18 января было создано 4-е управление НКВД, в задачи которого входила и организация партизанского движения на временно оккупированных территориях СССР. Берия видел в создании ЦШПД несомненного конкурента и пытался доказать Сталину, что целесообразнее готовить партизанские отряды в советском тылу и затем перебрасывать их за линию фронта. Берия основывался на практике отрядов отдельной мотострелковой бригады особого назначения (ОМСБОН) НКВД СССР и территориальных 4-х отделов НКВД, которые в некоторых случаях успешно организовывали и руководили партизанскими формированиями. Но НКВД не могло полностью охватить все партизанское движение, развернувшееся на оккупированной территории СССР.
Однако необходимость совершенствования военно-оперативного руководства партизанским движением назревала все острее, и ЦК партии вновь вернулся к необходимости разработки предложений по организации Центрального и местных штабов партизанского движения.
Разработанные комиссией проекты 30 мая были представлены на рассмотрение ЦК ВКП(б) и ГКО. В тот же день после значительных поправок, вызванных тем, что некоторые пункты проектов ограничивали роль создаваемых штабов как военно-оперативных органов партии по руководству партизанским движением и придавали этому руководству ведомственный характер, вышло решение ГКО. Согласно этому решению, «в целях объединения руководства партизанским движением в тылу врага и для дальнейшего развития этого движения создавался Центральный штаб партизанского движения при Ставке Верховного Главнокомандования». Этим же решением были образованы Украинский, Брянский, Западный, Калининский, Ленинградский и Карело-Финский штабы партизанского движения.
Впоследствии были также созданы штабы партизанского движения: Южный (Краснодарский) — 3 августа 1942 года, Белорусский — 9 сентября 1942 года, Эстонский — 4 ноября 1942 года, Литовский — 26 ноября 1942 года, Латвийский — 8 января 1943 года, Крымский — в июле 1943 года, Воронежский — в октябре 1942 года.
До осени 1942 года руководство штабом партизанского движения представляло коллегию в составе начальника штаба и двух его членов. Это были представители руководящего партийного органа, НКВД и ГРУ.
Коллегиальность руководства в штабах партизанского движения мотивировалась необходимостью концентрации опыта партийных и специальных органов в вопросах организации партизанского движения, подпольной борьбы, конспирации, связи и т. д., а также опыта борьбы с проникновением в партизанские отряды и подпольные организации агентов врага.
Кроме того, имелось в виду, что подобный состав коллегии будет способствовать наиболее целесообразному использованию обширной разведывательной информации партизан. Однако очень быстро практика работы показала, что эффективное решение этих задач успешнее достигалось не формальным представительством, а тесной связью и взаимопониманием штабов партизанского движения и соответствующих отделов и управлений органов безопасности и разведки, которые имели место в течение всей войны. Поэтому коллегиальное руководство было упразднено.
Возглавили штабы партизанского движения: П. К. Пономаренко (Первый секретарь ЦК Компартии Белоруссии) — Центральный штаб партизанского движения при Ставке Верховного Главнокомандования, Т. Л. Строкач (НКВД) — Украинский, П. 3. Калинин (второй секретарь ЦК Компартии Белоруссии) — Белорусский, С. Я. Вершинин (НКВД) — Карело-Финский, А. К. Спрогис (ГРУ) — Латвийский, М. Н. Никитин (секретарь Ленинградского обкома) — Ленинградский, С. С. Бельченко (НКВД) — Калининский, Д. М. Попов (первый секретарь Смоленского обкома) — Западный, А. П. Матвеев (первый секретарь Орловского обкома) — Орловский (Брянский).
В основной руководящий состав Центрального штаба входили партийные работники, сотрудники органов государственной безопасности, имеющие опыт организации партизанского движения в первый год войны или необходимую для работы в Центральном штабе специальность.
Создание представительств Центрального и республиканских штабов партизанского движения при военных советах фронтов и армий завершило образование системы гибкого руководства партизанским движением.
Как уже говорилось, Государственный комитет обороны 30 мая 1942 года создал Центральный штаб партизанского движения (ЦШПД) при Ставке Верховного Главнокомандования. Начальником его был назначен Пантелеймон Кондратьевич Пономаренко, генерал-лейтенант, первый секретарь ЦК Компартии Белоруссии. В сентябре — ноябре был и главнокомандующий партизанским движением К. Е. Ворошилов. ЦШПД в оперативном отношении были подчинены республиканские, фронтовые и областные штабы партизанского движения. Тогда же были назначены и начальники штабов. Я возглавил штаб партизанского движения Западного фронта.