В ризнице, находящейся под Никольским храмом, хранятся следующие предметы, замечательные по древности или ценности: напрестольные Евангелия: пергаментное XIV в., писанное полууставом в лист, дар св. Филиппа митрополита; рукописное, дар новгородского митрополита Исидора в 1609 г.; рукописное XVI в., дар князя Димитрия Михайловича Пожарского в 1613 г. (верхняя доска обложена серебром, на среднике распятие с четырьмя предстоящими); рукописное, келаря Троице-Сергиевой лавры Александра Булатникова; печатное, дар последнего кошевого атамана Запорожской Сечи Петра Кольнишевского в 1801 г.; печатное, на александрийской бумаге в лист, в кипарисных досках, обложенных золоченым серебром, весом в 2 пуда 20 фунтов, устроено на монастырские деньги, стоит 2435 руб.; напрестольные кресты, из моржовых зубов с резьбой, упоминаются в описи 1514 г.; каменный, из кельи преп. Савватия; золотой, весом в 76 золот., с мощами, вклад царя Иоанна Грозного в 1558 г.; золотой, весом в 2 фунта 62 золот., с мощами, вклад царя Иоанна Грозного в 1562 г. «по своих благородных чадех царевичех Иване и Феодоре»; резной из масличного дерева, с изображениями Распятия и 12 праздников, вклад патриарха Филарета Никитича в 1 627 г.; из масличного дерева, с мощами, вклад царевны Марии Алексеевны в 1715 г.; богослужебные сосуды и церковные вещи: деревянный потир преп. 3осимы; серебряные вызолоченные потир, ковш, два блюда и два кадила – вклад св. Филиппа; золотой потир с чернью и каменьями, весом в 5 фунтов, вклад патриарха Иоасафа I в 1638 г.; серебряный потир и серебряный вызолоченный ковш, вклад царя Михаила Феодоровича в 1638 г.; серебряный ковш царя Алексея Михайловича; два серебряных ковша Петра I; серебряное вызолоченное кадило, устроенное при преп. Иринархе игумене в 1616 г.; серебряная вызолоченная ладоница с крышкою в виде одноглавой церкви, дар патриарха Филарета; водосвятная серебряная чаша, вклад князя Василия Феодоровича Скопина-Шуйского в 1586 г.; серебряная чаша, вклад боярина Димитрия Ивановича Годунова в 1592 г.; складной серебряный вызолоченный кубок, дар царя Иоанна Грозного в 1583 г.; серебряное блюдо, дар царя Феодора Иоанновича; церковные облачения: риза преп. Зосимы из белого полотна с оплечьем из шелковой материи, данная ему при посвящении новгородским архиепископом Ионою; риза св. Филиппа из камки; риза Александра Булатникова, келаря Троице-Сергиевой лавры; разные вещи: шерстяная темного цвета покрышка шубы св. Филиппа; небольшой каменный колокол, сделанный при преп. Зосиме; железное клепало его времени, упоминаемое в описи 1514 г.; сабли князя Михаила Васильевича Скопина-Шуйского и князя Димитрия Михайловича Пожарского; серебряная кружка соловецкого старца Стефана, бывшего казанского царя Симеона Бекбулатовича; грамоты и письма: грамота новгородского архиепископа Ионы и бояр на вечное владение Соловецкими островами, на пергаменте с свинцовыми печатями; грамота о том же, данная в 1479 г. великим князем Иоанном III, с серебряной чеканной печатью; две вкладные записи новгородской посадницы Марфы Борецкой на владение несколькими участками земли, данные на имя игумена Ионы и преп. Зосимы; грамота новгородского митрополита Никона в 1651 г. о преимуществах соловецких настоятелей в церковном служении; четыре письма св. Филиппа митрополита из Москвы к соловецкой братии; письма св. Димитрия, митрополита Ростовского, игумену Фирсу.
Рукописи: Лавсаик в честь преп. Зосимы; Апостол св. Филиппа; Правила свв. апостолов, дар царя Иоанна Грозного в 1545 г.; Иосиф Флавий, дар царя Иоанна Грозного. В библиотеке имеется, кроме того, более 200 грамот и указов царских, до 300 грамот патриарших, митрополичьих и около 4000 книг (сверх этой цифры более 1300 старопечатных книг передано в Казанскую духовную академию).
Один из корпусов внутри стен обители представлял с 1718 г. тюрьму, куда до последнего времени ссылались (с 1835 г. только по высочайшему повелению, состоявшемуся после доклада обер-прокурора Святейшего синода) лица, виновные в преступлениях против веры. В подземную тюрьму заключение происходило с конца XVII в., а в «келью молчательную» еще ранее, со времен царя Иоанна Грозного. Осенью 1903 г., по почину военного министра (ныне главнокомандующего сухопутными и морскими силами на Дальнем Востоке в войне с Японией) А.Н. Куропаткина, тюрьма была уничтожена, и теперь на месте ее устраивается больница с церковью для монашествующих и богомольцев.
Среди лиц, заключенных в былые годы в тюрьме, назовем: игумена Троицкой лавры Артемия (в 1554 г.), тамбовского епископа Игнатия (в 1701 г.), кошевого атамана Запорожской Сечи Петра Кольнишевского (с 1776 по 1801 г.), игумена Троицкого Селенгинского монастыря Израиля (в 1834 г.), основателя «Десного братства» капитана артиллерии Ильина (в 1859 г.).