разделением ступеней на 110-й секунде полета, а заканчивала работу после выдачи предварительной (выключение основных двигателей блока «А») и главной команд (выключение рулевых двигателей блока «А») в диапазоне 300–310 секунд. За это время она должна была скорректировать движение ракеты так, чтобы блок «Е» точно вышел в район запуска своего двигателя, рассчитанный баллистиками.
Подверглась модернизации и базовая структура Командно-измерительного комплекса. Директивой Генерального штаба от 12 июля 1958 года был упразднен НИП-5 в поселке Искуп, НИП-12 из Новосибирска был перемещен в город Колпашево Томской области, а упраздненный НИП-8 все-таки развернули в городе Щелково под Москвой. Кроме того, изменения коснулись состава оборудования НИПов: вместо устаревших станций СОН-2Д, «Ландыш», «Иртыш» начались поставки новой траекторно-измерительной станции «Кама-Е».
Пожалуй, важнейшими нововведениями в структуре КИКа на «лунном» этапе освоения космоса стало создание временного НИПа, которому позднее предстояло вырасти в Евпаторийский Центр дальней космической связи. Его развернули в 1958 году на горе Кошка в Крыму, рядом с Симеизской обсерваторией (НИП-41Е). В состав оборудования временного НИПа (так же как на НИП-6 близ Елизово на Камчатке) была включена принципиально новая аппаратура разработки НИИ-885, получившая условное наименование РТС-Е1,2. Эту аппаратуру постепенно довели до уровня многофункциональной системы по радиоуправлению лунными аппаратами, приема от них телеметрической информации, фототелевизионных изображений и определению траекторий на расстояниях порядка полумиллиона километров. Для записи принимаемых сигналов на этих станциях даже имелись магнитофоны с перфорированной лентой, а для воспроизведения изображений применялся фототелевизионный аппарат «Волга».
После того как вся эта кропотливая работа была завершена, 2 сентября 1958 года вышло постановление о пусках станций к Луне, начиная с текущего месяца. Столь скорому появлению такого документа способствовали усилия американцев по завоеванию приоритета в освоении космического пространства. Упустив первенство на этапе спутников, они ударно разработали космический аппарат Pioneer[146], предназначенный для изучения Луны и окололунного пространства. Семнадцатого августа 1958 года с мыса Канаверал[147] был осуществлен пуск аппарата этой серии массой 38 кг, однако взрыв ракеты Thor на 77-й секунде прервал его полет.