Произведение это было сначала задумано как «психологический отчет одного преступления». О первоначальном замысле можно судить по письму (сер. сентября 1865 г.) Ф. Достоевского к редактору «Русского вестника» М. Каткову, с которым он вел переговоры о публикации. Писатель собирался показать состояние мучительной борьбы в душе «идейного» убийцы после совершенного им преступления: «Неразрешимые вопросы восстают перед убийцею, неподозреваемые и неожиданные чувства мучают его сердце. Божия правда, земной закон берет свое, и он кончает тем, что принужден сам на себя донести. Принужден, чтоб хотя погибнуть в каторге, но примкнуть опять к людям; чувство разомкнутости и разъединенности с человечеством, которое он ощутил тотчас же по совершении преступления, замучило его. Закон правды и человеческая природа взяли свое… Преступник сам решает принять муки, чтоб искупить свое дело» (Полн. собр. соч. В 30-ти т. Л., 1985. Т. 28, кн. 2. С. 137). Записи, сделанные в черновой тетради, показывают, что писатель сначала хотел написать от лица главного героя исповедь, записанную вскоре после убийства. Ф. Достоевский глубоко проникает во внутренний мир человека и точно изображает то, что святые отцы постигали духовным опытом. Позже он писал в «Дневнике писателя» (1873 г.): «Я был в каторге и видал преступников, «решенных» преступников… Но, верно говорю, может, ни один из них не миновал долгого душевного страдания внутри себя, самого очищающего и укрепляющего. Я видал их одиноко задумчивых, я видал их в церкви молящихся перед исповедью; прислушивался к отдельным внезапным словам их, к их восклицаниям; помню их лица — о, поверьте, никто из них не считал себя правым в душе своей! Не хотел бы я, чтобы слова мои были приняты за жестокость. Но все-таки я осмелюсь высказать. Прямо скажу: строгим наказанием, острогом и каторгой вы, может быть, половину спасли бы из них. Облегчили бы их, а не отяготили. Самоочищение страданием легче — легче, говорю вам, чем та участь, которую вы делаете многим из них сплошным оправданием их на суде. Вы только вселяете в его душу цинизм, оставляете в нем соблазнительный вопрос и насмешку над вами же. Вы не верите? Над вами же, над судом вашим, над судом всей страны! Вы вливаете в их душу безверие в правду народную, в правду Божию; оставляете его смущенного». Святитель Григорий Богослов пишет о суде собственной совести: «Невозможно убежать от этого одного — от внутреннего в нас самих судилища, на которое одно взирая, можно идти прямым путем».
В ходе работы над произведением, по мере усложнения сюжета и расширения идейного плана, Ф. Достоевский осознает, что форма исповеди ограничивает его возможности: «Исповедью в иных пунктах будет не целомудренно и трудно себе представить, для чего написано. Но от автора. Нужно слишком много наивности и откровенности. Предположить нужно автора существом всеведущим и не погрешающим, выставляющим всем на вид одного из членов нового поколения».
Для религиозной оценки романа «Преступление и наказание» важно обратиться к черновым записям, сделанным к третьей (окончательной) редакции романа: «Православное воззрение, в чем есть Православие: нет счастья в комфорте, покупается счастье страданием. Таков закон нашей планеты, но это непосредственное сознание, чувствуемое житейским процессом, есть такая великая радость, за которую можно заплатить годами страдания» (ПСС. Т. 7. С. 155).
Автор значительно усложняет сюжет, а идейный центр сдвигает: главной в романе становится идея воскресения духовно мертвого человека. Евангельское повествование о воскрешении Лазаря составляет духовный нерв всего произведения, его идейно-композиционный центр.